本文關(guān)鍵詞：CPU和GPU協(xié)同并行加速多生物序列比對

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【摘要】：將主庫構(gòu)建階段的輸入序列分成多個分主庫、將主庫擴展階段的主庫元素劃分成多個計算窗口,使之符合GPU并行計算的線程結(jié)構(gòu)特性,GPU以計算窗口為單位并行計算比對矩陣、并行約減主庫及并行擴展比對矩陣,結(jié)合庫優(yōu)化思想優(yōu)化主庫構(gòu)建過程,利用閾值cutoff控制主庫約減程度,設(shè)計實現(xiàn)CPU和多個GPU協(xié)同計算并行比對多生物序列的高效可擴展算法OGM SA.實驗結(jié)果表明,當cutoff≤0.20時,算法OGM SA的比對結(jié)果質(zhì)量與算法G-M SA相同,計算速度是G-M SA算法的近4倍,內(nèi)存容量需求比G-MSA算法也有所降低.
【作者單位】： 廣西大學(xué)計算機與電子信息學(xué)院廣西高校并行分布式計算技術(shù)重點實驗室;
【基金】：國家自然科學(xué)基金項目(61462005)資助 廣西自然科學(xué)基金項目(2014GXNSFAA118396)資助
【分類號】：Q811.4;TP301.6
【正文快照】： 1引言比對生物序列可以探測新序列與已知序列家族的同源性、預(yù)測蛋白質(zhì)二級和三級結(jié)構(gòu)、尋找蛋白質(zhì)家族中結(jié)構(gòu)或功能相似片段以及構(gòu)建生物進化樹.多序列比對在成對和SP(sum-of-pairs)意義下是一個NP難問題[1],其計算十分耗時.Clustal W[2]、T-Coffee[3]算法是目前應(yīng)用較為廣泛

【相似文獻】

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