本文選題：X染色體 + 單核苷酸多態(tài)性　； 參考：《河北醫(yī)科大學(xué)》2012年碩士論文

【摘要】：目的：X染色體遺傳標(biāo)記因具有獨(dú)特的遺傳方式，在解決特殊案件方面具有其他遺傳標(biāo)記無法比擬的優(yōu)勢(shì)，是常染色體遺傳標(biāo)記的重要補(bǔ)充。單核甘酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphisms, SNP)是人類基因組特定部位單個(gè)堿基序列的變異，具有含量豐富、突變率低、易于開展高通量自動(dòng)化研究等優(yōu)點(diǎn)。同時(shí)，，由于擴(kuò)增片段短，SNP遺傳標(biāo)記尤其適合降解檢材分析。SNP分析技術(shù)多種多樣，其中基于單堿基延伸技術(shù)的SNaPshot方法一次可以檢測(cè)數(shù)十個(gè)SNP位點(diǎn)，檢測(cè)的位點(diǎn)通量高，靈敏度高，適合于法醫(yī)學(xué)應(yīng)用。目前，X染色體SNP在法醫(yī)學(xué)的研究與應(yīng)用尚不成熟。本研究旨在尋找一組多態(tài)性好的X-SNPs位點(diǎn)，利用SNaPshot方法構(gòu)建熒光標(biāo)記復(fù)合分型體系，對(duì)河北漢族人群進(jìn)行群體遺傳學(xué)調(diào)查，并對(duì)該復(fù)合分型體系的法醫(yī)學(xué)應(yīng)用價(jià)值進(jìn)行評(píng)價(jià)。 方法： 1、基因座的選擇：利用Hapmap網(wǎng)站的數(shù)據(jù)，篩選出X染色體上均衡分布的20個(gè)多態(tài)性好的X-SNPs位點(diǎn)。 2、引物設(shè)計(jì)：根據(jù)http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/公布的參考序列，應(yīng)用引物設(shè)計(jì)軟件Primer Premier5.0和oligo6.0設(shè)計(jì)PCR引物和單堿基延伸引物。 3、復(fù)合分型體系的構(gòu)建：對(duì)20個(gè)X-SNPs進(jìn)行PCR復(fù)合擴(kuò)增，產(chǎn)物經(jīng)核酸外切酶和蝦堿性磷酸酶純化，去除單鏈引物和dNTP后，應(yīng)用SNaPshot試劑盒進(jìn)行單堿基延伸反應(yīng)，再經(jīng)蝦堿性磷酸酶純化去除ddNTP，應(yīng)用ABI3130基因分析儀進(jìn)行檢測(cè)，Data Collection V3.0軟件收集數(shù)據(jù)，Genemapper V3.2軟件分析結(jié)果。優(yōu)化引物濃度比例、Mg2+和dNTP濃度以及退火溫度、循環(huán)次數(shù)等因素，使各位點(diǎn)檢測(cè)產(chǎn)物量盡可能均衡。 4、群體遺傳學(xué)調(diào)查和法醫(yī)學(xué)應(yīng)用研究：利用構(gòu)建的復(fù)合分型體系對(duì)217例（女112例，男105例）河北漢族健康無關(guān)個(gè)體進(jìn)行群體遺傳學(xué)調(diào)查，計(jì)算法醫(yī)遺傳學(xué)參數(shù)和進(jìn)行連鎖不平衡檢驗(yàn)；評(píng)價(jià)體系的靈敏度、種屬特異性和組織同一性；評(píng)價(jià)其在親權(quán)鑒定和腐敗降解檢材分析中的應(yīng)用價(jià)值。 結(jié)果： 1、設(shè)計(jì)了20個(gè)X-SNPs位點(diǎn)的PCR引物和單堿基延伸引物。PCR擴(kuò)增產(chǎn)物長(zhǎng)度在61-99bp之間，單堿基延伸引物長(zhǎng)度在20-68bp之間。 2、通過優(yōu)化PCR反應(yīng)體系的各種條件和電泳分型的各種參數(shù)，成功構(gòu)建了20個(gè)位點(diǎn)的復(fù)合分型體系，各基因座間峰型均衡。 3、獲得了我國(guó)河北地區(qū)217例漢族健康無關(guān)個(gè)體20個(gè)X-SNPs位點(diǎn)的分型數(shù)據(jù)。抽樣人群女性基因型頻率分布符合Hardy-Weinberg平衡。105例男性個(gè)體單條X染色體單體型各不相同。各位點(diǎn)男女等位基因頻率無顯著性差異，合并男女?dāng)?shù)據(jù)進(jìn)行總?cè)后w等位基因頻率統(tǒng)計(jì)：各位點(diǎn)最小等位基因頻率均大于0.3，且75%的位點(diǎn)大于0.4，顯示出各位點(diǎn)在河北漢族人群中的等位基因分布比較均勻；20個(gè)位點(diǎn)的平均雜合度為0.486，平均多態(tài)性信息含量為0.367，女性群體的平均個(gè)人識(shí)別能力為0.617，男性群體的平均個(gè)人識(shí)別能力為0.486，三聯(lián)體平均非父排除概率為0.367，二聯(lián)體平均非父排除概率為0.243。連鎖不平衡分析結(jié)果顯示，對(duì)20個(gè)位點(diǎn)進(jìn)行兩兩比較，

本文編號(hào)：2053592