少根根霉在自然界分布廣泛,是重要的食品發(fā)酵菌,又是著名的機會致病菌,在形態(tài)和生化上多樣性豐富,包括原變種、德氏變種和東京變種等3個分類學變種,原型、德氏型、東京型和魯氏型等4個形態(tài)型,以及乳酸組和富馬蘋果酸組等2個生化組。DNA分子多樣性更為豐富。但這些多樣性之間缺乏系統(tǒng)的關(guān)聯(lián)研究。本研究選擇能代表以上多樣性的67個菌株,通過全基因組重測序提取ITS、IGS rDNA和SNP多態(tài)性位點進行分子系統(tǒng)發(fā)育和群體結(jié)構(gòu)分析,結(jié)果將少根根霉分為4個主要的系統(tǒng)發(fā)育分支,分支1和2是姐妹群關(guān)系,共同構(gòu)成德氏變種,另外兩個分支分別對應(yīng)東京變種和原變種。魯氏形態(tài)型多系,源自原變種和德氏變種。群體結(jié)構(gòu)分析表明在少根根霉物種內(nèi),德氏變種首先分歧出來,然后東京變種和原變種發(fā)生分化,最后3個變種分化出各自的亞群;這些亞群表明少根根霉物種正沿著8個相互雜交的分子群體進行演化。本研究首次利用基因組范圍的信息支持所有的生態(tài)群、分類學變種、形態(tài)型、生化組和系統(tǒng)發(fā)育分支仍然屬于同一個物種,物種分化尚未完成,同時實現(xiàn)了對少根根霉多個DNA分子群體的解析并推導出其演化規(guī)律。 

【文章來源】：菌物學報. 2020,39(12)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：19 頁

【部分圖文】：

少根根霉ITS rDNA的ML系統(tǒng)發(fā)育樹

少根根霉IGS rDNA的ML系統(tǒng)發(fā)育樹

少根根霉基因組5 208 049個SNP位點的鄰接法（NJ）無根系統(tǒng)發(fā)育樹

【參考文獻】：
期刊論文
[1]高通量自動化SNP檢測技術(shù)研究進展[J]. 蘇睿,林峻,陳鯉群,蔡偉文.  中國細胞生物學學報. 2019(07)
[2]單核苷酸多態(tài)性在人類基因組學發(fā)展中的應(yīng)用[J]. 蔣刈,戴樸,韓東一.  中華耳科學雜志. 2017(02)
[3]真菌DNA條形碼研究進展[J]. 張宇,郭良棟.  菌物學報. 2012(06)



本文編號：3606476