目前,大量昆蟲線粒體基因組已被測出,關(guān)于昆蟲線粒體基因組密碼子偏好性的研究也逐漸展開。通過對菜蝽線粒體基因組中的蛋白編碼基因組密碼子偏好性進(jìn)行分析,旨在為研究該類群的進(jìn)化提供相應(yīng)的理論依據(jù)。采用Codon W、CAIcal統(tǒng)計了13條蛋白編碼基因序列密碼子各位點(diǎn)的GC含量和有效密碼子數(shù)(ENC);采用MEGA計算同義密碼子使用頻率(RSCU);利用中性繪圖和ENC繪圖分析密碼子偏好性成因。結(jié)果顯示,密碼子第3位的GC含量明顯小于第1、2位,且偏好使用第3位為A/U結(jié)尾的密碼子;中性繪圖和ENC繪圖分析結(jié)果表明,選擇壓力是影響菜蝽線粒體蛋白編碼基因組密碼子偏好性的主要原因。

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【文章目錄】：
1 材料和方法
    1.1 序列信息
    1.2 數(shù)據(jù)分析
        1.2.1 密碼子堿基組成分析
        1.2.2 同義密碼子使用偏好性分析
        1.2.3 相關(guān)性分析
2 結(jié)果與分析
    2.1 密碼子各位點(diǎn)GC含量分析
    2.2 相對同義密碼子使用分析
    2.3 最優(yōu)密碼子的確定
    2.4 中性繪圖分析結(jié)果
    2.5 ENC繪圖分析結(jié)果
3 結(jié)論與討論



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