大麥黃矮病毒（barley yellow dwarf viruses, BYDVs）引起的小麥黃矮病嚴重威脅我國麥類生產(chǎn),造成嚴重經(jīng)濟損失。植物中的miRNA調(diào)控植物生長發(fā)育、信號轉(zhuǎn)導(dǎo)及對外界壓力的反應(yīng),通過調(diào)控植物抗性基因的表達影響植物與病原物的互作。本研究對感染BYDV-GAV后3 d、7 d及健康對照的‘小偃6號’小麥樣品進行miRNA測序,合并去冗余后分別得到99、96、95個已知的miRNA序列和806、809、1 024個新miRNA序列。對這些miRNA進行差異表達分析,BYDV-GAV侵染后3 d和7 d的小麥樣品,與對照相比上調(diào)表達的miRNA數(shù)量分別為3個和7個,下調(diào)表達的為14個和12個。將差異表達的miRNA利用psRNATarget進行靶基因預(yù)測,共得到1 254個靶標基因。靶基因的KEGG和GO富集分析,進一步明確了其功能及作用通路。對14個病毒病癥狀相關(guān)的靶基因進行定量分析,結(jié)果表明隨病毒侵染時間的延長,這些靶基因出現(xiàn)差異性表達,顯示miRNA參與了寄主與病毒的互作。研究結(jié)果有助于揭示BYDV-GAV與寄主小麥的互作機理。 

【文章來源】：植物病理學(xué)報. 2020,50(06)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：10 頁

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 材料
    1.2 方法
        1.2.1 miRNA測序樣品準備
        1.2.2 RNA提取及miRNA測序
        1.2.3 miRNA注釋及新miRNA預(yù)測
        1.2.4 miRNA差異表達分析
        1.2.5 差異表達miRNA靶基因預(yù)測及富集分析
        1.2.6 差異表達miRNA的qRT-PCR驗證及靶基因表達分析
2 結(jié)果與分析
    2.1 miRNA測序結(jié)果
        2.1.1 miRNA測序數(shù)據(jù)統(tǒng)計
        2.1.2 miRNA的長度分布及堿基偏好性
        2.1.3 miRNA注釋與新miRNA預(yù)測
        2.1.4 差異表達miRNA
        2.1.5 差異表達miRNA靶基因預(yù)測
        2.1.6 靶基因GO富集分析
        2.1.7 靶基因KEGG通路分析
    2.2 差異表達miRNA的RT-qPCR驗證
    2.3 靶基因定量檢測結(jié)果
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