ABCB1基因多態(tài)性與卵巢癌一線方案化療毒副反應(yīng)及近期療效相關(guān)性研究
發(fā)布時間：2021-03-06 10:13
目的1.探討卵巢癌患者中各基因SNP的基本情況,研究ABCB1在正常組織器官和卵巢癌組織中的表達水平及其與卵巢癌患者臨床病例資料及預(yù)后的關(guān)系。2.探討ABCB1基因多態(tài)性與卵巢癌患者一線方案化療毒副反應(yīng)及近期療效的關(guān)系。方法基于TCGA和GTEx數(shù)據(jù)庫,對卵巢癌患者的SNP數(shù)據(jù)及RNA-seq數(shù)據(jù)進行生物信息學(xué)分析。選取2017年10月至2019年6月就診于中國人民解放軍聯(lián)勤保障部隊第九四〇醫(yī)院及甘肅省婦幼保健院的40例卵巢癌患者。40例卵巢癌患者均接受手術(shù)治療,術(shù)后均給予鉑類聯(lián)合紫杉醇一線方案化療6個療程。使用原位雜交技術(shù)對樣本中ABCB1的G2677T/A、C3435T進行基因型檢測,采用c2檢驗和Logistic回歸分析ABCB1基因多態(tài)性與卵巢癌患者一線方案化療毒副反應(yīng)及近期療效的關(guān)系。結(jié)果1.基于TCGA數(shù)據(jù)庫,卵巢癌患者基因突變發(fā)生率較高的前15位基因分別為TP53、TTN、MUC16、MUC17、CSMD3、HMCN1、USH2A、FAT3、DST、RYR2、NF1、TOP2A、APOB、MACF1、SYNE2。2.基于GTEx數(shù)據(jù)庫,ABCB1在正...
【文章來源】：甘肅中醫(yī)藥大學(xué)甘肅省
【文章頁數(shù)】：55 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
TCGA數(shù)據(jù)庫中卵巢癌樣本的SNP情況
ABCB1基因多態(tài)性與卵巢癌一線方案化療毒副反應(yīng)及近期療效相關(guān)性研究182.公共數(shù)據(jù)庫中ABCB1在卵巢癌的基因表達情況基于GTEx數(shù)據(jù)庫，發(fā)現(xiàn)ABCB1在正常腎上腺組織中表達水平最高，在骨組織中表達水平最低。與女性相比，在男性脂肪及乳腺組織中ABCB1顯著高表達（P＜0.05）。與男性相比，在女性腦組織中ABCB1顯著高表達（P＜0.05）（圖2）。GTEx數(shù)據(jù)庫中共獲得88例正常卵巢組織樣本，與TCGA數(shù)據(jù)庫中379例卵巢癌組織樣本相比較，ABCB1在卵巢癌中顯著低表達（P＜0.05）。不同分期卵巢癌患者的ABCB1表達水平無顯著差異（P＞0.05）。ABCB1的表達水平與卵巢癌患者的總生存期無關(guān)（P＞0.05）。ABCB1發(fā)生突變的樣本與未發(fā)生突變的樣本相比，其ABCB1的表達水平未見顯著差異（P＞0.05）（圖3）。圖2.基于GTEx數(shù)據(jù)庫ABCB1在正常人體各組織中的表達情況
ABCB1基因多態(tài)性與卵巢癌一線方案化療毒副反應(yīng)及近期療效相關(guān)性研究19圖3.A：ABCB1在正常卵巢組織及卵巢癌中的表達差異；B：GEPIA在線工具分析不同分期卵巢癌中ABCB1的表達水平；C：ABCB1在卵巢癌組織中的表達水平與患者總生存期間的關(guān)系；D：ABCB1在突變組與野生組中的表達水平3.ABCB1基因型在研究人群中的分布40例卵巢癌患者中，ABCB1C3435T檢測結(jié)果為：CC14例（35.0%），CT17例（42.5%），TT9例（22.5%）,CT+TT26例（65.0%），經(jīng)Hardy-Weinberg遺傳平衡定律檢驗（2=0.75，P＞0.05），該樣本達到了遺傳平衡；ABCB1G2677T/A檢測結(jié)果為：GG11例（27.5%），GT14例（35.0%），TT15例（37.5%），GT+TT29例（72.5%），經(jīng)Hardy-Weinberg遺傳平衡定律檢驗（2=3.43，P＞0.05），該樣本達到了遺傳平衡（表5）。結(jié)合患者一般資料，觀察患者一般資料與基因型分布頻率的關(guān)系。40例卵巢癌患者中，＞50歲者23名（57.5%），≤50歲者17名（42.5%）；病理分期I-II期14名（35.0%），表5.ABCB1基因Hardy-Weinberg遺傳平衡定律檢驗ABCB1基因基因型頻數(shù)（%）等位基因頻數(shù)（%）理論頻數(shù)（%）2PC3435TCC14（35.0）C45（56.25）12.66（31.64）0.75>0.05CT17（42.5）T35（43.75）19.69（49.22）TT9（22.5）7.66（19.14）G2677T/AGG11（27.5）G36（45.0）8.10（20.25）3.43>0.05GT14（35.0）T44（55.0）19.80（49.50）TT15（37.5）12.10（30.25）
【參考文獻】：
期刊論文
[1]ABCB1基因C3435T多態(tài)性與兒童急性淋巴細胞白血病相關(guān)性的分析[J]. 趙富磊,李騫,柳汝明,王茜,張峻. 中國臨床藥理學(xué)雜志. 2018(18)
本文編號：3066914
【文章來源】：甘肅中醫(yī)藥大學(xué)甘肅省
【文章頁數(shù)】：55 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
TCGA數(shù)據(jù)庫中卵巢癌樣本的SNP情況
ABCB1基因多態(tài)性與卵巢癌一線方案化療毒副反應(yīng)及近期療效相關(guān)性研究182.公共數(shù)據(jù)庫中ABCB1在卵巢癌的基因表達情況基于GTEx數(shù)據(jù)庫，發(fā)現(xiàn)ABCB1在正常腎上腺組織中表達水平最高，在骨組織中表達水平最低。與女性相比，在男性脂肪及乳腺組織中ABCB1顯著高表達（P＜0.05）。與男性相比，在女性腦組織中ABCB1顯著高表達（P＜0.05）（圖2）。GTEx數(shù)據(jù)庫中共獲得88例正常卵巢組織樣本，與TCGA數(shù)據(jù)庫中379例卵巢癌組織樣本相比較，ABCB1在卵巢癌中顯著低表達（P＜0.05）。不同分期卵巢癌患者的ABCB1表達水平無顯著差異（P＞0.05）。ABCB1的表達水平與卵巢癌患者的總生存期無關(guān)（P＞0.05）。ABCB1發(fā)生突變的樣本與未發(fā)生突變的樣本相比，其ABCB1的表達水平未見顯著差異（P＞0.05）（圖3）。圖2.基于GTEx數(shù)據(jù)庫ABCB1在正常人體各組織中的表達情況
ABCB1基因多態(tài)性與卵巢癌一線方案化療毒副反應(yīng)及近期療效相關(guān)性研究19圖3.A：ABCB1在正常卵巢組織及卵巢癌中的表達差異；B：GEPIA在線工具分析不同分期卵巢癌中ABCB1的表達水平；C：ABCB1在卵巢癌組織中的表達水平與患者總生存期間的關(guān)系；D：ABCB1在突變組與野生組中的表達水平3.ABCB1基因型在研究人群中的分布40例卵巢癌患者中，ABCB1C3435T檢測結(jié)果為：CC14例（35.0%），CT17例（42.5%），TT9例（22.5%）,CT+TT26例（65.0%），經(jīng)Hardy-Weinberg遺傳平衡定律檢驗（2=0.75，P＞0.05），該樣本達到了遺傳平衡；ABCB1G2677T/A檢測結(jié)果為：GG11例（27.5%），GT14例（35.0%），TT15例（37.5%），GT+TT29例（72.5%），經(jīng)Hardy-Weinberg遺傳平衡定律檢驗（2=3.43，P＞0.05），該樣本達到了遺傳平衡（表5）。結(jié)合患者一般資料，觀察患者一般資料與基因型分布頻率的關(guān)系。40例卵巢癌患者中，＞50歲者23名（57.5%），≤50歲者17名（42.5%）；病理分期I-II期14名（35.0%），表5.ABCB1基因Hardy-Weinberg遺傳平衡定律檢驗ABCB1基因基因型頻數(shù)（%）等位基因頻數(shù)（%）理論頻數(shù)（%）2PC3435TCC14（35.0）C45（56.25）12.66（31.64）0.75>0.05CT17（42.5）T35（43.75）19.69（49.22）TT9（22.5）7.66（19.14）G2677T/AGG11（27.5）G36（45.0）8.10（20.25）3.43>0.05GT14（35.0）T44（55.0）19.80（49.50）TT15（37.5）12.10（30.25）
【參考文獻】：
期刊論文
[1]ABCB1基因C3435T多態(tài)性與兒童急性淋巴細胞白血病相關(guān)性的分析[J]. 趙富磊,李騫,柳汝明,王茜,張峻. 中國臨床藥理學(xué)雜志. 2018(18)
本文編號：3066914
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