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細胞應對DNA損傷調(diào)控機制的動力學分析

發(fā)布時間:2020-11-15 06:50
   細胞受到外界刺激時會導致DNA損傷,從而激活細胞內(nèi)抑制基因的大量表達,這種防御機制能夠保護基因組的完整性和抑制腫瘤發(fā)生.p53是重要的腫瘤抑制基因,該基因編碼一種分子量為53kDa的蛋白質(zhì),在預防腫瘤發(fā)生中發(fā)揮著至關(guān)重要的作用.當細胞基因受到損傷時,p53的濃度水平?jīng)Q定細胞的命運,低水平的p53導致暫時性的生長停滯和細胞存活,而高水平的p53促進不可逆的細胞凋亡.另外,轉(zhuǎn)錄和翻譯是細胞基因表達的基本步驟,它們都是速度緩慢而且非常復雜的過程.因此,時間延遲在基因表達中是不可避免的.同時,很多工作已經(jīng)證明時滯會使系統(tǒng)產(chǎn)生振蕩,所以研究時滯在p53網(wǎng)絡中的作用是非常重要的.本文把時滯加入到p53網(wǎng)絡中試圖通過研究p53的動力學行為找到調(diào)控p53濃度水平的主要因素,從而為腫瘤和癌癥的治療提供新的途徑.主要內(nèi)容如下:第一章,簡單敘述了p53的研究背景和研究意義、p53基因網(wǎng)絡模型的發(fā)展和用到的定理、定義等.第二章,我們根據(jù)實驗數(shù)據(jù)改進了一個三維的帶有兩個時滯的p53網(wǎng)絡數(shù)學模型,旨在了解Mdm2基因表達中轉(zhuǎn)錄和翻譯所需的時間延遲如何影響p53-Mdm2網(wǎng)絡的振蕩行為.首先,把時滯作為分支參數(shù),通過分析相關(guān)特征方程,研究了模型正平衡點處的漸進穩(wěn)定性和確定了Hopf分支存在的條件.此外,通過應用規(guī)范型理論和中心流形定理確定了分支周期解的方向、穩(wěn)定性和周期變化.最后,進行數(shù)值模擬來說明主要結(jié)果.第三章,在第二章的基礎上,我們對三維模型加以改進,得到一個五維的含有兩個時滯的P53網(wǎng)絡數(shù)學模型.運用第二章相同的方法研究了模型正平衡點處的漸進穩(wěn)定性和確定了Hopf分支存在的條件及分支的性質(zhì).另外,除了考慮時滯的決定性作用外,還分別考慮了五個主要模型參數(shù)與時滯一起作用時對系統(tǒng)動力學的影響.最后,進行數(shù)值模擬來說明主要結(jié)果.第四章,總結(jié)全文并詳細介紹了本文的創(chuàng)新點和不足之處。
【學位單位】:云南師范大學
【學位級別】:碩士
【學位年份】:2018
【中圖分類】:R730.2;O175
【部分圖文】:

相互作用,多時滯,網(wǎng)絡模型


?第2鶯多時滯P53-Mdm2網(wǎng)鉻系統(tǒng)的穩(wěn)定性和分支分析???第2章多時滯p53-Mdm2網(wǎng)絡系統(tǒng)的穩(wěn)定性和分支分析??為了研宂時滯對網(wǎng)絡動力P行為的勝響,本:章我們對一個帶有雙時滯的??三維P53網(wǎng)絡模型進行了動力學研究.首先簡要介紹了本章的趼宄模型,然后數(shù)學方法分別研宂了模型的正乎衡點的穩(wěn)定性、H〇Pf分支存在的條件和Hopf分??支的方向及穩(wěn)定性,最盾通過數(shù)It模擬,驗證我們的理論結(jié)論.??2.1?p53-Mdm2網(wǎng)絡模型介紹??■

工作基礎,時間延遲,翻譯時間


⑷?⑷??圖2.2⑷在Geva的工作基礎上,圖2.1中復雜的關(guān)系圖可以被簡化.(6)是僅涉??及細胞核內(nèi)p53和Mdm2的的簡化圖.n是轉(zhuǎn)錄時間延遲,其包括轉(zhuǎn)錄,延伸,??拼接,Mdm2轉(zhuǎn)錄中mRNA的輸出和轉(zhuǎn)運所需的時間,巧是由Mdm2?mRNA翻譯??成Mdm2蛋_所需的翻譯時間延遲..r.是Ti和總和???值得柱意的是,在Geva模__|8中Signal的抑制因.子遵循與:Mdm*2類似的動力學.,??因此Signal在P53-Mdm2網(wǎng)絡中被抑制,從而形成兩個負反饋回路,詳見[25].?Ge-??m通過研究模型(2.1.1)和研究隨機性對模型反應的影響,X^P53系統(tǒng)中負反饋環(huán)??進行理論分析.他們發(fā)現(xiàn)通過將長波長噪聲添加到不同的模型參數(shù),模型(2,1.1)可??以捕捉到P53的動態(tài)變化.然而,在P53系統(tǒng)中時間延遲的確切作用尚未被研究.此??夕卜

周期解,平衡點,網(wǎng)絡動力學,數(shù)值模擬


(c)?t?=?0.5?hour?{d)?r?=?0.5?hour??2.3通過系統(tǒng)(2.1.2)描述時滯在p53-Mdm2網(wǎng)絡中的作用.⑷當r?=?0時,系??在平衡點處是漸近穩(wěn)定的.(6)當r?=?0.3?<?r0?=?0.3856時,系統(tǒng)在平衡點處是??近穩(wěn)定的.⑷和⑷=?0,5?>?t〇?=?0.3856時,系統(tǒng)產(chǎn)生穩(wěn)定的周期解.??2)/32決定系統(tǒng)分支周期的穩(wěn)定性:<?0(馬>?0)時,分支的周期解是軌道漸??穩(wěn)定的〔不穩(wěn)定:的??3)T2決定分支周期的增大或減少:當72?>?o(r2?<?0)時,分支的周期是增大的(減??的).??2.4?p53-Mdm2網(wǎng)絡數(shù)值模擬??在本節(jié)中,我們對系統(tǒng)進行數(shù)值模擬,結(jié)合理論方法和動力學模擬研宄時滯??對P53-Mdm2網(wǎng)絡動力學行為的影響.在下面的數(shù)值模擬中,除非特別指定,否則??模型參數(shù)的所有值都使用表2.1中的固定值此,很容易驗證系統(tǒng)(2.1.2)具有唯??
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