目的:基于大數(shù)據(jù)挖掘固本增骨方防治骨質(zhì)疏松癥的主要活性成分,運(yùn)用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)構(gòu)建“藥物-疾病-靶點(diǎn)-信號(hào)通路”網(wǎng)絡(luò),探討其治療骨質(zhì)疏松癥的潛在機(jī)制和分子學(xué)途徑。方法:在中藥系統(tǒng)藥理學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)TCMSP在線分析平臺(tái)以“OB≥30%,DL≥0.18和HL≥4.00”作為條件篩選出固本增骨方中黃芪、當(dāng)歸、黨參、淫羊藿、熟地黃、肉蓯蓉、烏藥的有效活性成分,采用人類基因數(shù)據(jù)庫(kù)（GeneCards）和人類孟德?tīng)枖?shù)據(jù)庫(kù)（OMIM）篩選出疾病靶點(diǎn),使用Cytoscape 3.7.2軟件構(gòu)建“疾病-中藥復(fù)方-化合物-靶標(biāo)”調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。利用String軟件構(gòu)建交集靶點(diǎn)蛋白互作網(wǎng)絡(luò)和條形圖,分析蛋白的相互作用關(guān)系及核心靶點(diǎn)。使用clusterProfiler R包對(duì)共同靶點(diǎn)進(jìn)行GO功能與KEGG通路富集分析,得到固本增骨方治療骨質(zhì)疏松癥核心基因相關(guān)的生物功能和信號(hào)通路。在BATMAN-TCM數(shù)據(jù)庫(kù)中以“Score cutoff≥30,P-value≤0.05”作為條件篩選出君藥黃芪、當(dāng)歸,臣藥熟地黃、淫羊藿的活性成分及靶點(diǎn)后,以上述同樣的方法進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)分析,預(yù)測(cè)“黃芪-淫羊藿”、“當(dāng)歸-熟地黃”兩組藥對(duì)治療骨... 

【文章來(lái)源】： 王凱 甘肅中醫(yī)藥大學(xué)

【文章頁(yè)數(shù)】：68 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

固本增骨方與OP共同靶基因Venny圖

固本增骨方治療骨質(zhì)疏松癥的網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究20病的交集靶點(diǎn)，數(shù)據(jù)結(jié)果表明固本增骨方可能主要通過(guò)這49個(gè)有效成分作用于共同靶基因而對(duì)OP產(chǎn)生相應(yīng)的影響，具體見(jiàn)圖2。圖2固本增骨方-疾病-化合物-靶標(biāo)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)3.4PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建結(jié)果使用String軟件交集靶點(diǎn)構(gòu)建蛋白互作網(wǎng)絡(luò)，得到132個(gè)靶蛋白的相互作用關(guān)系，見(jiàn)圖3。

固本增骨方治療骨質(zhì)疏松癥的網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究21圖3蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)圖注：圓圈代表基因，線條代表基因間存在蛋白相互作用，圓圈內(nèi)部結(jié)果代表蛋白結(jié)構(gòu)，線頭顏色代表蛋白之間存在相互作用的不同證據(jù)。紅色線條代表基因融合的證據(jù)，綠色線條代表基因染色體位置鄰接的證據(jù)，藍(lán)色線條代表共同進(jìn)化的證據(jù)，粉色線條代表實(shí)驗(yàn)的證據(jù)，黃色線條代表文本挖掘的證據(jù)，淺藍(lán)色線條代表數(shù)據(jù)庫(kù)的證據(jù)，黑色線條代表共表達(dá)的證據(jù)。（smallnodes:proteinofunknown3Dstructure;largenodes:some3Dstructureisknownorpredicted;Aredlineindicatesthepresenceoffusionevidence;agreenline-neighborhoodevidence;ablueline-coocurrenceevidence;apurpleline-experimentalevidence;ayellowline-textminingevidence;alightblueline-databaseevidence;ablackline-coexpressionevidence.）將以上所得數(shù)據(jù)輸入R語(yǔ)言軟件繪制蛋白互作網(wǎng)絡(luò)鄰接節(jié)點(diǎn)數(shù)目條形圖，結(jié)果表明AKT、IL6、VEGFA、JUN、PTGS2、CASP3、MAPK1、MAPK8、CXCL8、MMP9、EGF、EGFR、MYC、IL1B、ESR1、CCL2、CCND1、MMP2、IL10、MAPK14、PPARG、SERPINE1、RELA、ERBB2、NOS3、AR、ICAM1、IL4、BCL2L1的鄰接數(shù)目分別為99、96、90、81、79、78、78、78、77、77、76、76、74、72、69、69、67、66、64、63、59、59、59、57、56、56、54、54、54、53個(gè)，由圖4可以看出AKT、IL6、VEGFA、JUN、PTGS2、CASP3、MAPK1、MAPK8等網(wǎng)絡(luò)鄰接節(jié)點(diǎn)數(shù)目均大于70，位于網(wǎng)絡(luò)最核心。

【參考文獻(xiàn)】：
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本文編號(hào)：3000617