發(fā)布時間：2020-12-24 05:07

　　作為真核生物染色質(zhì)的基本結(jié)構(gòu)單位,核小體特殊的包裝形態(tài)使得DNA序列上的遺傳信息與蛋白質(zhì)攜帶的調(diào)控信息之間的接觸產(chǎn)生了多種變化。基因組上核小體的精確定位以及它的組裝方式,成為了轉(zhuǎn)錄調(diào)控機制及DNA的復(fù)制和修復(fù)等多種生物學(xué)過程中的重要影響因素,這些因素直接或間接地調(diào)控著基因表達的過程。隨著高通量測序技術(shù)的飛速發(fā)展以及大數(shù)據(jù)時代的到來,建立準(zhǔn)確性高且簡潔有效的核小體定位預(yù)測算法成為生物信息學(xué)領(lǐng)域新的挑戰(zhàn)。本文以釀酒酵母核小體定位數(shù)據(jù)庫為主要研究對象,提出了新的預(yù)測算法并取得了良好的預(yù)測效果。在數(shù)據(jù)集的建立過程中,我們不僅提取了以往研究中所用到的兩種釀酒酵母核小體定位數(shù)據(jù)庫,還以核小體間Linker-DNA序列的平均長度為基準(zhǔn),提取了新的核小體序列作為正集構(gòu)建了新的數(shù)據(jù)集。在對釀酒酵母核小體定位數(shù)據(jù)庫的預(yù)測取得良好結(jié)果后,為了更客觀地評估預(yù)測算法的性能,又將新的算法應(yīng)用于人類、線蟲和果蠅的核小體定位預(yù)測中,也得到了很好的預(yù)測效果。本文主要定義了以下三種打分方式:1.根據(jù)核小體DNA與Linker-DNA兩種序列在各種位點的緊鄰二核苷酸關(guān)聯(lián)頻率的不同,在建立位置關(guān)聯(lián)概率矩陣的基礎(chǔ)上構(gòu)建了位置關(guān)... 

【文章來源】：內(nèi)蒙古大學(xué)內(nèi)蒙古自治區(qū) 211工程院校

【文章頁數(shù)】：59 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

核小體結(jié)構(gòu)示意圖

內(nèi)蒙古大學(xué)碩士畢業(yè)論文27圖3.1基于位置關(guān)聯(lián)權(quán)重矩陣（PWM）預(yù)測的ROC曲線Fig.3.1ROCofthepredictionbasedonpositionweightmatrices(PWM)由于核小體DNA序列與Linker-DNA序列的幾何結(jié)構(gòu)不同，根據(jù)對三種打分方式的自洽檢驗結(jié)果分析我們了解到，DNA的序列偏好性與DNA中緊鄰二核苷酸的相互作用能量共同決定著核小體在基因組上的位置，我們對這兩部分序列分別構(gòu)建位置關(guān)聯(lián)權(quán)重矩陣，并將緊鄰二核苷酸的六種結(jié)構(gòu)柔性參數(shù)融合后與待測序列上的每對緊鄰二核苷酸位置關(guān)聯(lián)信息相結(jié)合，利用打分函數(shù)(2-6)對正負集中的待測序列進行打分，共得到兩個得分，分別為3和3。當(dāng)33<時，我們就判斷該序列屬于負集，當(dāng)33<時我們判斷

內(nèi)蒙古大學(xué)碩士畢業(yè)論文29圖3.2融合位置與能量信息預(yù)測的ROC曲線Fig.3.2ROCofthepredictionbycombiningoccupancyandenergyinformation為進一步探究緊鄰二核苷酸間幾種相互作用能量對核小體定位的影響，接下來我們將利用二聯(lián)體位置關(guān)聯(lián)權(quán)重矩陣（PWM）與六種柔性信息結(jié)構(gòu)參數(shù)中的單種結(jié)構(gòu)參數(shù)結(jié)合，利用打分函數(shù)(2-5)的打分方式，分別對幾個數(shù)據(jù)集進行核小體定位的分類預(yù)測，待測序列共得到兩個得分，分別為2和2，當(dāng)22<時，我們就判斷該序列屬于負集，當(dāng)22<時我們判斷該序列屬于正集。具體預(yù)測評價結(jié)果見表3.11~表3.16。

【參考文獻】：
期刊論文
[1]酵母核小體中心序列局域偏好和連接序列的多樣性[J]. 鄭燕,李宏,賈蕓,孟虎.  陜西師范大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版). 2017(03)
[2]nuMap: A Web Platform for Accurate Prediction of Nucleosome Positioning[J]. Bader A.Alharbi,Thamir H.Alshammari,Nathan L.Felton,Victor B.Zhurkin,Feng Cui.  Genomics,Proteomics & Bioinformatics. 2014(05)
[3]酵母和果蠅胚胎期核小體定位模式比較研究[J]. 盧英,豐繼華,單秋甫.  信息通信. 2014(03)
[4]基于核小體位置預(yù)測的酵母進化印跡研究[J]. 肖建平,豐繼華,盧英,單秋甫.  生物信息學(xué). 2013(02)
[5]核小體定位的轉(zhuǎn)錄調(diào)控功能研究進展[J]. 劉輝,壯子恒,關(guān)佶紅,周水庚.  生物化學(xué)與生物物理進展. 2012(09)
[6]基于位點保守性參量和位置權(quán)重矩陣預(yù)測酵母轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點[J]. 楊科利,李前忠,林昊.  生物技術(shù). 2007(01)

博士論文
[1]基于序列信息的核小體定位理論分析及預(yù)測[D]. 邢永強.內(nèi)蒙古大學(xué) 2014



本文編號：2935039