發(fā)布時間：2017-10-08 01:23

  本文關(guān)鍵詞：豬博卡病毒GD6株的全基因序列及生物信息學(xué)分析

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【摘要】：為了解豬博卡病毒(PBo V)GD6株的生物信息學(xué)特征,應(yīng)用生物信息學(xué)在線分析程序和生物信息學(xué)軟件分析GD6株遺傳進化關(guān)系,分析并預(yù)測病毒蛋白的理化性質(zhì)、可溶性、信號肽、跨膜區(qū)、親(疏)水性、翻譯后修飾位點、二級結(jié)構(gòu)及抗原表位,通過SWISS-MODEL程序預(yù)測NS1、VP1的三維空間結(jié)構(gòu)。結(jié)果表明:GD6株與有蹄類動物博卡細小病毒5(Ungulate bocaparvovirus 5)在一個大分支,親緣關(guān)系較近;NP1蛋白的不穩(wěn)定系數(shù)為58.72,屬于不穩(wěn)定蛋白類,NS1,VP1和VP2蛋白屬于穩(wěn)定蛋白;PBo V的4種蛋白均為可溶性蛋白;二級結(jié)構(gòu)預(yù)測顯示4種蛋白均以無規(guī)則卷曲為主要結(jié)構(gòu);結(jié)構(gòu)域分析顯示,NS1蛋白擁有細小病毒NS1所具有的功能結(jié)構(gòu)域,與病毒的復(fù)制有關(guān);NP1含有多個磷酸化位點;綜合多種方法分析預(yù)測VP1/VP2存在多個抗原表位。
【作者單位】： 惠州出入境檢驗檢疫局技術(shù)中心;肇慶市動物衛(wèi)生監(jiān)督所;吉林出入境檢驗檢疫局;湖南出入境檢驗檢疫局;
【關(guān)鍵詞】： 豬博卡病毒 序列分析 生物信息學(xué)分析
【基金】：國家質(zhì)檢總局項目(2014IK243)
【分類號】：S852.65
【正文快照】： 豬博卡病毒(porcine bocavirus,PBo V)屬于細小病毒科、博卡病毒屬,為單股線狀無囊膜DNA病毒,基因組在5.2 kb左右[1],并且不同基因型間基因組大小差異較大[2-3]。包括4個開放閱讀框(ORFs),編碼2個非結(jié)構(gòu)蛋白NS1和NP1,以及2個結(jié)構(gòu)蛋白,即衣殼蛋白VP1和VP2[1],其中VP1和VP2存在

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中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 林峰;;人博卡病毒感染的研究進展[J];病毒學(xué)報;2007年02期

2 傅希;伍嚴安;;博卡病毒的研究進展[J];醫(yī)學(xué)綜述;2007年15期

3 陳倩;胡正;;人博卡病毒的研究進展[J];中國當(dāng)代兒科雜志;2010年08期

4 李建寧;姚青;孫玉寧;;博卡病毒屬基因組特征與致病的分子機制[J];微生物學(xué)報;2013年05期

5 何濤君;王瓊;何英;黃烈;張銀輝;林廣裕;陸學(xué)東;;采用半巢式PCR技術(shù)從臨床標(biāo)本中克隆人類博卡病毒的全基因[J];國際檢驗醫(yī)學(xué)雜志;2014年01期

6 黃頭華;;我國醫(yī)學(xué)界首次發(fā)現(xiàn)人類博卡病毒[J];中國醫(yī)藥指南;2006年09期

7 何慧;劉新;;新發(fā)現(xiàn)的呼吸道感染病原——人博卡病毒[J];醫(yī)學(xué)綜述;2008年21期

8 錢淵;;人博卡病毒研究進展[J];中國實用兒科雜志;2009年01期

9 周建林;伍嚴安;;人博卡病毒的研究進展[J];醫(yī)學(xué)綜述;2009年12期

10 鄒麗容;鄭夔;周杰;莫艷玲;方苓;陳秋霞;李暉;柯昌文;;熒光定量PCR方法快速檢測人博卡病毒的研究[J];華南預(yù)防醫(yī)學(xué);2009年06期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前6條

1 曹虹;彭亮;;新型微小病毒——人類博卡病毒[A];新發(fā)和再發(fā)傳染病防治熱點研討會論文集[C];2009年

2 林峰;;人博卡病毒感染支氣管上皮細胞的生物學(xué)特征研究[A];2008年浙江省兒科學(xué)學(xué)術(shù)年會論文匯編[C];2008年

3 李芳;孫玉寧;張茜;蘆曉紅;;博卡病毒MVC在不同種屬細胞系病毒基因組復(fù)制及感染特性分析[A];中國的遺傳學(xué)研究——遺傳學(xué)進步推動中國西部經(jīng)濟與社會發(fā)展——2011年中國遺傳學(xué)會大會論文摘要匯編[C];2011年

4 何彪;楊凡力;涂長春;;中國蝙蝠病毒宏基因組學(xué)研究[A];中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會獸醫(yī)公共衛(wèi)生學(xué)分會第三次學(xué)術(shù)研討會論文集[C];2012年

5 林峰;曾愛平;林海燕;鄭昌華;陳弘;李樺;李旭陽;郁明素;楊恩;楊寧敏;金大智;余光創(chuàng);伯曉晨;文思遠;王升啟;;WLL株博卡病毒(Bocavirus)基因測序及生物信息學(xué)分析[A];中華醫(yī)學(xué)會第十四次全國兒科學(xué)術(shù)會議論文匯編[C];2006年

6 林峰;曾愛平;楊恩;林海燕;鄭昌華;陳弘;李樺;李旭陽;郁明素;楊寧敏;金大智;余光創(chuàng);伯曉晨;文思遠;王升啟;;WLL株博卡病毒(Bocavirus)基因組測序及生物信息學(xué)分析[A];浙江省中西醫(yī)結(jié)合學(xué)會兒科專業(yè)委員會第十次學(xué)術(shù)年會暨省級繼續(xù)教育學(xué)習(xí)班論文匯編[C];2007年

中國重要報紙全文數(shù)據(jù)庫 前4條

1 記者　 鄧明 通訊員　 白培生 劉巧突;郴州在國內(nèi)首次發(fā)現(xiàn)人類博卡病毒[N];湖南日報;2006年

2 記者 王理略 通訊員 任麗瓊;首次克隆出人博卡病毒全基因組[N];湖北日報;2014年

3 記者　 龍軍;我國首次發(fā)現(xiàn)人類博卡病毒HBoV[N];光明日報;2006年

4 何彪 沈基飛;我學(xué)者發(fā)現(xiàn)新型SARS樣冠狀病毒[N];健康報;2014年

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前3條

1 程衛(wèi)霞;博卡病毒流行病學(xué)、致病性及基因進化研究[D];蘭州大學(xué);2011年

2 鄧雪鋒;人類博卡病毒感染性克隆的構(gòu)建及體外感染模型的研究[D];華中師范大學(xué);2013年

3 李京京;人類博卡病毒HBoV1基因組克隆及轉(zhuǎn)錄、翻譯分子機制研究[D];華中師范大學(xué);2012年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 楊晚竹;豬博卡病毒分子生物學(xué)特征及感染性克隆構(gòu)建的初步探索[D];中國疾病預(yù)防控制中心;2012年

2 漆正宇;我國人博卡病毒的分子流行病學(xué)及衣殼蛋白獨有區(qū)表達純化的研究[D];貴州大學(xué);2007年

3 韓虎;人博卡病毒結(jié)構(gòu)蛋白與非結(jié)構(gòu)蛋白功能的初步研究[D];華中師范大學(xué);2012年

4 李紅學(xué);人博卡病毒在健康獻漿人群中的基因組和血清學(xué)抗體流行情況研究[D];北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院;2014年

5 黃寶慧;豬博卡病毒NP08株的基因組序列分析及其對豬腸上皮細胞的影響[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

6 鄭英帥;豬博卡病毒間接ELISA診斷方法的建立[D];河北農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

7 陳瑩;人博卡病毒HBoV結(jié)構(gòu)蛋白基因的克隆、原核表達、純化及VP1在桿狀病毒中的表達[D];華中師范大學(xué);2010年

8 焦洋;豬流行性腹瀉病毒、豬傳染性胃腸炎病毒和豬博卡病毒多重PCR檢測方法的建立[D];南京農(nóng)業(yè)大學(xué);2013年

9 王恩麗;豬嵴病毒CH441株和豬博卡病毒CH437株全基因組克隆及序列分析[D];甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué);2014年

10 江軍;家蠶濃核病毒BmDNV-1熒光假病毒粒子的制備及人博卡病毒VP2的純化[D];華中師范大學(xué);2012年

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本文編號：991211