【研究背景】泌尿系結(jié)石是全世界范圍內(nèi)發(fā)病率最高的泌尿系統(tǒng)疾病之一。我國最新的橫斷面流行病學(xué)調(diào)查結(jié)果顯示成年人群泌尿系結(jié)石的患病率高達6.4%。目前根據(jù)泌尿系結(jié)石的主要成分,泌尿系結(jié)石可以分為草酸鈣結(jié)石、磷酸鈣結(jié)石、尿酸結(jié)石、胱氨酸結(jié)石、黃嘌呤結(jié)石、磷酸鎂銨結(jié)石、碳酸磷灰石結(jié)石及尿酸銨結(jié)石等等。隨著對結(jié)石成分的深入研究發(fā)現(xiàn),泌尿系結(jié)石的化學(xué)成分不僅包括上述晶體,還包括大量的非晶體或有機物質(zhì),如蛋白質(zhì)、脂質(zhì)、糖胺聚糖、碳水化合物等大分子物質(zhì)。泌尿系結(jié)石的形成過程并不單純是簡單的物理化學(xué)過程,同時也是受許多有機物質(zhì)參與調(diào)控的過程。這些有機大分子在泌尿系結(jié)石的發(fā)生、進展過程發(fā)揮了重要的作用。然而目前泌尿系結(jié)石的發(fā)病機制尚不完全確切。由于蛋白質(zhì)組學(xué)分析技術(shù)的不斷發(fā)展,國內(nèi)外越來越多學(xué)者利用該技術(shù)用來分析泌尿系結(jié)石中的蛋白質(zhì),即結(jié)石基質(zhì)蛋白（Stone matrix proteins,SMP）。目前已有大量文獻報道,許多學(xué)者已經(jīng)從結(jié)石中分離鑒定出多種蛋白質(zhì),且這些蛋白質(zhì)主要通過參與相關(guān)的生物過程,如炎癥、免疫反應(yīng)和急性期反應(yīng)信號通路等等,這一系列生物過程可能在結(jié)石結(jié)晶、成核、聚集、生長的過程中發(fā)揮... 

【文章來源】：廣州醫(yī)科大學(xué)廣東省

【文章頁數(shù)】：63 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

蛋白定量標(biāo)準(zhǔn)曲線

結(jié)果1911666.245352518.4KDa圖2結(jié)石基質(zhì)蛋白的SDS-PAGE膠圖2.3結(jié)石基質(zhì)蛋白的鑒定15個結(jié)石樣品經(jīng)LC-MS/MS檢測、搜庫（Uniprot人數(shù)據(jù)庫，為防止峰形錯配搜庫條件以假陽性率≤0.01%(FDR，falsediscoveryrate)來控制）后，蛋白質(zhì)鑒定及定量的結(jié)果提示一共鑒定出1118個蛋白質(zhì)，鑒定出8000個肽段，如表5所示。這些蛋白質(zhì)在附加文件1,2的表格中列出，連同它們的UniProt身份、基因符號、蛋白質(zhì)名稱和蛋白質(zhì)表達量等等。鑒定出1118個蛋白質(zhì)，其中1080個可信蛋白*，如表6所示，3組結(jié)石樣品中表達量最高的50種蛋白質(zhì)，由此可見，3組結(jié)石的SMP中，蛋白質(zhì)表達量最高的是鈣粒蛋白B（ProteinS100-A9，S100A9），且蛋白質(zhì)組成成分大致相同。鑒定到的SMP中，存在大量的炎性蛋白，如中性粒細胞防御素-3、鈣粒蛋白A、鈣粒蛋白B、尿胰蛋白酶抑制劑(AMBP)、纖連蛋白、髓過氧化物酶(MPO)等等。注：*可信蛋白：刪除原始數(shù)據(jù)中所有樣品表達值均為0的蛋白。表5LC-MS/MS質(zhì)譜鑒定結(jié)果類型ResultProteinGroupsPeptides11188000

結(jié)果25進行t-test檢驗，計算每個比較組的差異倍數(shù)FC和差異顯著性p-value，然后采取1.2倍差異倍數(shù)、p-value小于0.05的雙標(biāo)準(zhǔn)篩選差異蛋白。當(dāng)差異倍數(shù)大于1.2倍或者小于5/6并且p-value小于0.05，則認(rèn)為是差異表達顯著的蛋白。表8差異蛋白的數(shù)目統(tǒng)計CO/CPCO/MAPCP/MAP38427圖3CO/CP、CO/MAP、CP/MAP火山圖Note：火山圖橫坐標(biāo)為log2(FC)，其值距離0點越遠表示差異越大，右側(cè)為高表達，左側(cè)為低表達�？v坐標(biāo)為-log10(P-value)，縱坐標(biāo)值距離0點越遠表示差異越大。圖中綠色的點表示下調(diào)差異蛋白，紅色的點為上調(diào)差異蛋白，黑色的點為非顯著差異表達蛋白。表9CO/CP差異蛋白（38個）列表蛋白名基因名縮寫Immunoglobulinlambda-likepolypeptide5IGLL5Peptidoglycanrecognitionprotein1PGLYRP1Immunoglobulinheavyvariable3-7IGHV3-7ImmunoglobulinkappaconstantIGKCImmunoglobulinheavyconstantgammaIGHG1


本文編號：3144808