軟組織肉瘤是一組少見的惡性腫瘤,約占成人惡性腫瘤的1%,兒童惡性腫瘤的10%。軟組織肉瘤約有50種不同亞型,它們的臨床、病理以及分子學(xué)特征均有所不同。目前,軟組織肉瘤的治療仍以手術(shù)治療與化療為主。但存在術(shù)后復(fù)發(fā)轉(zhuǎn)移、預(yù)后差以及化療效果差等問(wèn)題。隨著分子病理學(xué)研究的深入,多個(gè)基因被證實(shí)與軟組織肉瘤的進(jìn)展相關(guān),但是目前臨床上還沒(méi)有任何一種生物標(biāo)志物被用于指導(dǎo)預(yù)后。加權(quán)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析（Weighted Gene Co-expression Network Analysis,WGCNA）通過(guò)動(dòng)態(tài)剪切樹的方法,將表達(dá)相似的基因歸類于同一個(gè)模塊,通過(guò)臨床性狀和基因模塊間的關(guān)聯(lián)性分析,探究模塊與臨床性狀的相關(guān)性,并通過(guò)對(duì)模塊進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)分析以及功能分析,解釋基因模塊的功能,篩選出具有生物學(xué)意義的核心基因。WGCNA已經(jīng)在多種實(shí)體瘤中用于發(fā)現(xiàn)與臨床性狀或預(yù)后相關(guān)的基因模塊和核心基因,并在實(shí)驗(yàn)和臨床中得到較好的驗(yàn)證。但是,關(guān)于WGCNA在軟組織肉瘤中應(yīng)用的報(bào)道較為少見。驅(qū)動(dòng)蛋白家族成員20A（Kinesin Family Member 20A,KIF20A）在細(xì)胞有絲分裂、細(xì)胞遷移和胞內(nèi)轉(zhuǎn)運(yùn)中發(fā)揮作用。已有... 

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【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

技術(shù)路線圖

KIF20A的結(jié)構(gòu)

吉林大學(xué)博士學(xué)位論文本表達(dá)數(shù)據(jù)和臨床生存信息，用于模塊核心基因的生存相關(guān)性驗(yàn)證。以上兩個(gè)GEO數(shù)據(jù)集，均在GEO數(shù)據(jù)庫(kù)上下載MINiML格式文件，此系列文件是xml文件的集合包含有數(shù)據(jù)集完整的芯片表達(dá)數(shù)據(jù)以及臨床信息。癌癥和腫瘤基因圖譜（TheCancerGenomeAtlas，TCGA）是一項(xiàng)始于2005年的項(xiàng)目，其利用基因測(cè)序和生物信息學(xué)對(duì)導(dǎo)致癌癥的基因突變進(jìn)行分類。TCGA采用高通量基因組分析技術(shù)，通過(guò)更好地了解癌癥的遺傳基礎(chǔ)，提高我們?cè)\斷、治療和預(yù)防癌癥的能力。BroadGDACFirehose平臺(tái)是哈佛大學(xué)和麻省理工大學(xué)共同維護(hù)的TCGA數(shù)據(jù)存儲(chǔ)平臺(tái)，其包含了所有TCGA的項(xiàng)目數(shù)據(jù)。TCGA軟組織肉瘤項(xiàng)目[140]包含261個(gè)軟組織肉瘤的各種類型測(cè)序數(shù)據(jù)以及臨床信息。本課題中我們下載此項(xiàng)目的基因測(cè)序數(shù)據(jù)和臨床信息，用于對(duì)WGCNA模塊進(jìn)行保守性分析檢驗(yàn)以及驗(yàn)證核心基因的生存相關(guān)性。17圖3.1BroadGDACFirehose數(shù)據(jù)存儲(chǔ)平臺(tái)Figure3.1BroadGDACFirehosedatastorageplatform


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