【摘要】：為疾病需找分子依據(jù)一直以來都是人類的夢(mèng)想,隨著人類基因組計(jì)劃的完成與基因測(cè)序技術(shù)的高速發(fā)展,這一夢(mèng)想即將成為現(xiàn)實(shí)。單核苷酸多態(tài)性(Single Nucleotide Polymorphisms, SNP)是當(dāng)前人類基因關(guān)聯(lián)分析研究中的常用標(biāo)記物,目前,基于單SNP位點(diǎn)的關(guān)聯(lián)分析研究已投入實(shí)際使用。但是,由于人類基因組規(guī)模龐大,而且復(fù)雜疾病往往是由多個(gè)基因共同確定的,因而這類單位點(diǎn)研究方法已遠(yuǎn)遠(yuǎn)不能滿足需要。尋求一種高效而可靠的多位點(diǎn)基因關(guān)聯(lián)分析方法已成為人們爭(zhēng)相研究的熱點(diǎn)。 目前,科學(xué)家們已經(jīng)從多個(gè)角度出發(fā),提出了多種關(guān)聯(lián)分析檢驗(yàn)方法,但由于基因變量的分布規(guī)律以及SNP位點(diǎn)間連鎖不平衡性的存在,這些方法往往存在各種缺陷,仍未找到一種可大規(guī)模應(yīng)用的方法。 本文回顧了近年來一些流行的關(guān)聯(lián)分析方法,尤其是近年來發(fā)展迅速的相似度方法,并從三個(gè)不同角度出發(fā),提出了三種新方法,分別是基于Logistic回歸的方法,基于多元方差分析的方法以及基于潛在正態(tài)變量模型的方法,最后通過模擬實(shí)驗(yàn)將這些方法與傳統(tǒng)方法進(jìn)行了比較。在模擬實(shí)驗(yàn)中,我們分別建立了獨(dú)立基因與帶有連鎖不平衡的基因模型,并調(diào)整了易感位點(diǎn)數(shù)量,背景連鎖不平衡水平等多種參數(shù)以模擬不同的基因環(huán)境,模擬結(jié)果表明,在各種條件下,相比傳統(tǒng)方法,我們的檢驗(yàn)方法有著較強(qiáng)的功效。最后,在未來的研究中,我們的方法可以由二項(xiàng)性狀推廣至復(fù)雜性狀,有較強(qiáng)的發(fā)展前景。
[Abstract]:It has always been a human dream to find molecular basis for disease. With the completion of the human genome project and the rapid development of gene sequencing technology, this dream will become a reality. Single nucleotide polymorphic (Single Nucleotide Polymorphisms, SNP) (SNP) is a common marker in human gene association analysis. At present, the association analysis based on single SNP locus has been put into practical use. However, due to the large scale of human genome and the fact that complex diseases are often determined by multiple genes, this kind of unit point research method is far from satisfying the needs. Searching for an efficient and reliable method for multilocus gene association analysis has become a hot topic. At present, scientists have put forward a variety of association analysis methods from many angles. However, due to the distribution of genetic variables and the existence of linkage disequilibrium between SNP loci, these methods often have various defects. A method that can be applied on a large scale has not yet been found. This paper reviews some popular association analysis methods in recent years, especially the rapidly developing similarity analysis methods in recent years. Three new methods are proposed from three different angles, which are based on Logistic regression. The methods based on multivariate analysis of variance and potential normal variable model are compared with the traditional methods through simulation experiments. In the simulation experiment, we established independent gene model and gene model with linkage disequilibrium, and adjusted the number of susceptible sites, background linkage disequilibrium level and other parameters to simulate different gene environment. Under various conditions, compared with the traditional method, our test method has a strong effect. Finally, in the future research, our method can be extended from binomial traits to complex traits.
【學(xué)位授予單位】：華東師范大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2012
【分類號(hào)】：R346

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本文編號(hào)：2401115