基于層次推斷和簡(jiǎn)約聚類的古生物進(jìn)化樹構(gòu)建方法研究
發(fā)布時(shí)間:2022-12-11 21:16
古生物進(jìn)化樹的構(gòu)建是探索早期生命起源和進(jìn)化發(fā)展規(guī)律的重要途徑。對(duì)于古生物進(jìn)化樹的構(gòu)建而言,采集于化石的表征數(shù)據(jù)是可以依據(jù)的主要材料。然而古生物表征數(shù)據(jù)中存在的缺失值和不適用狀態(tài),往往導(dǎo)致古生物進(jìn)化樹難以有效構(gòu)建。針對(duì)上述問題,本文從古生物表征數(shù)據(jù)的特點(diǎn)出發(fā),通過融入演化分析中的先驗(yàn)知識(shí),提出了一種基于層次推斷和簡(jiǎn)約聚類的古生物進(jìn)化樹構(gòu)建方法。具體研究?jī)?nèi)容如下:(1)根據(jù)表征數(shù)據(jù)的特征之間存在邏輯關(guān)聯(lián)的特點(diǎn),建立特征層次結(jié)構(gòu)模型,進(jìn)而提出了一種基于層次推斷的表征數(shù)據(jù)中缺失值的填補(bǔ)方法。首先,基于特征層次模型提出了一種層次推斷框架,并將距離加權(quán)的K近鄰法引入該框架填補(bǔ)缺失值。實(shí)驗(yàn)表明,上述方法在多個(gè)缺失比例下優(yōu)于模糊優(yōu)化方法。(2)針對(duì)不適用狀態(tài)導(dǎo)致進(jìn)化樹難以穩(wěn)定構(gòu)建的問題,提出了一種基于簡(jiǎn)約聚類的含不適用狀態(tài)的進(jìn)化樹構(gòu)建與優(yōu)化方法,包括進(jìn)化樹的構(gòu)建和最優(yōu)樹的搜索兩個(gè)階段。在進(jìn)化樹的構(gòu)建過程中,將特征層次結(jié)構(gòu)模型和特征極向等先驗(yàn)知識(shí)融入聚類算法,提出一種簡(jiǎn)約聚類方法用以構(gòu)建含不適用狀態(tài)的進(jìn)化樹。在最優(yōu)樹的搜索階段,在簡(jiǎn)約原則的基礎(chǔ)上采用模擬退火算法進(jìn)行啟發(fā)式地搜索。多個(gè)含不適用狀態(tài)的表征數(shù)...
【文章頁數(shù)】:75 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
寒武紀(jì)部分古生物的進(jìn)化樹
基于化石的古生物表征數(shù)據(jù)中的缺失值成因的示意圖
古生物表征數(shù)據(jù)中的不適用狀態(tài)成因的示意圖
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]A superarmoured lobopodian from the Cambrian Stage 4 of southern China[J]. De-Guang Jiao,Jie Yang,Xi-Guang Zhang. Science Bulletin. 2016(17)
[2]基于形態(tài)學(xué)性狀的木槿屬系統(tǒng)發(fā)育分類研究[J]. 唐麗丹,原蒙蒙,李妍,王獻(xiàn). 河南農(nóng)業(yè)科學(xué). 2014(02)
[3]系統(tǒng)發(fā)育分析中的最大簡(jiǎn)約法及其優(yōu)化[J]. 鄭巍,羅阿蓉,史衛(wèi)峰,鄭為民,朱朝東. 昆蟲學(xué)報(bào). 2013(10)
[4]系統(tǒng)發(fā)生樹構(gòu)建技術(shù)綜述[J]. 李建伏,郭茂祖. 電子學(xué)報(bào). 2006(11)
[5]系統(tǒng)發(fā)育系統(tǒng)學(xué)——對(duì)現(xiàn)代系統(tǒng)生物學(xué)的理解與探討[J]. 孟津,王曉鳴. 古脊椎動(dòng)物學(xué)報(bào). 1989(02)
碩士論文
[1]中國菜花露尾甲屬分類及系統(tǒng)發(fā)育初探(鞘翅目:露尾甲科:訪花露尾甲亞科)[D]. 林曉麗.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2015
本文編號(hào):3719516
【文章頁數(shù)】:75 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
寒武紀(jì)部分古生物的進(jìn)化樹
基于化石的古生物表征數(shù)據(jù)中的缺失值成因的示意圖
古生物表征數(shù)據(jù)中的不適用狀態(tài)成因的示意圖
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]A superarmoured lobopodian from the Cambrian Stage 4 of southern China[J]. De-Guang Jiao,Jie Yang,Xi-Guang Zhang. Science Bulletin. 2016(17)
[2]基于形態(tài)學(xué)性狀的木槿屬系統(tǒng)發(fā)育分類研究[J]. 唐麗丹,原蒙蒙,李妍,王獻(xiàn). 河南農(nóng)業(yè)科學(xué). 2014(02)
[3]系統(tǒng)發(fā)育分析中的最大簡(jiǎn)約法及其優(yōu)化[J]. 鄭巍,羅阿蓉,史衛(wèi)峰,鄭為民,朱朝東. 昆蟲學(xué)報(bào). 2013(10)
[4]系統(tǒng)發(fā)生樹構(gòu)建技術(shù)綜述[J]. 李建伏,郭茂祖. 電子學(xué)報(bào). 2006(11)
[5]系統(tǒng)發(fā)育系統(tǒng)學(xué)——對(duì)現(xiàn)代系統(tǒng)生物學(xué)的理解與探討[J]. 孟津,王曉鳴. 古脊椎動(dòng)物學(xué)報(bào). 1989(02)
碩士論文
[1]中國菜花露尾甲屬分類及系統(tǒng)發(fā)育初探(鞘翅目:露尾甲科:訪花露尾甲亞科)[D]. 林曉麗.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2015
本文編號(hào):3719516
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