目的明確漢族人群原發(fā)性膽汁性膽管炎(PBC)的易感基因,比較漢族人群與其他種群間PBC易感基因的異同點,了解PBC發(fā)病的分子遺傳機制。方法采用Human Omni Zhong Hua-8 beadchip基因芯片對漢族人群1127例PBC患者和4074例對照者進行全基因組關聯研究(GWAS),采用Sequenom Mass Array平臺對驗證階段的907例PBC患者和2127例對照者進行基因分型,最終的合并分析包括2029例PBC患者和6163例對照者。采用Leica全自動免疫組化系統(tǒng)對PBC患者的肝活檢組織切片進行IL21/IL21R免疫組化分析。結果在初篩階段,在HLA區(qū)域和8個非HLA區(qū)域的CD58、STAT4、CD28-CTLA4-ICOS、CD80、TNSF15、CXCR5、IL-21R、ARID3A分別有179個和39個SNP的P值達到GWAS顯著性水平,從中選擇HLA區(qū)域的2個SNP和24個非HLA位點的32個SNP進行驗證分析,驗證分析結果證實位于HLA區(qū)域的HLA-DRA基因的變異位點rs9268644與PBC的相關性最為顯著,位于非HLA區(qū)域的TNFSF15、17...

【文章頁數】：129 頁

【學位級別】：博士

【部分圖文】：

圖3-1本研究PBC患者和對照人群的地理分布

研究對象均來自中國東部地區(qū),民族自稱為漢族(見圖3-1)。依據我們的對照者和PBC患者入選標準和研究階段質量控制標準(見2.8.1和2.8.2),共納入6163例對照者,其中男性2880例,女性3283例,男女對照者比例接近1:1;共納入2029例PBC患者,其中男性290例,女....

圖3-2部分樣本基因組DNA凝膠電泳檢測圖

對利用高鹽法所提取的所有基因組DNA在Nanodrop紫外分光光度計進行純度檢測,OD260/280比值為1.8-2.0。基因組DNA經0.8%的瓊脂糖凝膠電泳檢測,圖3-2展示部分樣本的結果,顯示合格樣本均為單一的大片段。3.初篩階段樣本質量和SNP分型數據分析結果

圖3-3PBC患者和對照者PCA分析

本研究是首次利用漢族人群的GWAS研究數據,在全基因組范圍內搜尋漢族人群PBC易感基因/位點。結果顯示,在HLA區(qū)域有179個SNP及在8個非HLA區(qū)域(CD58、STAT4、CD28-CTLA4-ICOS、CD80、TNSF15、CXCR5、IL-21R、ARID3A)有39個....

圖3-4漢族人群PBC全基因組關聯分析統(tǒng)計的Q-Q分析圖

圖3-3PBC患者和對照者PCA分析圖3-5漢族人群GWAS研究曼哈頓圖

本文編號：3922850