動(dòng)物腸道菌群在維持其宿主健康方面起關(guān)鍵作用,食性、種間關(guān)系等因素對宿主腸道微生物群落結(jié)構(gòu)產(chǎn)生重要影響。當(dāng)動(dòng)物利用相同的生境時(shí),不同種類宿主腸道微生物的相互傳播的機(jī)會(huì)將增加,這種情況在越冬候鳥中更加突出。近年來由于人類活動(dòng)使得適宜生境的不斷消失,導(dǎo)致遷徙候鳥不斷利用農(nóng)田生境,從而增加了它們和家禽接觸的機(jī)會(huì),因此,同域候鳥和家禽的腸道微生物是值得關(guān)注的現(xiàn)實(shí)問題。本研究采用高通量測序技術(shù)(Illumina HiSeq)對升金湖越冬白頭鶴(Grus monacha)和同域飼養(yǎng)灰雁(Anser anser domesticus)腸道菌群進(jìn)行分析,對越冬白頭鶴與同域飼養(yǎng)灰雁腸道微生物群落結(jié)構(gòu)及其時(shí)間變化的比較,并進(jìn)一步比較了兩種宿主腸道菌群,推斷了兩種宿主腸道菌群的潛在致病菌。本研究取得以下主要結(jié)果:1.越冬白頭鶴與同域飼養(yǎng)灰雁腸道菌群的總體組成包括29個(gè)門、364個(gè)科、690個(gè)屬,各分類階元及其豐度在兩宿主腸道中表現(xiàn)不同程度的差異。整個(gè)越冬期白頭鶴與飼養(yǎng)灰雁腸道中共有23.4%的細(xì)菌OTU重疊。共有的門科屬占比分別是96.6%、78.6%、63.9%。門水平上的優(yōu)勢菌厚壁菌門(Firmicute...

【文章頁數(shù)】：68 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第一章 緒論
    1.1 動(dòng)物腸道微生物研究意義
    1.2 動(dòng)物腸道微生物的功能
        1.2.1 營養(yǎng)的攝取
        1.2.2 維護(hù)動(dòng)物健康和發(fā)揮免疫功能
    1.3 野鳥與飼養(yǎng)灰雁腸道微生物研究進(jìn)展
        1.3.1 野鳥與飼養(yǎng)灰雁腸道微生物研究意義
        1.3.2 野鳥與飼養(yǎng)灰雁腸道微生物研究現(xiàn)狀
    1.4 影響腸道微生物群落結(jié)構(gòu)的因素
        1.4.1 外源性因素對腸道微生物影響
            1.4.1.1 食性差異
            1.4.1.2 環(huán)境因素
            1.4.1.3 行為習(xí)性
        1.4.2 內(nèi)源性因素對腸道微生物影響
            1.4.2.1 宿主基因
            1.4.2.2 年齡
    1.5 腸道微生物的研究方法
        1.5.1 傳統(tǒng)的培養(yǎng)方法
        1.5.2 基于細(xì)菌的 16S核糖體RNA序列分析
        1.5.3 基于非測序的微生物研究分子方法
        1.5.4 基于 16S r RNA基因高通量測序分析方法
    1.6 研究的目的和意義
    1.7 研究內(nèi)容
    1.8 技術(shù)路線
第二章 研究方法
    2.1 研究區(qū)域概況
    2.2 樣本的采集與保存
    2.3 白頭鶴與飼養(yǎng)灰雁糞便DNA提取
    2.4 物種的鑒定
    2.5 細(xì)菌 16S r RNA的高通量測序
    2.6 生物信息學(xué)分析
        2.6.1 OTU及物種群落分析
        2.6.2 Alpha多 樣性分析
        2.6.3 其他數(shù)據(jù)分析
    2.7 潛在致病菌的鑒定
第三章 研究結(jié)果
    3.1 基于OTU水平的樣本分析
    3.2 越冬白頭鶴與同域飼養(yǎng)灰雁腸道菌群結(jié)構(gòu)分析
        3.2.1 越冬白頭鶴與同域飼養(yǎng)灰雁腸道菌群Alpha多樣性分析
        3.2.2 越冬白頭鶴與同域飼養(yǎng)灰雁腸道菌群分析
        3.2.3 越冬白頭鶴與同域飼養(yǎng)灰雁腸道核心微生物分析
        3.2.4 越冬白頭鶴與同域飼養(yǎng)灰雁腸道微生物差異菌群分析
        3.2.5 越冬白頭鶴與同域飼養(yǎng)灰雁腸道微生物菌群組成分析
    3.3 越冬期不同時(shí)段白頭鶴腸道菌群結(jié)構(gòu)分析
        3.3.1 越冬期不同時(shí)段白頭鶴腸道菌群Alpha多樣性分析
        3.3.2 越冬期不同時(shí)段白頭鶴腸道核心微生物差異性分析
        3.3.3 越冬期不同時(shí)段白頭鶴腸道微生物菌群組成分析
    3.4 越冬期不同時(shí)段飼養(yǎng)灰雁腸道菌群結(jié)構(gòu)分析
        3.4.1 越冬期不同時(shí)段同域飼養(yǎng)灰雁腸道菌群Alpha多樣性分析
        3.4.2 越冬期不同時(shí)段同域飼養(yǎng)灰雁腸道核心微生物差異性分析
        3.4.3 越冬期不同時(shí)段飼養(yǎng)灰雁腸道微生物菌群組成分析
    3.5 越冬期白頭鶴與同域飼養(yǎng)灰雁腸道潛在病原微生物結(jié)構(gòu)分析
        3.5.1 越冬白頭鶴與同域飼養(yǎng)灰雁腸道潛在病原菌Alpha多樣性分析
        3.5.2 越冬白頭鶴與同域飼養(yǎng)灰雁腸道潛在病原菌組成分析
第四章 討論
    4.1 越冬期白頭鶴與飼養(yǎng)灰雁腸道菌群差異分析
    4.2 越冬期不同時(shí)段白頭鶴與飼養(yǎng)灰雁腸道菌群分析
    4.3 越冬白頭鶴與飼養(yǎng)灰雁腸道潛在病原菌分析
第五章 結(jié)論與展望
    5.1 結(jié)論
    5.2 展望
參考文獻(xiàn)
攻讀碩士學(xué)位期間取得的學(xué)術(shù)成果
致謝
攻讀碩士學(xué)位期間科研情況



本文編號(hào)：3755551