寬葉澤苔草（Caldesia grandis）為澤瀉科（Alismataceae）澤苔草屬（Caldesia）多年生挺水草本植物,主要分布于舊世界熱帶地區(qū),如馬來西亞、印度、中國等地的高山濕地、沼澤中。在中國,寬葉澤苔草在湖南、廣東、福建、浙江、云南及臺灣等地區(qū)都曾有過報道。近年來,由于人為干擾及生境的喪失,寬葉澤苔草的野外居群數(shù)量及規(guī)模已極大減少,該種已被IUCN列為“極度瀕危”植物。為給寬葉澤苔草制定科學的保護策略,本研究以中國現(xiàn)存9個寬葉澤苔草居群為研究對象,利用新開發(fā)的5對多態(tài)性葉綠體DNA片段序列及簡化基因組測序數(shù)據(jù),開展了自然居群的遺傳變異水平及譜系地理學等研究,主要結果如下:（1）開展了寬葉澤苔草三個個體的葉綠體全基因組測序與組裝,全長為168,211bp～168,304bp,通過比較發(fā)現(xiàn)三個葉綠體基因組的結構、GC含量、基因數(shù)目及基因順序基本一致,且均未在IR區(qū)檢測到明顯的收縮或擴張。并依據(jù)比較基因組學分析開發(fā)得到14個具多態(tài)性的葉綠體微衛(wèi)星位點（cpSSR）及28個葉綠體高突變位點,并對其中10對引物進行了PCR擴增驗證,得到了5對能穩(wěn)定擴增的引物用于后續(xù)寬葉澤苔草的... 

【文章來源】：西藏大學西藏自治區(qū) 211工程院校

【文章頁數(shù)】：74 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

寬葉澤苔草植株及生境Figure2-1CommunitiesandhabitatsofC.grandis

21圖2-1寬葉澤苔草植株及生境Figure2-1CommunitiesandhabitatsofC.grandis圖注：（a）：拐湖居群生境；（b）：浪畔湖居群生境；（c）：臺灣宜蘭居群珠芽；（d）：青田居群植株；（e）：臨武居群植株。Note:(a):habitatsofGH;(b):habitatsofLPH;(c):inflorescencebulbilsinYL;(d):theindividualplantinQT;(e):theindividualplantinLW.圖2-2寬葉澤苔草9個居群的地理分布Figure2-2GeographicaldistributionoftheninepopulationsofC.grandis

313.2葉綠體全基因組組裝結果與結構特征比較分析寬葉澤苔草三個葉綠體全基因組組裝結果顯示，其葉綠體基因組具有典型的環(huán)狀結構，由大單拷貝區(qū)（LSC，Largesinglecopyregion）、小單拷貝區(qū)（SSC，Smallsinglecopyregion）和兩個反向重復區(qū)（IR，Invertedrepeatregion）組成。LPH居群全長為168,211bp，BH居群全長為168,309bp，NX居群全長為168,304bp；三個葉綠體基因組的大單拷貝區(qū)長度在90,985~90,989bp之間、小單拷貝區(qū)長度在13,679~13,680bp之間、反向重復區(qū)長度在31,771~31,830bp之間對葉綠體基因組注釋發(fā)現(xiàn)三個個體葉綠體基因組得到的基因個數(shù)均為113個，其中編碼蛋白的基因個數(shù)為79個，tRNA基因個數(shù)30，rRNA基因4個，有18個基因是位于IRs區(qū)，其中蛋白質編碼基因7個，tRNA基因7個，rRNA基因4個，編碼區(qū)與非編碼區(qū)的比例大約為0.71，平均的基因密度約為0.78個基因/kb。且三個葉綠體基因組的GC含量均為37.1%，葉綠體基因組的詳細信息見表3-2。三個居群個體的葉綠體基因組環(huán)化物理圖，見圖3-1。圖3-1寬葉澤苔草3個居群葉綠體基因組的物理環(huán)化圖圖3-1CircularchloroplastgenomemapofCaldesiagrandis

【參考文獻】：
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博士論文
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