發(fā)布時間：2018-06-22 17:30

  本文選題：X染色體 + 單核苷酸多態(tài)性�。� 參考：《河北醫(yī)科大學》2012年碩士論文

【摘要】：目的：X染色體遺傳標記因具有獨特的遺傳方式，在解決特殊案件方面具有其他遺傳標記無法比擬的優(yōu)勢，是常染色體遺傳標記的重要補充。單核甘酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphisms, SNP)是人類基因組特定部位單個堿基序列的變異，具有含量豐富、突變率低、易于開展高通量自動化研究等優(yōu)點。同時，，由于擴增片段短，SNP遺傳標記尤其適合降解檢材分析。SNP分析技術(shù)多種多樣，其中基于單堿基延伸技術(shù)的SNaPshot方法一次可以檢測數(shù)十個SNP位點，檢測的位點通量高，靈敏度高，適合于法醫(yī)學應用。目前，X染色體SNP在法醫(yī)學的研究與應用尚不成熟。本研究旨在尋找一組多態(tài)性好的X-SNPs位點，利用SNaPshot方法構(gòu)建熒光標記復合分型體系，對河北漢族人群進行群體遺傳學調(diào)查，并對該復合分型體系的法醫(yī)學應用價值進行評價。 方法： 1、基因座的選擇：利用Hapmap網(wǎng)站的數(shù)據(jù)，篩選出X染色體上均衡分布的20個多態(tài)性好的X-SNPs位點。 2、引物設計：根據(jù)http://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/公布的參考序列，應用引物設計軟件Primer Premier5.0和oligo6.0設計PCR引物和單堿基延伸引物。 3、復合分型體系的構(gòu)建：對20個X-SNPs進行PCR復合擴增，產(chǎn)物經(jīng)核酸外切酶和蝦堿性磷酸酶純化，去除單鏈引物和dNTP后，應用SNaPshot試劑盒進行單堿基延伸反應，再經(jīng)蝦堿性磷酸酶純化去除ddNTP，應用ABI3130基因分析儀進行檢測，Data Collection V3.0軟件收集數(shù)據(jù)，Genemapper V3.2軟件分析結(jié)果。優(yōu)化引物濃度比例、Mg2+和dNTP濃度以及退火溫度、循環(huán)次數(shù)等因素，使各位點檢測產(chǎn)物量盡可能均衡。 4、群體遺傳學調(diào)查和法醫(yī)學應用研究：利用構(gòu)建的復合分型體系對217例（女112例，男105例）河北漢族健康無關(guān)個體進行群體遺傳學調(diào)查，計算法醫(yī)遺傳學參數(shù)和進行連鎖不平衡檢驗；評價體系的靈敏度、種屬特異性和組織同一性；評價其在親權(quán)鑒定和腐敗降解檢材分析中的應用價值。 結(jié)果： 1、設計了20個X-SNPs位點的PCR引物和單堿基延伸引物。PCR擴增產(chǎn)物長度在61-99bp之間，單堿基延伸引物長度在20-68bp之間。 2、通過優(yōu)化PCR反應體系的各種條件和電泳分型的各種參數(shù)，成功構(gòu)建了20個位點的復合分型體系，各基因座間峰型均衡。 3、獲得了我國河北地區(qū)217例漢族健康無關(guān)個體20個X-SNPs位點的分型數(shù)據(jù)。抽樣人群女性基因型頻率分布符合Hardy-Weinberg平衡。105例男性個體單條X染色體單體型各不相同。各位點男女等位基因頻率無顯著性差異，合并男女數(shù)據(jù)進行總?cè)后w等位基因頻率統(tǒng)計：各位點最小等位基因頻率均大于0.3，且75%的位點大于0.4，顯示出各位點在河北漢族人群中的等位基因分布比較均勻；20個位點的平均雜合度為0.486，平均多態(tài)性信息含量為0.367，女性群體的平均個人識別能力為0.617，男性群體的平均個人識別能力為0.486，三聯(lián)體平均非父排除概率為0.367，二聯(lián)體平均非父排除概率為0.243。連鎖不平衡分析結(jié)果顯示，對20個位點進行兩兩比較，

本文編號：2053592