離子通道是位于所有細(xì)胞脂質(zhì)膜中的離子滲透性蛋白質(zhì)孔,不同的離子通道在不同的生物過程中具有獨特的功能。在這些離子通道之中,有很大一部分與疾病的發(fā)生及治療都有關(guān)系,并且已知離子通道是超過700種藥物的靶標(biāo)。離子通道的數(shù)量不斷增加,隨著高通量質(zhì)譜技術(shù)的迅速發(fā)展,蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)也在迅速積累。離子通道在細(xì)胞傳導(dǎo)中起著重要的作用,它與許多疾病息息相關(guān),在腫瘤和癌癥的研究中起著重要的作用,是臨床與科研的熱點領(lǐng)域。并且,已經(jīng)有研究表明中藥對于治療“通道病”具有良好的效果,所以對離子通道的快速準(zhǔn)確的預(yù)測分類需要進(jìn)一步的研究。本文的重點是首先利用生物信息學(xué)中的文本挖掘技術(shù)找到中藥青蒿與腫瘤的八個關(guān)鍵靶點蛋白,進(jìn)一步的研究發(fā)現(xiàn)這些關(guān)鍵靶點蛋白通過作用于細(xì)胞內(nèi)離子濃度從而產(chǎn)生抗腫瘤作用,因此進(jìn)一步對離子通道進(jìn)行預(yù)測分類。然后基于蛋白質(zhì)的物理化學(xué)性質(zhì)和其他性質(zhì)及特征,利用隨機森林模型和支持向量機算法構(gòu)建離子通道蛋白的分類器,用于確定蛋白質(zhì)序列是否是離子通道蛋白質(zhì),并對離子通道蛋白質(zhì)分類為家族及子家族。一旦確定了該蛋白質(zhì)序列為離子通道,就可以進(jìn)一步的對其進(jìn)行分類研究。在本文中,采用三個評估指標(biāo):靈敏度（Sn）、總... 

【文章來源】：哈爾濱商業(yè)大學(xué)黑龍江省

【文章頁數(shù)】：63 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖１－１實驗流程圖??Ｆｉｇ．?２－１?Ｆｌｏｗ?ｃｈａｒｔ?ｏｆ?ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔ??

ｒ－Ｔ／?，、＇?…二沖?＝Ｚ—?ｕ??一?—?ｗｍｚｍ??ｉ?ｙ?／?＼?＇?—?＇?ＷＳＴｌ?Ｌ，?Ｖ?ＮｏｄｆｌｉｔＭｌ?ＳＣＯ？ｆ＜ｎＭ??ｙ?Ｊ?＼?ＳＩＣ１?）?．?ｔｔａｔ?－?？?Ｕｎｕｔ＊？?Ｐｒａ？？ｒ？ｅ？??＼?／?１?＼?＇?？?Ｗ：?ｒ?＾ＣＯ－??Ｎ．?ｌ＞〇Ｈｊ?；?ＣｉＴｌ?：?，Ｖ－．＇?Ｉ?＇ｊ?ｔ０９？ｒ？ｎｃＦＭ＜?；?；?？??ｍ?ＮＶ?－?ｒ?＾?廣?ｊ?ｗ？［＊?：?＾??ｒ，：?／?／?丨?＼?、??圖２－３?Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ３．７．２中用戶界面??Ｆｉｇｕｒｅ．?２－３?ｕｓｅｒ?ｉｎｔｅｒｆａｃｅ?ｉｎ?Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ?３．７．２??２．?４實驗結(jié)果與分析??通過使用Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ３．７．２對青蒿與腫瘤進(jìn)行Ｍｅｒｇｅ的實驗結(jié)果顯示，青蒿與腫瘤之??間的關(guān)鍵靶蛋白有八個，分別是：腫瘤壞死因子（ＴＮＦ）、血管內(nèi)皮生長因子（ＶＥＧＦ）、磷??脂酰肌醇３－激酶（ＰＩ３Ｋ）、乙醛脫氫酶ｌ（ＡＬＤＨｌ）、Ｂｃｌ－２、ＭｉｃｒｏＲＮＡ?（不是蛋白，但是在??發(fā)揮作用時與蛋白結(jié)合）、ｐ３８，絲裂原活化蛋白激酶（ＭＡＰＫ）和ＣＡＳＰ３。其中中間的八??個紅的所代表的是青蒿與腫瘤之間的關(guān)鍵靶蛋白，它們之間的連接線表示與青蒿或者腫??瘤相關(guān)，這八個關(guān)鍵靶蛋白與青蒿和腫瘤之間都有聯(lián)系，所以這八個為青蒿和腫瘤的關(guān)??鍵靶蛋白。最終的實驗結(jié)果共有９６１個節(jié)點（參數(shù)），和３３５條邊，將青蒿與腫瘤間的關(guān)??鍵靶蛋白選取出來，實驗結(jié)果如下圖２－４所示。??圖２￣４使用Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ找到青蒿和腫瘤之間的關(guān)鍵靶蛋白??－１７－??

ｒ－Ｔ／?，、＇?…二沖?＝Ｚ—?ｕ??一?—?ｗｍｚｍ??ｉ?ｙ?／?＼?＇?—?＇?ＷＳＴｌ?Ｌ，?Ｖ?ＮｏｄｆｌｉｔＭｌ?ＳＣＯ？ｆ＜ｎＭ??ｙ?Ｊ?＼?ＳＩＣ１?）?．?ｔｔａｔ?－?？?Ｕｎｕｔ＊？?Ｐｒａ？？ｒ？ｅ？??＼?／?１?＼?＇?？?Ｗ：?ｒ?＾ＣＯ－??Ｎ．?ｌ＞〇Ｈｊ?；?ＣｉＴｌ?：?，Ｖ－．＇?Ｉ?＇ｊ?ｔ０９？ｒ？ｎｃＦＭ＜?；?；?？??ｍ?ＮＶ?－?ｒ?＾?廣?ｊ?ｗ？［＊?：?＾??ｒ，：?／?／?丨?＼?、??圖２－３?Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ３．７．２中用戶界面??Ｆｉｇｕｒｅ．?２－３?ｕｓｅｒ?ｉｎｔｅｒｆａｃｅ?ｉｎ?Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ?３．７．２??２．?４實驗結(jié)果與分析??通過使用Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ３．７．２對青蒿與腫瘤進(jìn)行Ｍｅｒｇｅ的實驗結(jié)果顯示，青蒿與腫瘤之??間的關(guān)鍵靶蛋白有八個，分別是：腫瘤壞死因子（ＴＮＦ）、血管內(nèi)皮生長因子（ＶＥＧＦ）、磷??脂酰肌醇３－激酶（ＰＩ３Ｋ）、乙醛脫氫酶ｌ（ＡＬＤＨｌ）、Ｂｃｌ－２、ＭｉｃｒｏＲＮＡ?（不是蛋白，但是在??發(fā)揮作用時與蛋白結(jié)合）、ｐ３８，絲裂原活化蛋白激酶（ＭＡＰＫ）和ＣＡＳＰ３。其中中間的八??個紅的所代表的是青蒿與腫瘤之間的關(guān)鍵靶蛋白，它們之間的連接線表示與青蒿或者腫??瘤相關(guān)，這八個關(guān)鍵靶蛋白與青蒿和腫瘤之間都有聯(lián)系，所以這八個為青蒿和腫瘤的關(guān)??鍵靶蛋白。最終的實驗結(jié)果共有９６１個節(jié)點（參數(shù)），和３３５條邊，將青蒿與腫瘤間的關(guān)??鍵靶蛋白選取出來，實驗結(jié)果如下圖２－４所示。??圖２￣４使用Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ找到青蒿和腫瘤之間的關(guān)鍵靶蛋白??－１７－??


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