【摘要】：目的對(duì)喜馬拉雅旱獺鼠疫疫源地2株青藏高原型已測(cè)序鼠疫耶爾森菌株的全基因組編碼序列進(jìn)行比對(duì),尋找青藏高原型鼠疫菌中存在的差異編碼序列。方法應(yīng)用BLAST軟件、Perl編程及Excel軟件等,對(duì)青藏高原型全基因測(cè)序鼠疫耶爾森菌株與測(cè)序鼠疫菌"默認(rèn)編碼序列數(shù)據(jù)庫"進(jìn)行編碼序列比對(duì)和統(tǒng)計(jì)分析。結(jié)果初步比對(duì)喜馬拉雅旱獺鼠疫疫源地2株青藏高原型鼠疫菌編碼序列有418個(gè)差異編碼序列,其與鼠疫菌"默認(rèn)編碼序列數(shù)據(jù)庫"中存在差異的編碼序列有135個(gè),最終確定在鼠疫菌全基因組數(shù)據(jù)庫中真實(shí)有差異的編碼序列共86個(gè)。結(jié)論喜馬拉雅旱獺鼠疫疫源地2株青藏高原型鼠疫菌編碼序列存在差異,真實(shí)有差異的編碼序列是鼠疫菌存在差異的編碼序列集合,為研究青藏高原型鼠疫菌的遺傳特征提供了資料信息。
[Abstract]:Objective to compare the whole genome coding sequences of two Yersinia pestis strains of Qinghai-Xizang plateau type in the plague foci of Marmota Himalayana, and to find the differential coding sequence of Yersinia pestis in Qinghai-Xizang Plateau. Methods using BLAST and Excel software, the sequence alignment and statistical analysis of Yersinia pestis and Yersinia pestis "default coding sequence database" were carried out. Results there were 418 differential coding sequences of 2 strains of Yersinia pestis in plague foci of Marmota Himalayana, and 135 of them were different from those of Yersinia pestis in "default coding sequence Database". In the whole genome database of Yersinia pestis, 86 coding sequences were identified. Conclusion the coding sequences of two Yersinia pestis strains in the plague foci of Marmota Himalayan are different, and the actual coding sequences are the sets of Yersinia pestis. It provides information for studying the genetic characteristics of Yersinia pestis in Qinghai-Tibet Plateau.
【作者單位】： 青海省地方病預(yù)防控制所青海省鼠疫防控與研究重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;中國(guó)疾病預(yù)防控制中心傳染病預(yù)防控制所傳染病預(yù)防控制國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【基金】：青海省自然科學(xué)基金項(xiàng)目(No.2013-Z-906) 青海省醫(yī)藥衛(wèi)生科技項(xiàng)目指導(dǎo)性計(jì)劃課題(No.2016-wjzdx-38)
【分類號(hào)】：R378.61

【參考文獻(xiàn)】

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【共引文獻(xiàn)】

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【二級(jí)參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：2152844