利用比較蛋白質(zhì)組學(xué)與代謝組學(xué)研究Lactobacillus casei Zhang在葡萄糖限制性環(huán)境中的生長(zhǎng)代謝規(guī)律
發(fā)布時(shí)間:2020-09-08 18:36
隨著人們對(duì)乳酸菌認(rèn)識(shí)不斷提高,乳酸菌的市場(chǎng)發(fā)展前景廣闊。乳酸菌在工業(yè)化生產(chǎn)及功能應(yīng)用過(guò)程中不可避免的會(huì)面臨各種各樣的脅迫環(huán)境的考驗(yàn),例如其在發(fā)酵豆乳的過(guò)程中會(huì)受到葡萄糖限制性環(huán)境的影響,這種脅迫因素下不僅會(huì)影響細(xì)胞的生理狀況和性質(zhì),更成為困擾益生乳酸菌工業(yè)化生產(chǎn)和功能應(yīng)用的重要瓶頸。因此有必要采用行之有效的方法對(duì)益生乳酸菌適應(yīng)生產(chǎn)過(guò)程的營(yíng)養(yǎng)脅迫環(huán)境機(jī)制進(jìn)行深入研究。由于本研究以原始菌株LactobacilluscaseiZhang以及為期近四年的葡萄糖限制性環(huán)境下傳代的1000代、2000代、3000代、4000代、5000代、6000代、7000代、8000代L.casei Zhang菌株為蛋白質(zhì)組學(xué)研究對(duì)象,采用串聯(lián)質(zhì)譜標(biāo)簽(TMT)技術(shù)對(duì)標(biāo)記后的菌株中蛋白質(zhì)進(jìn)行鑒定、定量及生物信息學(xué)分析。其結(jié)果表明:(1)由葡萄糖限制誘導(dǎo)差異表達(dá)蛋白質(zhì)主要與果糖和甘露糖代謝,氨基酸合成、碳代謝、磷酸戊糖、糖酵解/糖異生以及磷酸轉(zhuǎn)移酶系統(tǒng)(PTS)有關(guān);(2)在不同脅迫代數(shù)的GO功能注釋中發(fā)現(xiàn)差異蛋白質(zhì)的功能主要集中在代謝、細(xì)胞、膜的進(jìn)程中;主要行使的分子功能為催化活性;(3)在脅迫過(guò)程中關(guān)鍵差異蛋白質(zhì)通過(guò)在不同代數(shù)之間自身表達(dá)量的上調(diào)與下調(diào)來(lái)調(diào)節(jié)其它細(xì)胞的碳水化合物、能量、核酸、氨基酸以及膜轉(zhuǎn)運(yùn)代謝來(lái)保護(hù)L.casei Zhang對(duì)抗葡萄糖脅迫的環(huán)境。以L.casei Zhang原始菌株以及在葡萄糖限制性環(huán)境下的2000代、4000代、6000代以及8000代菌株作為非靶向代謝組學(xué)研究對(duì)象。代謝組學(xué)結(jié)果表明:(1)葡萄糖限制環(huán)境中不同代數(shù)的差異表達(dá)代謝物質(zhì)主要富集在糖酵解/糖異生、天冬氨酸代謝、果糖和甘露糖的降解、乳糖合成、半光氨酸以及色氨酸代謝途徑;(2)在細(xì)胞生長(zhǎng)后期葡萄糖被消耗后,細(xì)胞通過(guò)其它物質(zhì)例如氨基酸來(lái)代替糖,在這期間糖的替代物質(zhì)被廣泛生產(chǎn)和利用以起到保護(hù)細(xì)胞的作用;(3)在葡萄糖限制性脅迫環(huán)境中檢測(cè)到的差異代謝物主要參與碳水化合物代謝(β-D-果糖1,6-一.磷酸、甘油醛-3-磷酸)、氨基酸代謝(L-脯氨酸、L-絲氨酸、L-大冬酰胺)、核苷酸代謝(胸腺嘧啶、尿苷、腺苷)等途徑。綜上所述,L.casei Zhang脅迫環(huán)境下的蛋白質(zhì)組學(xué)與代謝組學(xué)研究,一方面可為抗脅迫益生乳酸菌的篩選奠定堅(jiān)實(shí)的理論基礎(chǔ);另一方面也可為益生乳酸菌工業(yè)化生產(chǎn)工藝的優(yōu)化改進(jìn)提供必要的理論指導(dǎo)。
【學(xué)位單位】:內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【學(xué)位年份】:2019
【中圖分類】:Q936;TS201.3
【部分圖文】:
'M,T以單獨(dú)使用,也逡逑T以串聯(lián)在-起以充分利用各G的優(yōu)勢(shì)(圖2)。逡逑圖2中顯示了邋ESI和MALDI中的電離和樣品引入過(guò)程,并展不了不同儀器配逡逑置(a-f)及其典型的離子源。逡逑
圖2用于蛋白質(zhì)組學(xué)中的質(zhì)譜儀逡逑Fig.2邐Mass邋spectrometers邋used邋in邋proteome邋research165,逡逑典型的蛋白質(zhì)組學(xué)實(shí)驗(yàn)一般包括五個(gè)步驟(圖3)。f先,通過(guò)生物化學(xué)方法逡逑或親和層析分離從細(xì)胞裂解物或組織中提取待分離的蛋白質(zhì),這個(gè)過(guò)程通常鉭括了逡逑一維凝膠電泳,并定義了要分析的亞蛋白質(zhì)組。全蛋白質(zhì)的質(zhì)譜分析法比肽的質(zhì)譜逡逑分析法靈敏度低,并且完整蛋白質(zhì)本身的質(zhì)量不足以進(jìn)行鑒定,因此,蛋白質(zhì)在第逡逑二階段中,通常經(jīng)過(guò)胰蛋白酶進(jìn)行酶促降解,降解為多肽,從而產(chǎn)生具有碳末端質(zhì)逡逑子化氨基酸的多肽,這在隨后的肽測(cè)序中提供了一定的優(yōu)勢(shì);在第三階段,通過(guò)在逡逑非常細(xì)的毛細(xì)管中的一個(gè)或多個(gè)高壓液相色譜分離肽,并洗脫到電噴霧離子源中,逡逑在離子源中,肽通過(guò)小的高電荷液滴被霧化。蒸發(fā)后,多次質(zhì)子化的肽進(jìn)入質(zhì)譜儀,逡逑并且在第4階段
光譜(NMR和MS)技術(shù)的進(jìn)步實(shí)現(xiàn)了在低濃度水乎下測(cè)量生物樣品中的代謝物的逡逑可能。-般來(lái)說(shuō),NMR涵蓋了代謝組學(xué)的綜合特征,而MS則適用十更高靈敏度的逡逑測(cè)量(圖4)。在代謝組學(xué)領(lǐng)域,有兩種分析策略,即非靶向代謝組學(xué)(Target逡逑metabolomic)進(jìn)行全局代謝分析和革巴向(Non-target邋metabolomic)代謝組學(xué)。逡逑g'邐-邐yv-邋■邋Oryanic邋VcitK逡逑mg/m!邐^逡逑NMR邋j邐Ll,m邋s逡逑\mino邋\ci<ts逡逑、廠邐Wg/m邋丨邐Nucleotides逡逑、翁“妨邐Sleniids逡逑Spfctromc.rv邋^邐Kieosanoiris逡逑(1C邋/MS,邋GC邋/MS,邋C邋F./MS)邐ng/m|逡逑^邐&/邐Neurotninjiinilterji逡逑Peptides逡逑nSTOM邋-s逡逑肉神Trace邋elements逡逑圖4代謝組學(xué)分析方法逡逑Fig.邋4邋Analytical邋methods邋that邋can邋be邋used邋for邋metabolomics逡逑近年來(lái),基于質(zhì)譜的代謝組學(xué)取得了巨大的進(jìn)步,隨著氣相色譜、毛細(xì)管電鋨、逡逑液相色譜^11括毛}0管整體色譜和超Sh相液相色譜方法的不斷發(fā)展實(shí)現(xiàn)分離,使得科逡逑研:丨:作者在色譜分離、電離和質(zhì)譜分析方面有/多種選擇。結(jié)合液相色譜可以使用逡逑ESI、APC丨以及大氣壓光致電離(Atmospheric邋pressure邋photoionization,APPI)實(shí)現(xiàn)逡逑電離。質(zhì)譜儀包括四級(jí)桿和離子阱
本文編號(hào):2814498
【學(xué)位單位】:內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:博士
【學(xué)位年份】:2019
【中圖分類】:Q936;TS201.3
【部分圖文】:
'M,T以單獨(dú)使用,也逡逑T以串聯(lián)在-起以充分利用各G的優(yōu)勢(shì)(圖2)。逡逑圖2中顯示了邋ESI和MALDI中的電離和樣品引入過(guò)程,并展不了不同儀器配逡逑置(a-f)及其典型的離子源。逡逑
圖2用于蛋白質(zhì)組學(xué)中的質(zhì)譜儀逡逑Fig.2邐Mass邋spectrometers邋used邋in邋proteome邋research165,逡逑典型的蛋白質(zhì)組學(xué)實(shí)驗(yàn)一般包括五個(gè)步驟(圖3)。f先,通過(guò)生物化學(xué)方法逡逑或親和層析分離從細(xì)胞裂解物或組織中提取待分離的蛋白質(zhì),這個(gè)過(guò)程通常鉭括了逡逑一維凝膠電泳,并定義了要分析的亞蛋白質(zhì)組。全蛋白質(zhì)的質(zhì)譜分析法比肽的質(zhì)譜逡逑分析法靈敏度低,并且完整蛋白質(zhì)本身的質(zhì)量不足以進(jìn)行鑒定,因此,蛋白質(zhì)在第逡逑二階段中,通常經(jīng)過(guò)胰蛋白酶進(jìn)行酶促降解,降解為多肽,從而產(chǎn)生具有碳末端質(zhì)逡逑子化氨基酸的多肽,這在隨后的肽測(cè)序中提供了一定的優(yōu)勢(shì);在第三階段,通過(guò)在逡逑非常細(xì)的毛細(xì)管中的一個(gè)或多個(gè)高壓液相色譜分離肽,并洗脫到電噴霧離子源中,逡逑在離子源中,肽通過(guò)小的高電荷液滴被霧化。蒸發(fā)后,多次質(zhì)子化的肽進(jìn)入質(zhì)譜儀,逡逑并且在第4階段
光譜(NMR和MS)技術(shù)的進(jìn)步實(shí)現(xiàn)了在低濃度水乎下測(cè)量生物樣品中的代謝物的逡逑可能。-般來(lái)說(shuō),NMR涵蓋了代謝組學(xué)的綜合特征,而MS則適用十更高靈敏度的逡逑測(cè)量(圖4)。在代謝組學(xué)領(lǐng)域,有兩種分析策略,即非靶向代謝組學(xué)(Target逡逑metabolomic)進(jìn)行全局代謝分析和革巴向(Non-target邋metabolomic)代謝組學(xué)。逡逑g'邐-邐yv-邋■邋Oryanic邋VcitK逡逑mg/m!邐^逡逑NMR邋j邐Ll,m邋s逡逑\mino邋\ci<ts逡逑、廠邐Wg/m邋丨邐Nucleotides逡逑、翁“妨邐Sleniids逡逑Spfctromc.rv邋^邐Kieosanoiris逡逑(1C邋/MS,邋GC邋/MS,邋C邋F./MS)邐ng/m|逡逑^邐&/邐Neurotninjiinilterji逡逑Peptides逡逑nSTOM邋-s逡逑肉神Trace邋elements逡逑圖4代謝組學(xué)分析方法逡逑Fig.邋4邋Analytical邋methods邋that邋can邋be邋used邋for邋metabolomics逡逑近年來(lái),基于質(zhì)譜的代謝組學(xué)取得了巨大的進(jìn)步,隨著氣相色譜、毛細(xì)管電鋨、逡逑液相色譜^11括毛}0管整體色譜和超Sh相液相色譜方法的不斷發(fā)展實(shí)現(xiàn)分離,使得科逡逑研:丨:作者在色譜分離、電離和質(zhì)譜分析方面有/多種選擇。結(jié)合液相色譜可以使用逡逑ESI、APC丨以及大氣壓光致電離(Atmospheric邋pressure邋photoionization,APPI)實(shí)現(xiàn)逡逑電離。質(zhì)譜儀包括四級(jí)桿和離子阱
本文編號(hào):2814498
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