在生物系統(tǒng)中,遺傳相互作用指的是兩個基因同時突變的表型異于它們分別突變表型疊加效果的現(xiàn)象。近年來,隨著高通量技術(shù)的發(fā)展,遺傳相互作用的高通量篩選得以實現(xiàn),產(chǎn)生了大量遺傳相互作用數(shù)據(jù)。通路基因指的是一組在同一條生物通路上相互協(xié)作的基因,它們共同完成某一項生命過程。發(fā)掘遺傳相互作用數(shù)據(jù)中的通路基因可以研究基因之間如何進行相互作用共同影響某種表型,是理解生物學(xué)通路的結(jié)構(gòu)和功能,生物系統(tǒng)進化規(guī)律,和研究復(fù)雜疾病的重要途徑。然而,由于基因多效性以及高維數(shù)據(jù)處理困難等問題,如何發(fā)現(xiàn)遺傳相互作用數(shù)據(jù)中的通路基因面臨著很大挑戰(zhàn)。本文中,我們通過改進的偏相關(guān)系數(shù)算法計算基因間的條件獨立性,即刪除掉通路中的已知基因的影響后,研究基因間的相關(guān)性。而這些通路中的已知基因?qū)⒃谀Ｐ椭凶鳛榉N子基因發(fā)掘通路中的其它基因。我們將討論該算法在模擬數(shù)據(jù)和實際數(shù)據(jù)中的計算效果,證明該算法在遺傳相互作用數(shù)據(jù)應(yīng)用中的有效性。并且對挖掘的已知通路基因和新通路基因,探究其基因功能的相互作用關(guān)系。得到基因間的相互作用,共同完成生命活動。 

【文章來源】：青島大學(xué)山東省

【文章頁數(shù)】：41 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第一章 緒論
    1.1 研究背景和意義
    1.2 研究進展
    1.3 本文的研究思路及內(nèi)容
第二章 算法介紹
    2.1 偏相關(guān)系數(shù)算法
        2.1.1 偏相關(guān)系數(shù)算法的概念
        2.1.2 偏相關(guān)系數(shù)算法挖掘通路基因的過程
        2.1.3 偏相關(guān)系數(shù)算法的優(yōu)化
    2.2 不考慮試驗依賴性的偏相關(guān)系數(shù)算法
    2.3 相關(guān)系數(shù)均值算法
    2.4 相關(guān)系數(shù)最大值算法
    2.5 算法在模擬數(shù)據(jù)中的應(yīng)用
第三章 算法在遺傳相互作用數(shù)據(jù)中的應(yīng)應(yīng)用
    3.1 遺傳相互作用數(shù)據(jù)介紹
    3.2 挖掘遺傳相互作用數(shù)據(jù)的通路基因
    3.3 挖掘遺傳相互作用數(shù)據(jù)中的通路信息
第四章 結(jié)論與展望
參考文獻
攻讀學(xué)位期間的研究成果
附錄
致謝


【參考文獻】：
期刊論文
[1]非負矩陣算法在遺傳相互作用數(shù)據(jù)中的應(yīng)用[J]. 王藝舒,楊德杰,李新民.  生物數(shù)學(xué)學(xué)報. 2016(04)



本文編號：3627073