本文選題：鼻咽癌 + STGC3基因�。� 參考：《南華大學(xué)》2012年碩士論文

【摘要】：目的：利用生物信息學(xué)及報告基因載體分析方法對STGC3基因啟動子區(qū)進(jìn)行預(yù)測及活性檢測，初步鑒定STGC3基因的啟動子區(qū)域，為闡明STGC3基因的表達(dá)調(diào)控機(jī)制提供重要的依據(jù)。 方法：根據(jù)STGC3基因的前期研究結(jié)果，利用多種生物信息學(xué)軟件對STGC3基因5’端上游調(diào)控區(qū)－3046bp至－46bp區(qū)域的3000bp序列進(jìn)行啟動子預(yù)測，把預(yù)測和分析得到的STGC3基因可能的啟動子片段構(gòu)建至螢火蟲熒光素酶報告基因pGL3-enhance載體上，然后將重組體轉(zhuǎn)染到人胚腎上皮細(xì)胞系293T、人鼻咽癌細(xì)胞系CNE2及永生化人鼻咽上皮細(xì)胞系NP69，并利用雙熒光素酶檢測試劑盒檢測重組質(zhì)粒的活性以初步鑒定STGC3基因的啟動子區(qū)域。 結(jié)果：生物信息學(xué)分析結(jié)果顯示－3046bp至－46bp區(qū)域的轉(zhuǎn)錄起始位點有兩個，一個在－2348bp處，另一個在－948bp處，而且此區(qū)域存在兩個CpG島，CpG島1位于－1805bp至－1705bp處，長度為101bp; CpG島2位于－900bp至－684bp處，，長度為217bp。該區(qū)域未檢測到經(jīng)典的TATA盒序列，－1140bp和－774bp處有GC盒信號，－441bp處有CAAT盒信號。STGC3基因啟動子區(qū)分值0.8以上的區(qū)域位于－2992bp至－69bp，且－845bp至－795bp區(qū)域啟動子分值最高達(dá)到1.0。 實驗結(jié)果顯示pGL3-en283、pGL3-en281、 pGL3-en571質(zhì)粒在NP69、293T和CNE2三種細(xì)胞中相對于陰性對照pGL3-enhance質(zhì)粒均有較強(qiáng)的啟動子活性，其中pGL3-en281質(zhì)粒在三種細(xì)胞中的啟動子活性最強(qiáng)，故－934bp至－653bp區(qū)域有可能是其核心啟動子區(qū)，而且可能在－653bp至＋72bp的DNA序列中含有負(fù)性調(diào)控元件，而三種質(zhì)粒在293T細(xì)胞中比其在CNE2細(xì)胞中的啟動子活性強(qiáng)，可能在CNE2細(xì)胞中存在影響啟動子活性的因素。 結(jié)論： （1） STGC3基因啟動子區(qū)位于－2992bp至－69bp區(qū)域，而－934bp至－653bp區(qū)域有可能是其核心啟動子區(qū)。 （2）在－653bp至＋72bp的DNA序列中可能存在負(fù)性調(diào)控元件，在CNE2細(xì)胞中可能存在影響啟動子活性的因素。
[Abstract]:Objective: to predict and detect the promoter region of the STGC3 gene by bioinformatics and reporter gene vector analysis, and to identify the promoter region of the STGC3 gene and provide an important basis for clarifying the regulation mechanism of the expression of STGC3 gene.
Methods: Based on the preliminary study results of the STGC3 gene, a variety of bioinformatics software was used to predict the 3000bp sequence of the 3000bp sequence of the STGC3 gene, the upstream region of the upstream and control region of the 5 'end. The promoter fragment of the predicted and analyzed STGC3 gene was constructed to the luciferase luciferase reporter gene pGL3-enhance In vivo, the recombinant was transfected into the human embryonic renal epithelial cell line 293T, human nasopharyngeal carcinoma cell line CNE2 and the immortalized human nasopharyngeal epithelial cell line NP69, and the activity of the recombinant plasmid was detected by double luciferase detection kit to identify the promoter region of the STGC3 gene.
Results: the results of bioinformatics analysis showed that there were two transcriptional starting sites in the 3046bp to 46bp region, one at 2348bp, another at - 948bp, and two CpG islands in this region, and CpG island 1 at - 1805bp to 1705bp, with the length of 101bp; CpG Island 2 in 900bp to - 684bp. The length was unchecked in the region. The classical TATA box sequence, - 1140bp and - 774bp, has a GC box signal, - the region of the CAAT box signal.STGC3 gene promoter region of more than 0.8 is located at - 2992bp to - 69bp, and the - 845bp to 795bp regional promoter is up to the maximum 1.0.
The experimental results show that pGL3-en283, pGL3-en281 and pGL3-en571 plasmids have strong promoter activity compared with negative control pGL3-enhance plasmids in three kinds of NP69293T and CNE2 cells, and the promoter activity of pGL3-en281 plasmid is the strongest in the three cells. Negative regulatory elements can be contained in the DNA sequence of 653bp to + 72bp, and the three plasmids in 293T cells are more active than their promoter in CNE2 cells, and may have factors that affect promoter activity in CNE2 cells.
Conclusion:
(1) the promoter region of STGC3 gene is located in the region of - 29 - 9 - 2 - to - 6 - 9, and the region of - 9 - 3 - 4 - to - 6 - 5 - 3 - 3 may be the core promoter region.
(2) there may be negative regulatory elements in DNA sequences from 653bp to + 72bp, and there may be some factors affecting promoter activity in CNE2 cells.

【學(xué)位授予單位】：南華大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2012
【分類號】：R346

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本文編號：1820180