血管新生(Angiogenesis)在血管發(fā)育和許多疾病如癌癥的發(fā)生過程中都發(fā)揮著極其重要的作用。血管內(nèi)皮生長因子(Vascular endothelial growth factors,VEGF)是血管新生過程中最重要的調(diào)節(jié)因子。VEGF能夠和其受體VEGFR2結(jié)合將信號轉(zhuǎn)導至細胞中引起基因表達的改變。以往的研究對VEGF信號在細胞質(zhì)內(nèi)的轉(zhuǎn)導做了比較詳細的闡述,但對其在細胞核內(nèi)如何引起表觀遺傳的變化以及基因表達變化還尚無系統(tǒng)性研究。在這篇論文中,我們著重研究了VEGFA對血管內(nèi)皮細胞中表觀遺傳學和基因轉(zhuǎn)錄機制的影響。首先,我們通過RNA-seq檢測了在VEGFA刺激之后人臍靜脈內(nèi)皮細胞(HUVEC)中mRNA的表達。我們發(fā)現(xiàn)874個差異表達基因,并根據(jù)它們的時間表達模式不同將其分為7簇(G1-G7)。每一簇基因的功能不同,其中在1h時迅速上調(diào)的G4-5基因簇中超過一半(55%)的基因是轉(zhuǎn)錄因子,表明VEGFA刺激之后,細胞在短時間內(nèi)通過調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄的產(chǎn)出以響應VEGFA引起的細胞的改變。我們利用染色質(zhì)免疫沉淀和高通量測序(ChIP-seq)技術分析VEGFA刺激之后HUVEC細胞中多個組蛋...

【文章頁數(shù)】：167 頁

【學位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
abstract
英漢縮寫名詞對照
第一章 緒論
    1.1 血管新生
        1.1.1 血管新生過程
        1.1.2 VEGFA信號通路在血管新生過程中的作用
        1.1.3 血管新生在癌癥發(fā)生中的作用
    1.2 順式作用元件不同的表觀遺傳修飾引起的不同激活狀態(tài)調(diào)控基因的表達
        1.2.1 組蛋白的修飾
        1.2.2 順式作用調(diào)控原件
        1.2.3 不同表觀遺傳修飾引起順式作用元件不同的激活狀態(tài)調(diào)控基因的表達
    1.3 血管新生過程中的轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)
        1.3.1 ETS轉(zhuǎn)錄因子家族
        1.3.2 KRUPPEL樣因子
        1.3.3 FOX家族
        1.3.4 MAFB和 MEF2
    1.4 本論文研究的目的及意義
第二章 材料與方法
    2.1 實驗儀器
    2.2 實驗材料與試劑
    2.3 實驗方法
        2.3.1 質(zhì)粒的構建
        2.3.2 質(zhì)粒的提取
        2.3.3 細胞培養(yǎng)
        2.3.4 細胞的轉(zhuǎn)染
        2.3.5 慢病毒的包裝與濃縮
        2.3.6 慢病毒的侵染
        2.3.7 蛋白質(zhì)免疫印跡(WESTERN BLOT)
        2.3.8 染色體免疫共沉淀(CHROMATIN IMMUNOPRECIPITATION,CHIP)
        2.3.9 RNA的提取和逆轉(zhuǎn)錄
        2.3.10 VEGFA體外刺激模型
        2.3.11 細胞增殖實驗
        2.3.12 RNA測序文庫的建立
        2.3.13 CHIP DNA測序文庫的建立
        2.3.14 BAC的提取
        2.3.15 染色體構象捕捉實驗(CHROMATIN CONFIRMATION CAPTURE,3C)
        2.3.16 熒光素酶報告系統(tǒng)
        2.3.17 小室遷移實驗(TRANSWELL MIGRATION ASSAY)
        2.3.18 HUVEC小管形成實驗
        2.3.19 小鼠和基質(zhì)膠塞實驗(MATRIGEL PLUG ASSAY)
        2.3.20 CHIP-SEQ數(shù)據(jù)處理
        2.3.21 RNA-SEQ
        2.3.22 啟動子染色質(zhì)特征分析
        2.3.23 遠端調(diào)控元件分析(DISTAL REGULATORY ELEMENTS,DRES)
        2.3.24 超級增強子
        2.3.25 轉(zhuǎn)錄因子分析
        2.3.26 總體的遠端調(diào)控網(wǎng)絡的構建
        2.3.27 主要調(diào)節(jié)因子分析
第三章 實驗結(jié)果
    3.1 VEGFA的刺激引起轉(zhuǎn)錄的暫時性改變
    3.2 啟動子區(qū)域的表觀遺傳動態(tài)變化與VEGFA刺激的響應沒有相關性
    3.3 遠端表觀遺傳動態(tài)圖譜對VEGF的響應具有相關性
    3.4 動態(tài)超級增強子調(diào)節(jié)血管新生
    3.5 轉(zhuǎn)錄因子與染色體結(jié)合的動態(tài)變化協(xié)調(diào)表觀遺傳和轉(zhuǎn)錄的改變
    3.6 MAFS是 VEGFA刺激引起的轉(zhuǎn)錄變化的主要調(diào)控因子
第四章 討論與展望
參考文獻
附錄1 論文中使用的抗體
附錄2 論文中使用的引物
附錄3 差異性表達的RNA
攻讀博士學位期間發(fā)表或錄用的論文



本文編號：4021044