本文關(guān)鍵詞：Cryptococcus podzolicus及其相關(guān)分離菌株的綜合系統(tǒng)分類和重命名研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：目的:1、比較和探討多位點測序分型技術(shù)(MLST)和基質(zhì)輔助激光解吸—飛行時間質(zhì)譜技術(shù)(MALDI-TOF-MS)在銀耳科(Tremellaceae)的屬間、種間及種內(nèi)分類研究的穩(wěn)定性和可靠性。2、對本研究所使用全部菌株進(jìn)行規(guī)范化命名的驗證及更新。3、確定課題組前期分離的4株與Cryptococcus podzolicus相鄰的菌株在分類學(xué)上的位置。方法:1、選取20株含Cryptococcus podzolicus在內(nèi)及鄰近菌屬的菌株,以模式菌株Cryptococcus neoformans CBS 132T作為outgroup,以5個管家基因(ITS,D1/D2,rpb1,rpb2,tef1)的擴增序列為研究對象,通過Bayesian法(MrBayes3.2.1)、最大似然法、鄰接法(MEGA 6.0軟件)分別構(gòu)建MLST復(fù)合基因樹及D1/D2基因序列的系統(tǒng)發(fā)育樹;應(yīng)用MALDI-TOF-MS采集蛋白指紋圖譜,在BrukerDaltonics數(shù)據(jù)庫(BDAL)和CBS真菌保藏中心數(shù)據(jù)庫信息的基礎(chǔ)上,對20株菌進(jìn)行聚類分型,構(gòu)建聚類分型樹狀圖。2、以上述研究為基礎(chǔ),結(jié)合生理生化特征,綜合比較分析近期發(fā)表的關(guān)于Cryptococcus podzolicus及與之相鄰的其他菌屬的分類關(guān)系的研究結(jié)果。3、對4株課題組分離的待測菌株進(jìn)行表型、生化及分子綜合系統(tǒng)分類鑒定。結(jié)果:1、三種方法所得到的樹狀圖在種間的層面上,均出現(xiàn)了A、B、C三個分化枝,而在種內(nèi)的層面上,特別是A這一分化枝,均為Cryptococcus podzolicus,單一D1/D2區(qū)域所構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹上該菌種各菌株的進(jìn)化距離基本為零,而MLST及MALDI-TOF MS所得到的樹狀圖中,可以明顯觀察到菌株間親緣距離各不相同。2、所研究的標(biāo)準(zhǔn)菌株在系統(tǒng)發(fā)育樹上的位置與近期文獻(xiàn)建議的最新分類系統(tǒng)吻合,依據(jù)文獻(xiàn)中提出的規(guī)范化命名方案,更名如下:Cryptococcus podzolicus更名為Saitozyma podzolica,Cryptococcus flava更名為Saitozyma flava,Bullera ninhbinhensis更名為Saitozyma ninbinhensis,Cryptococcus paraflava更名為Saitozyma paraflava,Bullera miyagiana更名為Sugitazyma miyagiana,Bullera sakaeratica更名為Trimorphomyces sakaeratica。3、4株課題組前期分離的待測菌株鏡下細(xì)胞呈檸檬形,有出芽形成,在L-DOPA瓊脂培養(yǎng)基上產(chǎn)生巧克力樣的棕黑色色素,適宜生長溫度是25-40℃,交配試驗沒有觀察到子實體產(chǎn)生,抗真菌藥物敏感性試驗顯示對兩性霉素B及咪康唑敏感,對5-氟胞嘧啶中度敏感,對氟康唑及米卡芬凈耐藥,碳源、氮源利用試驗及分子試驗顯示其歸屬Saitozyma,但又有別于Saitozyma屬下已知的菌種。結(jié)論:1、MLST及MALDI-TOF MS均可作為隱球菌屬中菌株分類鑒別中有效的輔助鑒別的分子生物學(xué)方法,相比于傳統(tǒng)的生理生化試驗及間隔區(qū)和核糖體大亞基序列,能更可靠地揭示隱球菌屬中各菌種的種間及種內(nèi)的遺傳進(jìn)化關(guān)系;相比于MLST技術(shù)較長的實驗周期及某些基因擴增和測序的不確定性,MALDI-TOF-MS技術(shù)則更為快捷準(zhǔn)確。2、本研究進(jìn)一步驗證了近期白逢彥、T.Boekhout等提出的Cryptococcus podzolicus及與之相鄰的其他菌屬的分類關(guān)系的準(zhǔn)確性和合理性。3、通過綜合系統(tǒng)分類分析,確定了4株待測菌株歸為Saitozyma屬,我們擬將其命名為Saitozyma cassia。
【關(guān)鍵詞】：多位點測序分型技術(shù) 基質(zhì)輔助激光解吸—飛行時間質(zhì)譜 Cryptococcus podzolicus Saitozyma 分子分類方法 系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹
【學(xué)位授予單位】：貴州醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：R379.5
【目錄】：

• 中文摘要4-6
• 英文摘要6-10
• 略縮詞表10-12
• 引言12-15
• 第一部分 MLST及MALDI-TOF MS在Cryptococcus podzolicus分類中的應(yīng)用研究15-29
• 1、材料與方法15-23
• 2、結(jié)果23-26
• 3、討論26-28
• 4、結(jié)論28-29
• 第二部分 Cryptococcus podzolicus及其相鄰菌株的規(guī)范化命名研究29-34
• 1、材料與方法29
• 2、結(jié)果29-32
• 3、討論32-33
• 4、結(jié)論33-34
• 第三部分 Saitozyma cassiae sp. nov. 的鑒定及描述34-50
• 1、材料與方法34-42
• 2、結(jié)果42-48
• 3、討論48-49
• 4、結(jié)論49-50
• 參考文獻(xiàn)50-54
• 綜述54-69
• 參考文獻(xiàn)64-69
• 作者簡歷69-70
• 致謝70-71
• 學(xué)位論文數(shù)據(jù)集71

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  本文關(guān)鍵詞：Cryptococcus podzolicus及其相關(guān)分離菌株的綜合系統(tǒng)分類和重命名研究，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：254273