蛋白質(zhì)相互作用（Protein-protein interactions,PPI）是細(xì)胞進(jìn)行一切代謝活動(dòng)的基礎(chǔ)。PPI網(wǎng)絡(luò)是描述細(xì)胞中蛋白質(zhì)活動(dòng)的生物網(wǎng)絡(luò),其研究對(duì)于系統(tǒng)理解生物過程、揭示疾病發(fā)生機(jī)制和研發(fā)新藥等方面具有積極的指導(dǎo)作用。目前,PPI網(wǎng)絡(luò)研究已從單源數(shù)據(jù)靜態(tài)模型向多源數(shù)據(jù)動(dòng)態(tài)模型轉(zhuǎn)變。其中,集成靜態(tài)PPI數(shù)據(jù)和時(shí)間序列蛋白質(zhì)表達(dá)數(shù)據(jù)構(gòu)建動(dòng)態(tài)PPI網(wǎng)絡(luò)是一個(gè)重要研究方向。本論文針對(duì)這一主題,開展了以下方面工作:動(dòng)態(tài)PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建的難點(diǎn)在于對(duì)基因表達(dá)數(shù)據(jù)的二值化處理。現(xiàn)有方法不能全部保留靜態(tài)PPI網(wǎng)絡(luò)的相互作用信息,甚至過濾掉與關(guān)鍵蛋白質(zhì)相關(guān)的相互作用,在一定程度上影響關(guān)鍵蛋白質(zhì)的識(shí)別。為了解決在這一問題,提出基于最小全覆蓋的動(dòng)態(tài)PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建方法,首先對(duì)每個(gè)蛋白質(zhì)各時(shí)點(diǎn)的表達(dá)水平值進(jìn)行排序,并基于從低到高順序,采用消減法去除所有不影響相互作用全覆蓋的時(shí)點(diǎn),得到可覆蓋所有靜態(tài)PPI網(wǎng)絡(luò)相互作用的最短激活時(shí)點(diǎn)序列,并根據(jù)激活時(shí)點(diǎn)序列,由靜態(tài)PPI網(wǎng)絡(luò)投影得到動(dòng)態(tài)PPI時(shí)序網(wǎng)絡(luò)。在此基礎(chǔ)上,探討了對(duì)動(dòng)態(tài)PPI網(wǎng)絡(luò)的節(jié)點(diǎn)度分布、節(jié)點(diǎn)活躍性、邊活躍性和hub節(jié)點(diǎn)分布等性質(zhì),為從時(shí)序角... 

【文章來源】：湖南理工學(xué)院湖南省

【文章頁數(shù)】：53 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第1章 緒論
    1.1 研究背景與意義
    1.2 研究現(xiàn)狀
        1.2.1 蛋白質(zhì)相關(guān)數(shù)據(jù)集
        1.2.2 蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)
        1.2.3 多源數(shù)據(jù)融合PPI網(wǎng)絡(luò)
        1.2.4 PPI網(wǎng)絡(luò)閾值方法
        1.2.5 蛋白質(zhì)相互作用實(shí)驗(yàn)方法
        1.2.6 關(guān)鍵蛋白質(zhì)識(shí)別方法
    1.3 論文主要?jiǎng)?chuàng)新
    1.4 論文的組織結(jié)構(gòu)
第2章 PPI時(shí)序網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建
    2.1 圖的基本定義
    2.2 PPI時(shí)序網(wǎng)絡(luò)模型
        2.2.1 靜態(tài)PPI網(wǎng)絡(luò)模型
        2.2.2 動(dòng)態(tài)PPI網(wǎng)絡(luò)模型
    2.3 最小全覆蓋方法
        2.3.1 蛋白質(zhì)表達(dá)閾值方法
        2.3.2 最小全覆蓋方法
        2.3.3 最小激活時(shí)點(diǎn)序列消減算法
    2.4 模型構(gòu)建實(shí)驗(yàn)
        2.4.1 靜態(tài)PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建實(shí)驗(yàn)
        2.4.2 動(dòng)態(tài)PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建實(shí)驗(yàn)
        2.4.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果分析
    2.5 本章小結(jié)
第3章 PPI網(wǎng)絡(luò)動(dòng)態(tài)性質(zhì)分析
    3.1 活躍性相關(guān)定義
        3.1.1 節(jié)點(diǎn)活躍性
        3.1.2 邊的活躍性
        3.1.3 Hub節(jié)點(diǎn)
    3.2 PPI網(wǎng)絡(luò)動(dòng)態(tài)性質(zhì)分析
        3.2.1 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)
        3.2.2 節(jié)點(diǎn)活躍性分析
        3.2.3 邊活躍性分析
        3.2.4 Hub節(jié)點(diǎn)分析
    3.3 本章小結(jié)
第4章 中心性度量和關(guān)鍵蛋白質(zhì)識(shí)別
    4.1 中心性度量相關(guān)定義
        4.1.1 度中心性
        4.1.2 局部聚類系數(shù)中心性
        4.1.3 局部平均連通中心性
        4.1.4 邊聚類系數(shù)中心性
    4.2 加權(quán)聚類系數(shù)中心性度量方法
    4.3 關(guān)鍵蛋白質(zhì)評(píng)估指標(biāo)
    4.4 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        4.4.1 關(guān)鍵蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)采集
        4.4.2 關(guān)鍵蛋白質(zhì)識(shí)別
        4.4.3 度量指標(biāo)
    4.5 本章小結(jié)
結(jié)語
參考文獻(xiàn)
攻讀碩士學(xué)位期間主要研究成果
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]A Reliable Neighbor-Based Method for Identifying Essential Proteins by Integrating Gene Expressions, Orthology,and Subcellular Localization Information[J]. Min Li,Zhibei Niu,Xiaopei Chen,Ping Zhong,Fangxiang Wu,Yi Pan.  Tsinghua Science and Technology. 2016(06)
[2]動(dòng)態(tài)-靜態(tài)混合的時(shí)序蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建方法[J]. 代啟國,郭茂祖,劉曉燕,王春宇.  哈爾濱工業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2016(11)
[3]A Feature Selection Method for Prediction Essential Protein[J]. Jiancheng Zhong,Jianxin Wang,Wei Peng,Zhen Zhang,Min Li.  Tsinghua Science and Technology. 2015(05)
[4]基于酵母實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)構(gòu)建其蛋白質(zhì)作用網(wǎng)絡(luò)模型[J]. 陳幼文,劉曾榮.  復(fù)雜系統(tǒng)與復(fù)雜性科學(xué). 2014(04)
[5]蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)功能模塊檢測(cè)的研究綜述[J]. 冀俊忠,劉志軍,劉紅欣,劉椿年.  自動(dòng)化學(xué)報(bào). 2014(04)
[6]基于最短路徑的關(guān)鍵蛋白質(zhì)識(shí)別研究[J]. 嘉澤寧,楊貴,鄭文萍.  廣西大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2011(05)
[7]蛋白質(zhì)相互作用研究中的計(jì)算方法綜述[J]. 李舟軍,陳義明,劉軍萬,陳火旺.  計(jì)算機(jī)研究與發(fā)展. 2008(12)
[8]蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)在蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)中的應(yīng)用[J]. 朱薿.  咸寧學(xué)院學(xué)報(bào)(醫(yī)學(xué)版). 2008(04)
[9]評(píng)估蛋白質(zhì)相互作用可信度的生物信息學(xué)方法[J]. 歐陽玉梅,方若森,馬志強(qiáng).  生命科學(xué). 2008(03)
[10]計(jì)算方法在蛋白質(zhì)相互作用研究中的應(yīng)用[J]. 曹建平,馬義才,李亦學(xué),石鐵流.  生命科學(xué). 2005(01)

博士論文
[1]蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)特征與功能致命性研究[D]. 董蘊(yùn)源.國防科學(xué)技術(shù)大學(xué) 2012
[2]生物網(wǎng)絡(luò)分析及其在復(fù)雜疾病研究中的應(yīng)用[D]. 陳鋼.中南大學(xué) 2012
[3]基于智能計(jì)算的蛋白質(zhì)相互作用預(yù)測(cè)方法研究[D]. 杜秀全.安徽大學(xué) 2010
[4]基于智能計(jì)算的蛋白質(zhì)功能預(yù)測(cè)研究[D]. 張同亮.東華大學(xué) 2008

碩士論文
[1]基于網(wǎng)絡(luò)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)比對(duì)方法研究[D]. 姜奕含.吉林大學(xué) 2015
[2]基于蛋白質(zhì)動(dòng)態(tài)網(wǎng)絡(luò)的復(fù)合物和功能模塊挖掘算法研究[D]. 劉乘辰.湖南大學(xué) 2015
[3]基于動(dòng)態(tài)PPI網(wǎng)絡(luò)的關(guān)鍵蛋白質(zhì)檢測(cè)方法研究[D]. 況玲.湖南大學(xué) 2015
[4]基于拓?fù)鋭?shì)的關(guān)鍵蛋白質(zhì)識(shí)別方法研究[D]. 陸聿.中南大學(xué) 2014
[5]基于拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)和復(fù)合物信息的關(guān)鍵蛋白質(zhì)識(shí)別算法研究[D]. 馬玲.湖南大學(xué) 2013
[6]基于點(diǎn)聚集系數(shù)和邊聚集系數(shù)的社區(qū)發(fā)現(xiàn)算法[D]. 張睿.云南大學(xué) 2013
[7]動(dòng)態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建和蛋白質(zhì)復(fù)合物識(shí)別研究[D]. 彭小清.中南大學(xué) 2012



本文編號(hào)：3188144