誘導(dǎo)多能性干細(xì)胞（induced pluripotent stem cell,iPSC）在再生醫(yī)學(xué)、體外疾病模擬和藥物篩選等領(lǐng)域都有很好的應(yīng)用前景,然而重編程效率低的問題嚴(yán)重阻礙了iPS細(xì)胞的廣泛應(yīng)用。Oct4、Sox2、Klf4、cMyc（簡稱OSKM）等體細(xì)胞重編程過程關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子（TF）,在體細(xì)胞身份轉(zhuǎn)變中發(fā)揮著十分關(guān)鍵的先鋒調(diào)控作用。前期關(guān)于OSKM靶向調(diào)控體細(xì)胞基因組重編程的研究主要集中在編碼蛋白基因的啟動子調(diào)控區(qū)域,篩選出一些可替換的關(guān)鍵基因。近期,越來越多的證據(jù)表明長鏈非編碼RNA（long non-coding RNA,lncRNA）在體細(xì)胞重編程過程中具有同樣重要的調(diào)控作用,但關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子在該區(qū)域的動態(tài)靶向調(diào)控模式仍未系統(tǒng)分析和研究。本研究首先繪制了小鼠體細(xì)胞重編程關(guān)鍵時間點Oct4、Sox2、Klf4、cMyc、Nanog和Esrrb共計6種轉(zhuǎn)錄因子的靶向結(jié)合染色體分布模式,結(jié)果表明多能性TF對于重編程的調(diào)控主要在9、10、13和17號常染色體上,并且傾向于結(jié)合在啟動子含內(nèi)源性逆轉(zhuǎn)錄病毒K（ERVK）的lincRNA上。進(jìn)一步,通過整合ATAC-seq數(shù)據(jù),我們發(fā)現(xiàn)... 

【文章頁數(shù)】：84 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
縮略詞表
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 體細(xì)胞重編程
        1.1.1 體細(xì)胞重編程進(jìn)程
        1.1.2 體細(xì)胞重編程的分子機(jī)制
    1.2 lncRNA在體細(xì)胞重編程中的研究進(jìn)展
        1.2.1 長鏈非編碼RNA
        1.2.2 lncRNA在體細(xì)胞重編程中的重要作用
第二章 數(shù)據(jù)與方法
    2.1 數(shù)據(jù)來源
    2.2 轉(zhuǎn)錄因子ChIP-seq及染色質(zhì)開放ATAC-seq數(shù)據(jù)分析
        2.2.1 轉(zhuǎn)錄因子ChIP-seq數(shù)據(jù)分析
        2.2.2 ATAC-seq數(shù)據(jù)分析
    2.3 基因組lncRNA注釋
        2.3.1 lncRNA的分類注釋
        2.3.2 lincRNA啟動子所含的TE序列注釋
    2.4 基因功能富集分析
    2.5 共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析
        2.5.1 RNA-seq數(shù)據(jù)分析
        2.5.2 lncRNA和蛋白編碼基因的差異表達(dá)分析
        2.5.3 共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
第三章 小鼠體細(xì)胞重編程過程關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子在lncRNA區(qū)域的動態(tài)結(jié)合模式
    3.1 引言
    3.2 小鼠體細(xì)胞重編程過程關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子在lncRNA區(qū)域的結(jié)合模式分析
        3.2.1 小鼠lncRNA基因的數(shù)目及分類概況
        3.2.2 關(guān)鍵多能性轉(zhuǎn)錄因子的靶向結(jié)合染色體分布模式偏好
        3.2.3 體細(xì)胞重編程過程關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子動態(tài)結(jié)合模式以及染色質(zhì)開放性的關(guān)聯(lián)分析
        3.2.4 lncRNA啟動子區(qū)域關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子的動態(tài)結(jié)合模式
        3.2.5 體細(xì)胞重編程過程中OSKM結(jié)合啟動子偏好與lncRNA特征的關(guān)系
第四章 小鼠iPSC多能性相關(guān)PC-lncRNA基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析
    4.1 lncRNA和PC基因的差異表達(dá)分析
    4.2 iPSC多能性相關(guān)PC-lncRNA基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
    4.3 iPSC多能性相關(guān)PC-lncRNA基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)關(guān)鍵lncRNA的篩選
    4.4 iPSC多能性相關(guān)PC-lncRNA基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)模塊挖掘
第五章 討論與展望
    5.1 討論
    5.2 展望
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝



本文編號：3655272