血管新生(Angiogenesis)在血管發(fā)育和許多疾病如癌癥的發(fā)生過(guò)程中都發(fā)揮著極其重要的作用。血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子(Vascular endothelial growth factors,VEGF)是血管新生過(guò)程中最重要的調(diào)節(jié)因子。VEGF能夠和其受體VEGFR2結(jié)合將信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)至細(xì)胞中引起基因表達(dá)的改變。以往的研究對(duì)VEGF信號(hào)在細(xì)胞質(zhì)內(nèi)的轉(zhuǎn)導(dǎo)做了比較詳細(xì)的闡述,但對(duì)其在細(xì)胞核內(nèi)如何引起表觀遺傳的變化以及基因表達(dá)變化還尚無(wú)系統(tǒng)性研究。在這篇論文中,我們著重研究了VEGFA對(duì)血管內(nèi)皮細(xì)胞中表觀遺傳學(xué)和基因轉(zhuǎn)錄機(jī)制的影響。首先,我們通過(guò)RNA-seq檢測(cè)了在VEGFA刺激之后人臍靜脈內(nèi)皮細(xì)胞(HUVEC)中mRNA的表達(dá)。我們發(fā)現(xiàn)874個(gè)差異表達(dá)基因,并根據(jù)它們的時(shí)間表達(dá)模式不同將其分為7簇(G1-G7)。每一簇基因的功能不同,其中在1h時(shí)迅速上調(diào)的G4-5基因簇中超過(guò)一半(55%)的基因是轉(zhuǎn)錄因子,表明VEGFA刺激之后,細(xì)胞在短時(shí)間內(nèi)通過(guò)調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)錄的產(chǎn)出以響應(yīng)VEGFA引起的細(xì)胞的改變。我們利用染色質(zhì)免疫沉淀和高通量測(cè)序(ChIP-seq)技術(shù)分析VEGFA刺激之后HUVEC細(xì)胞中多個(gè)組蛋...

【文章頁(yè)數(shù)】：167 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
abstract
英漢縮寫(xiě)名詞對(duì)照
第一章 緒論
    1.1 血管新生
        1.1.1 血管新生過(guò)程
        1.1.2 VEGFA信號(hào)通路在血管新生過(guò)程中的作用
        1.1.3 血管新生在癌癥發(fā)生中的作用
    1.2 順式作用元件不同的表觀遺傳修飾引起的不同激活狀態(tài)調(diào)控基因的表達(dá)
        1.2.1 組蛋白的修飾
        1.2.2 順式作用調(diào)控原件
        1.2.3 不同表觀遺傳修飾引起順式作用元件不同的激活狀態(tài)調(diào)控基因的表達(dá)
    1.3 血管新生過(guò)程中的轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)
        1.3.1 ETS轉(zhuǎn)錄因子家族
        1.3.2 KRUPPEL樣因子
        1.3.3 FOX家族
        1.3.4 MAFB和 MEF2
    1.4 本論文研究的目的及意義
第二章 材料與方法
    2.1 實(shí)驗(yàn)儀器
    2.2 實(shí)驗(yàn)材料與試劑
    2.3 實(shí)驗(yàn)方法
        2.3.1 質(zhì)粒的構(gòu)建
        2.3.2 質(zhì)粒的提取
        2.3.3 細(xì)胞培養(yǎng)
        2.3.4 細(xì)胞的轉(zhuǎn)染
        2.3.5 慢病毒的包裝與濃縮
        2.3.6 慢病毒的侵染
        2.3.7 蛋白質(zhì)免疫印跡(WESTERN BLOT)
        2.3.8 染色體免疫共沉淀(CHROMATIN IMMUNOPRECIPITATION,CHIP)
        2.3.9 RNA的提取和逆轉(zhuǎn)錄
        2.3.10 VEGFA體外刺激模型
        2.3.11 細(xì)胞增殖實(shí)驗(yàn)
        2.3.12 RNA測(cè)序文庫(kù)的建立
        2.3.13 CHIP DNA測(cè)序文庫(kù)的建立
        2.3.14 BAC的提取
        2.3.15 染色體構(gòu)象捕捉實(shí)驗(yàn)(CHROMATIN CONFIRMATION CAPTURE,3C)
        2.3.16 熒光素酶報(bào)告系統(tǒng)
        2.3.17 小室遷移實(shí)驗(yàn)(TRANSWELL MIGRATION ASSAY)
        2.3.18 HUVEC小管形成實(shí)驗(yàn)
        2.3.19 小鼠和基質(zhì)膠塞實(shí)驗(yàn)(MATRIGEL PLUG ASSAY)
        2.3.20 CHIP-SEQ數(shù)據(jù)處理
        2.3.21 RNA-SEQ
        2.3.22 啟動(dòng)子染色質(zhì)特征分析
        2.3.23 遠(yuǎn)端調(diào)控元件分析(DISTAL REGULATORY ELEMENTS,DRES)
        2.3.24 超級(jí)增強(qiáng)子
        2.3.25 轉(zhuǎn)錄因子分析
        2.3.26 總體的遠(yuǎn)端調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
        2.3.27 主要調(diào)節(jié)因子分析
第三章 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
    3.1 VEGFA的刺激引起轉(zhuǎn)錄的暫時(shí)性改變
    3.2 啟動(dòng)子區(qū)域的表觀遺傳動(dòng)態(tài)變化與VEGFA刺激的響應(yīng)沒(méi)有相關(guān)性
    3.3 遠(yuǎn)端表觀遺傳動(dòng)態(tài)圖譜對(duì)VEGF的響應(yīng)具有相關(guān)性
    3.4 動(dòng)態(tài)超級(jí)增強(qiáng)子調(diào)節(jié)血管新生
    3.5 轉(zhuǎn)錄因子與染色體結(jié)合的動(dòng)態(tài)變化協(xié)調(diào)表觀遺傳和轉(zhuǎn)錄的改變
    3.6 MAFS是 VEGFA刺激引起的轉(zhuǎn)錄變化的主要調(diào)控因子
第四章 討論與展望
參考文獻(xiàn)
附錄1 論文中使用的抗體
附錄2 論文中使用的引物
附錄3 差異性表達(dá)的RNA
攻讀博士學(xué)位期間發(fā)表或錄用的論文



本文編號(hào)：4021044