MiRNA是一類長(zhǎng)度約為18-25個(gè)核苷酸的非編碼的單鏈RNA分子.MiRNA廣泛存在于真核細(xì)胞中.近年來(lái),研究者發(fā)現(xiàn)miRNA參與生物體的多種生物學(xué)過(guò)程,如細(xì)胞周期、細(xì)胞發(fā)育、細(xì)胞增殖、基因表達(dá)等.在miRNA與癌癥的關(guān)系不斷深入的研究過(guò)程中,發(fā)現(xiàn)miRNA在癌癥發(fā)生的過(guò)程中起到了重要的促進(jìn)或抑制作用.本文是以胃癌的miRNA表達(dá)數(shù)據(jù)為研究對(duì)象展開后續(xù)的研究分析.胃癌是全球最常見(jiàn)的惡性腫瘤之一.在所有癌癥中,胃癌的發(fā)病率排在第五位,死亡率排在第三位.胃癌的早期臨床癥狀不明顯,患者就醫(yī)時(shí)已是中晚期,并且預(yù)后效果差,治療難度大,死亡率高.迄今為止,對(duì)于胃癌還沒(méi)有有效的治療方法,胃癌晚期患者的5年生存率不足20%.我國(guó)又是胃癌的高發(fā)區(qū),因此研究胃癌的致病機(jī)理有利于胃癌的預(yù)防、診斷以及治療.許多研究結(jié)果表明,miRNA與胃癌的發(fā)生緊密相關(guān).文章的第一部分,比較和分析了六種歸一化方法對(duì)miRNA微陣列表達(dá)數(shù)據(jù)的影響.由于我們獲取的miRNA微陣列表達(dá)數(shù)據(jù)存在量綱上的差異和系統(tǒng)誤差,所以在研究miRNA與胃癌的關(guān)系之前我們需要對(duì)miRNA微陣列表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行歸一化處理.由于歸一化方法有很多種,所以... 

【文章來(lái)源】：西南大學(xué)重慶市211工程院校教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：68 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

世界各地區(qū)男性與女性胃癌發(fā)生率的對(duì)比圖[8].2018年的《全球癌癥報(bào)告》是由世界衛(wèi)生組織/國(guó)際癌癥研究中心(Internation-

4西南大學(xué)碩士學(xué)位論文圖1.2:2018年全球各種癌癥的新發(fā)病例數(shù)與死亡病例數(shù)分別占全球所有類型癌癥新發(fā)病例總數(shù)與死亡病例總數(shù)的百分比[8].S1.2.2胃癌發(fā)生的原因胃癌的病因非常復(fù)雜且多種多樣,是由外部環(huán)境因素和機(jī)體自身遺傳因素共同導(dǎo)致的一種惡性腫瘤.胃癌的發(fā)生情況根據(jù)國(guó)家、地區(qū)、年齡以及性別的不同而存在差異.迄今為止,研究表明,遺傳因素、環(huán)境因素、幽門螺旋桿菌感染、飲食習(xí)慣和心理因素等多種因素,都與胃癌的發(fā)生緊密相關(guān).1.遺傳因素隨著對(duì)胃癌研究的不斷深入,越來(lái)越多的研究表明,遺傳因素在胃癌的發(fā)生中起重要作用.有調(diào)查顯示,胃癌具有家族聚集的傾向性,并且胃癌的遺傳是多向性的,而不是單向性的.流行病學(xué)相關(guān)的研究資料表明,胃癌的家族史也是胃癌發(fā)生的危險(xiǎn)因素之一.在胃癌患者中,具有明顯的家族聚集性與傾向性的患者所占比例為10%15%[11,12].2.環(huán)境因素胃癌的發(fā)生存在明顯的地理分布特點(diǎn),主要是因?yàn)榄h(huán)境因素的不同.環(huán)境因素是影響胃癌的另一個(gè)重要因素[13].研究表明,胃癌的發(fā)生與地區(qū)的地質(zhì)、土壤以及水質(zhì)等因素關(guān)系密切.因此,根據(jù)不同地區(qū)的環(huán)境,識(shí)別影響胃癌發(fā)生的環(huán)境因素,并采取針對(duì)性的措施,是有效地減少胃癌發(fā)生的一種方法.

第一章緒論9表達(dá)基因)進(jìn)行基因組學(xué)研究和功能富集分析,試圖揭示這些基因所影響的分子機(jī)制,從而以臨床醫(yī)學(xué)角度來(lái)闡明這一系列疾病現(xiàn)象.基因本體(GeneOntology,GO)富集分析包括三個(gè)部分,即生物過(guò)程(BiologicalProcess,BP)、細(xì)胞組成(CellularComponent,CC)以及分子功能(MolecularFunction,MF).FunRich(FunctionalEnrichmentanalysistool)(http://www.funrich.org/)是一個(gè)獨(dú)立的軟件工具[40],主要用于基因和蛋白質(zhì)的功能富集和相互作用網(wǎng)絡(luò)分析.此外,分析的結(jié)果可以用韋恩圖、條形圖、柱形圖、餅圖等形式進(jìn)行圖形化描述.目前,FunRich軟件工具設(shè)計(jì)可以用于處理各種基因/蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)集,而不考慮生物體.用戶不僅可以在默認(rèn)的后臺(tái)數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行搜索,還可以加載自定義的數(shù)據(jù)庫(kù),對(duì)其進(jìn)行功能豐富性分析,如基因本體富集分析、信號(hào)通路分析以及蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)等.圖1.3為FunRich軟件的操作界面.圖1.3:FunRich軟件界面本研究利用FunRich軟件[39]對(duì)使用加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析方法識(shí)別出的關(guān)鍵模塊包含的miRNA進(jìn)行功能富集分析與通路分析,以試圖找出關(guān)鍵模塊里面包含的miRNA所富集的通路.S1.3.3R語(yǔ)言軟件R語(yǔ)言是一種開發(fā)良好的計(jì)算機(jī)程序語(yǔ)言,包括條件,循環(huán),用戶定義的遞歸函數(shù)以及輸入和輸出設(shè)施[40].同時(shí),R語(yǔ)言也是一個(gè)開放式的軟件開發(fā)平臺(tái),研究軟

【參考文獻(xiàn)】：
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[1]利用WGCNA鑒定棉花抗黃萎病相關(guān)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)[J]. 傅明川,李浩,陳義珍,柳展基,劉任重,王立國(guó).  作物學(xué)報(bào). 2020(05)
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博士論文
[1]MicroRNA-216a通過(guò)抑制JAK2/STAT3信號(hào)通路抑制胃癌細(xì)胞侵襲轉(zhuǎn)移及上皮間質(zhì)轉(zhuǎn)化[D]. 陶有茂.吉林大學(xué) 2019

碩士論文
[1]胃癌相關(guān)miRNA的表達(dá)分析及功能研究[D]. 姚文卓.東南大學(xué) 2017



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