研究背景乳腺癌是全球范圍內(nèi)最常見的惡性腫瘤之一,其發(fā)病率高居所有女性惡性腫瘤的首位。同樣,我國女性乳腺癌發(fā)病率仍居女性惡性腫瘤的第一位,死亡率排第五位,且發(fā)病呈現(xiàn)上升及年輕化趨勢。乳腺癌的死因90%系腫瘤遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移所致,其中尤以肺轉(zhuǎn)移預(yù)后較差。乳腺癌肺轉(zhuǎn)移的機(jī)制尚未闡明,多項(xiàng)研究表明可能與上皮間質(zhì)化（Epithelial-mesenchymal transition,EMT）、乳腺癌干細(xì)胞、腫瘤微環(huán)境、循環(huán)腫瘤細(xì)胞、腫瘤相關(guān)巨噬細(xì)胞、非編碼RNA等有關(guān)。環(huán)狀RNA（circular RNA,circRNA）是一類具有5’端的帽和3’端的尾的單鏈共價環(huán)狀結(jié)構(gòu)的非編碼RNA。研究發(fā)現(xiàn),circRNAs在乳腺癌中表達(dá)失調(diào)可能參與乳腺癌的發(fā)生、發(fā)展、細(xì)胞增殖與凋亡、轉(zhuǎn)移及耐藥等調(diào)控。乳腺癌的轉(zhuǎn)移具有明顯的器官選擇特性,有研究者采用RNA測序,篩選與鑒定出乳腺癌腦轉(zhuǎn)移相關(guān)的circRNAs,但原發(fā)癌與肺轉(zhuǎn)移癌circRNAs差異表達(dá)的確切機(jī)制仍待研究。目的與意義本課題選取原發(fā)乳腺癌及肺轉(zhuǎn)移癌組織,篩選出差異表達(dá)circRNAs,挑選表達(dá)水平差異最大的circRNAs,進(jìn)行功能及機(jī)制分析,探討cir... 

【文章來源】：南華大學(xué)湖南省

【文章頁數(shù)】：162 頁

【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

人類環(huán)狀RNA芯片V2表達(dá)譜芯片篩選乳腺癌組織及同一患者肺轉(zhuǎn)移組織中表達(dá)差異的circRNA

南華大學(xué)博士學(xué)位論文162歸一化原始數(shù)據(jù)然后掃描結(jié)果的tiff格式圖用FeatureExtraction軟件分析，得到原始數(shù)據(jù)文件，格式為.txt。然后采用GeneSpringGX軟件對每個樣品的數(shù)據(jù)歸一化和質(zhì)量分析。結(jié)果顯示，歸一化后不同樣本總體基因的表達(dá)水平趨于同一水平（見圖1.2）。圖1.2人類環(huán)狀RNA表達(dá)譜芯片結(jié)果歸一化及數(shù)據(jù)質(zhì)量分析紅色為primarytumor組，藍(lán)色為lungmetastasistumor組，左側(cè)圖為原始數(shù)據(jù)，右側(cè)圖為經(jīng)GeneSpringGX軟件對每個樣品的數(shù)據(jù)歸一化和質(zhì)量分析后的結(jié)果，歸一化后不同樣本總體基因的表達(dá)水平趨于同一水平。3比對乳腺癌原位組織與肺轉(zhuǎn)移組織中circRNA表達(dá)差異通過分析歸一化后的原始數(shù)據(jù)，比對乳腺癌原位組織與肺轉(zhuǎn)移組織中circRNA表達(dá)差異，并采用散點(diǎn)圖分析兩組間差異表達(dá)的circRNA的量及差異情況。結(jié)果發(fā)現(xiàn)差異表達(dá)的circRNA477個，其中表達(dá)上調(diào)的circRNA268個，表達(dá)下調(diào)的209個。（見圖1.3）。

第一部分篩選乳腺癌組織及肺轉(zhuǎn)移組織中表達(dá)差異的circRNA17圖1.3乳腺癌原位組織與肺轉(zhuǎn)移組織中circRNA表達(dá)差異統(tǒng)計(jì)橫坐標(biāo)表示primarytumor組樣本平均表達(dá)值，縱坐標(biāo)表示lungmetastasistumor組樣本的平均表達(dá)值，橫坐標(biāo)和縱坐標(biāo)均使用進(jìn)行l(wèi)og2轉(zhuǎn)換后的值。標(biāo)注為紅色的是上調(diào)的基因，標(biāo)注為綠色的是下調(diào)的基因，標(biāo)注為黑色的是無顯著差異基因。4分析乳腺癌原位組織與肺轉(zhuǎn)移組織中差異表達(dá)circRNA所處基因組位置的差異采用CircosPlot分析兩組中差異表達(dá)circRNA所處基因組位置的差異，結(jié)果顯示，兩組間差異表達(dá)的circRNA均勻分布于基因組（見圖1.4）。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Noncoding RNAs in gastric cancer: Research progress and prospects[J]. Meng Zhang,Xiang Du.  World Journal of Gastroenterology. 2016(29)



本文編號：3418854