物種間基因表達的差異與表型的多樣性緊密相關(guān)。探究轉(zhuǎn)錄調(diào)控差異的分子機制對于揭示物種間遺傳差異以及其種間雜交子代的基因表達模式十分重要。本研究通過轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)對黃顙魚、瓦氏黃顙魚及其雜交子代“黃優(yōu)1號”肝臟組織的基因和等位基因的表達量進行定量分析,并利用雜交子代體內(nèi)來自父本和母本的基因序列受到相同細胞環(huán)境即反式作用因子的影響來探究黃顙魚和瓦氏黃顙魚轉(zhuǎn)錄調(diào)控差異,以及這兩個物種間順反元件的變異程度對于“黃優(yōu)1號”體內(nèi)基因表達模式的影響。實驗結(jié)果顯示,黃顙魚和瓦氏黃顙魚物種間多數(shù)基因發(fā)生了順式元件的變異,這與兩個物種間顯著遺傳差異密切相關(guān),并且決定了“黃優(yōu)1號”大多數(shù)基因呈現(xiàn)加性表達模式,即表達量居于親本之間。這也表明物種間足夠長的獨立演化時間會令這兩個物種的大多數(shù)基因發(fā)生了順式元件的突變。而在對雜交優(yōu)勢起決定性作用的非加性基因中,表現(xiàn)為親本顯性的基因數(shù)目遠超過偏離親本表達的基因數(shù)目。此外,“黃優(yōu)1號”體內(nèi)表達量偏向黃顙魚的基因數(shù)目多于偏向瓦氏黃顙魚的基因數(shù)目,在進一步對其體內(nèi)等位基因偏離表達的研究中發(fā)現(xiàn),這主要是通過“黃優(yōu)1號”中來自瓦氏黃顙魚的等位基因顯著偏離表達實現(xiàn)。本研究證實,黃顙魚...

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【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略詞
第一章 前言
    1 種間雜種優(yōu)勢的研究
        1.1 雜種優(yōu)勢在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)上的應(yīng)用
        1.2 雜交子代基因表達模式以及雜種優(yōu)勢的相關(guān)假說
    2 種間雜交子代等位基因偏離表達相關(guān)機理的研究
        2.1 順式和反式變異對于等位基因偏離表達的影響
        2.2 應(yīng)用轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)探究物種間順式和反式元件差異的方法
        2.3 其他探究物種間順式和反式調(diào)控元件差異的方法
    3 雜種優(yōu)勢的組學(xué)解析
        3.1 核酸測序技術(shù)的發(fā)展史
        3.2 高通量測序技術(shù)在轉(zhuǎn)錄組上的應(yīng)用
    4 擬鲿屬魚類種間雜交及雜種優(yōu)勢
        4.1 擬鲿屬魚類的分類學(xué)地位
        4.2 擬鲿屬魚類的形態(tài)特征和經(jīng)濟價值
        4.3 擬鲿屬魚類主要物種
        4.4 擬鲿屬魚類種間雜交及雜種優(yōu)勢
    5 研究目的與意義
第二章 材料和方法
    1 實驗材料
        1.1 實驗動物
        1.2 實驗條件
        1.3 采樣方法
    2 RNA抽提和文庫構(gòu)建
        2.1 組織RNA提取
        2.2 RNA質(zhì)量檢測
        2.3 轉(zhuǎn)錄組測序文庫的構(gòu)建
    3 生物信息學(xué)分析
        3.1 上機測序
        3.2 轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)組裝
        3.3 Unigene功能注釋
        3.4 基因SNP位點開發(fā)
        3.5 基因表達量分析
        3.6 ASE分析和順反檢測
第三章 結(jié)果與分析
    1 三種黃顙魚轉(zhuǎn)錄組的測序、組裝和注釋
        1.1 轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計
        1.2 轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)組裝
        1.3 轉(zhuǎn)錄組測序文庫質(zhì)量評估
        1.4 Unigene功能注釋
        1.5 單核苷酸多態(tài)性位點(SNP)分析
        1.6 基因表達量分析
    2 黃顙魚和瓦氏黃顙魚物種間的基因表達差異
        2.1 黃顙魚和瓦氏黃顙魚間基因差異表達分析
        2.2 差異表達基因的注釋
    3 黃顙魚和瓦氏黃顙魚轉(zhuǎn)錄調(diào)控分析
        3.1 “黃優(yōu)1號”等位基因間差異表達
        3.2 黃顙魚和瓦氏黃顙魚順式和反式元件變異的分析
        3.3 發(fā)生順式和反式變異基因的GO功能富集分析
    4 雜交F1代“黃優(yōu)1號”基因表達模式分析
        4.1 “黃優(yōu)1號”基因表達模式的歸類分析
        4.2 “黃優(yōu)1號”較父本和母本差異表達基因的KEGG富集分析
    5 親本間轉(zhuǎn)錄調(diào)控差異對于“黃優(yōu)1號”基因表達模式的影響
        5.1 親本間順反元件變異與“黃優(yōu)1號”基因表達模式的關(guān)系
        5.2 “黃優(yōu)1號”等位基因較親本的偏離表達情況
第四章 討論
本文小結(jié)
參考文獻
致謝



本文編號：4017889