本文關(guān)鍵詞：漢族人群與歐美人群銀屑病易感基因的遺傳異質(zhì)性研究，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：研究背景:銀屑病(Psoriais,Ps)是一種常見的慢性炎癥性皮膚病,影響世界人口的0.1%~5%,因種族不同患病率差異很大,在我國(guó)銀屑病有逐年增多的趨勢(shì)。銀屑病使患者的身心遭受極大的摧殘,嚴(yán)重影響患者的生活質(zhì)量。銀屑病是一種復(fù)染疾病,有公認(rèn)的遺傳基礎(chǔ)。全基因組連鎖分析已經(jīng)鑒定出12個(gè)不同的染色體基因座與銀屑病相關(guān),其中,PSORS1占高達(dá)50%的銀屑病遺傳易感性。然而,銀屑病不同于孟德爾疾病,難以通過連鎖分析來鑒別這種復(fù)雜疾病的全部易感基因。隨著國(guó)際人類基因組單體型圖計(jì)劃(Hap Map Project)的完成和高通量基因分型技術(shù)的發(fā)展和成熟,全基因組關(guān)聯(lián)研究(GWAS)迅速在全球范圍內(nèi)展開。這使我們有可能采用病例和對(duì)照來進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)研究。到目前,已經(jīng)有多個(gè)研究團(tuán)隊(duì)在多個(gè)種族的人群中進(jìn)行了銀屑病GWASs,包括我們團(tuán)隊(duì)的漢族人銀屑病GWASs,發(fā)現(xiàn)了40多個(gè)新的銀屑病易感位點(diǎn),有力地推動(dòng)了銀屑病遺傳學(xué)的發(fā)展。然而,既往報(bào)道的銀屑病GWASs多針對(duì)歐美人群,除本團(tuán)隊(duì)外,鮮有大樣本的漢族人銀屑病GWASs。我們知道,歐美人群和漢族人群在遺傳結(jié)構(gòu)上存在較大差異,那么,這些歐美人群的銀屑病易感位點(diǎn)是否也是漢族人群的銀屑病易感位點(diǎn)?這些銀屑病易感位點(diǎn)在兩個(gè)人群存在怎樣的異質(zhì)性?對(duì)于這些,目前尚沒有一個(gè)較全面的研究。而它們的最終解決,對(duì)推動(dòng)漢族人銀屑病易感基因的功能學(xué)研究,全面揭示銀屑病的發(fā)病機(jī)制,進(jìn)而為藥物研發(fā)、疾病預(yù)防、診斷和個(gè)體化治療是有幫助的。我們具有漢族人群樣本資源和遺傳研究方面的技術(shù)優(yōu)勢(shì),這使我們能夠順利完成這個(gè)實(shí)驗(yàn)。目的:收集漢族人銀屑病樣本和健康對(duì)照樣本;通過病例-對(duì)照研究,確定歐美人群的銀屑病易感位點(diǎn)與漢族人銀屑病的關(guān)系;通過對(duì)這些位點(diǎn)進(jìn)行異質(zhì)性分析,闡述這些位點(diǎn)在漢族人群和歐美人群之間的遺傳異質(zhì)性。方法:收集樣本;檢索文獻(xiàn),查找既往報(bào)道的歐美人銀屑病易感位點(diǎn),納入與這些位點(diǎn)相關(guān)的數(shù)據(jù)以用于不同位點(diǎn)的遺傳異質(zhì)性分析。采用外顯子芯片(illumina Human Exome Bead Chip)方法,獲取芯片覆蓋到的SNPs的基因分型數(shù)據(jù)。運(yùn)用Sequenom Mass ARRAY技術(shù)(Sequenom平臺(tái)),獲取芯片未覆蓋到的SNPs的基因分型數(shù)據(jù)。使用Plink 1.07軟件包進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析,計(jì)算各個(gè)SNP的等位基因在病例-對(duì)照間的差異性P值。應(yīng)用Bonferroni校正法對(duì)檢驗(yàn)水準(zhǔn)進(jìn)行校整。采用Stata軟件對(duì)各個(gè)SNP位點(diǎn)在漢族人群和歐美人群的異質(zhì)性進(jìn)行分析。結(jié)果:1.共納入漢族人樣本22,860份,病例和對(duì)照的年齡以及生活地域都經(jīng)過嚴(yán)格匹配;通過文獻(xiàn)篩選,納入32個(gè)歐美人銀屑病易感位點(diǎn)(SNPs)。2.外顯子芯片實(shí)驗(yàn)(11,610病例vs.11,250對(duì)照),得到11個(gè)SNPs的基因分型數(shù)據(jù),經(jīng)過質(zhì)量控制和統(tǒng)計(jì)學(xué)分析,6個(gè)SNPs(位于4個(gè)基因區(qū)域)達(dá)到全基因組關(guān)聯(lián)研究水平(P5×10-08),即IFNLR1(rs4649203,P=2.55×10-08,OR=0.86(95%CI=0.82~0.91))、LCE3D-LCE3E(rs4112788,2.97×10-27,0.76(0.72~0.80))、IL12B(rs2082412,1.38×10-14,0.82(0.78~0.86);rs2546890,6.56×10-14,1.21(1.15~1.27);rs6887695,7.02×10-14,0.82(0.78~0.87))、HLA-B(rs3134792,3.99×10-26,0.54(0.49~0.61))。其余5個(gè)SNPs,即B3GNT2(rs10865331)、REL(rs702873)、ERAP1(rs27044)、RPL3P2(rs12191877)和WASF5P(rs10484554)未能達(dá)到全基因組關(guān)聯(lián)研究水平(P5×10-08)。3.Sequenom基因分型實(shí)驗(yàn)(8,110病例vs.8,373對(duì)照),獲得21個(gè)SNPs的基因分型數(shù)據(jù),經(jīng)過質(zhì)量控制后去除rs6677595(位于LCE3B-LCE3A)和rs963986(位于PTRF),9個(gè)SNPs(8個(gè)基因區(qū)域)達(dá)到驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)的顯著水平(P2.38×10-03),即IFNLR1(rs7552167,6.14×10-13,0.83(0.79~0.87))、RUNX3(rs7536201,2.91×10-07,0.88(0.84~0.92))、IL13(rs1295685,3.46×10-05,0.90(0.86~0.95))、TNIP1(rs2233278,5.86×10-23,1.46(1.36~1.58))、IL12B(rs3212227,6.457×10-19,0.82(0.79~0.86))、EXOC2(rs9504361,1.40×10-06,0.88(0.84~0.93))、POLI(rs545979,1.41×10-03,1.21(1.08~1.37))、SPATA2-RNF114(rs495337,4.65×10-04,0.92(0.88~0.97);rs1056198,1.32×10-03,0.93(0.89~0.97))。另外,10個(gè)位點(diǎn)包括IL23R(rs9988642)、1p36.23(rs11121129)、2p16.1(rs62149416)、TRAF3IP2(rs13210247)、TNFAIP3(rs582757)、TAGAP(rs2451258)、9q31.2(rs10979182)、ZC3H12C(rs4561177)、ETS1(rs3802826)和NOS2(rs28998802)在漢族人群病例-對(duì)照研究中沒有達(dá)到顯著水平(P≥2.38×10-03)。4.遺傳異質(zhì)性分析揭示4個(gè)與漢族人銀屑病相關(guān)的基因/位點(diǎn)IFNLR1(rs7552167)、RUNX3(rs7536201)、EXOC2(rs9504361)、POLI(rs545979)沒有顯著的人群異質(zhì)性(I2≤50%,H1.2);5個(gè)與漢族人銀屑病相關(guān)的基因/位點(diǎn)IFNLR1(rs4649203)、IL13(rs1295685)、TNIP1(rs2233278)、IL12B(rs2082412、rs6887695、rs3212227)、SPATA2-RNF114(rs495337、rs1056198)受人群異質(zhì)性影響明顯(I250%,H1.5)。有趣的是,基因IL12B的一個(gè)等位基因rs2546890-A對(duì)歐美人群是一種保護(hù)因素(OR=0.65,P=1.29×10-20),而對(duì)漢族人群卻是一種危險(xiǎn)因素(OR=1.21,P=6.56×10-14)。另外,14個(gè)基因/位點(diǎn)IL23R(rs9988642)、TAGAP(rs2451258)、NOS2(rs28998802)、1p36.23(rs11121129)、B3GNT2(rs10865331)、REL(rs702873)、2p16.1(rs62149416)、RPL3P2(rs12191877)、WASF5P(rs10484554)、TRAF3IP2(rs13210247)、TNFAIP3(rs582757)、9q31.2(rs10979182)、ZC3H12C(rs4561177)、ETS1(rs3802826)與漢族人銀屑病無明顯相關(guān),然而,這些位點(diǎn)存在人群異質(zhì)性,需要多中心大樣本研究進(jìn)一步驗(yàn)證。結(jié)論:本研究證實(shí)既往報(bào)道的15個(gè)SNPs與漢族人銀屑病明顯相關(guān),其分別位于10個(gè)基因區(qū)域,即IFNLR1、LCE3D-LCE3E、HLA-B、RUNX3、IL13、TNIP1、IL12B、EXOC2、POLI和SPATA2-RNF114。遺傳異質(zhì)性研究揭示,雖然這8個(gè)基因(IFNLR1、RUNX3、EXOC2、POLI、IL13、TNIP1、IL12B、SPATA2-RNF114)區(qū)域的13個(gè)SNPs與漢族人群和歐美人群銀屑病都相關(guān),但是它們?cè)趦蓚�(gè)人群之間存在不同程度的遺傳異質(zhì)性。另外,我們發(fā)現(xiàn)基因IL12B的一個(gè)等位基因rs2546890-A對(duì)歐美人群是一種保護(hù)因素,而對(duì)漢族人群是一種危險(xiǎn)因素。除此之外,我們的研究發(fā)現(xiàn)14個(gè)基因/位點(diǎn)(IL23R、TAGAP、NOS2、1p36.23、B3GNT2、REL、2p16.1、RPL3P2、WASF5P、TRAF3IP2、TNFAIP3、RPL31P43、ZC3H12C、ETS1)與漢族人群銀屑病沒有明顯的相關(guān)性,這些基因/位點(diǎn)存在人群異質(zhì)性,仍待多中心大樣本研究去證實(shí),這給后續(xù)研究提供了機(jī)遇和挑戰(zhàn)。
【關(guān)鍵詞】：銀屑病 遺傳異質(zhì)性 全基因組關(guān)聯(lián)分析
【學(xué)位授予單位】：安徽醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：R758.63
【目錄】：

• 英文縮略表6-8
• 中文摘要8-12
• 英文摘要12-17
• 1 引言17-22
• 2 材料與方法22-52
• 2.1 研究對(duì)象22
• 2.2 調(diào)查表設(shè)計(jì)22-23
• 2.3 資料的質(zhì)量控制23
• 2.4 實(shí)驗(yàn)試劑和耗材23-26
• 2.4.1 DNA萃取試劑和耗材23-24
• 2.4.2 電泳試劑和耗材24
• 2.4.3 DNA溶液濃度標(biāo)準(zhǔn)化試劑和耗材24
• 2.4.4 Sequenom平臺(tái)試劑和耗材24-25
• 2.4.5 外顯子芯片檢測(cè)試劑和耗材25-26
• 2.5 實(shí)驗(yàn)儀器26-28
• 2.5.1 DNA 萃取儀器26-27
• 2.5.2 電泳器材27
• 2.5.3 DNA濃度檢測(cè)器材27
• 2.5.4 基因分型器材27-28
• 2.6 實(shí)驗(yàn)方法28-47
• 2.6.1 樣本收集28
• 2.6.2 DNA萃取28-29
• 2.6.3 DNA電泳29-31
• 2.6.4 DNA濃度標(biāo)準(zhǔn)化31-32
• 2.6.5 外顯子芯片實(shí)驗(yàn)32-38
• 2.6.6 Sequenom基因分型實(shí)驗(yàn)38-46
• 2.6.7 統(tǒng)計(jì)分析46-47
• 2.7 數(shù)據(jù)庫及鏈接47-49
• 2.8 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法49-52
• 2.8.1 Plink軟件紹49-50
• 2.8.2 數(shù)據(jù)的吻合度檢驗(yàn)50
• 2.8.3 效能（Power）計(jì)算50-51
• 2.8.4 異質(zhì)性分析51-52
• 3 結(jié)果52-67
• 3.1 研究對(duì)象的基本特征52-58
• 3.1.1 外顯子芯片實(shí)驗(yàn)52-53
• 3.1.2 Sequenom平臺(tái)驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)53-58
• 3.2 驗(yàn)證結(jié)果58-60
• 3.2.1 外顯子芯片實(shí)驗(yàn)結(jié)果58
• 3.2.2 Sequnom平臺(tái)驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)結(jié)果58-59
• 3.2.3 同一位點(diǎn)的連鎖情況59-60
• 3.3 銀屑病易感位點(diǎn)的遺傳異質(zhì)性分析60-61
• 3.3.1 趨勢(shì)分析（++或-+）60
• 3.3.2 研究間的異質(zhì)性分析(I2和H指標(biāo))60-61
• 3.4 人群特有基因/位點(diǎn)61-67
• 4 討論67-83
• 5 結(jié)論83-85
• 6 參考文獻(xiàn)85-98
• 附錄98-100
• 致謝100-102
• 綜述102-117
• 參考文獻(xiàn)109-117

【共引文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：368714