本文關(guān)鍵詞：甘藍(lán)型油菜GPAT9基因克隆與生物信息學(xué)分析

  更多相關(guān)文章： 甘藍(lán)型油菜 GPAT 基因克隆 生物信息學(xué)

【摘要】：GPAT9基因是參與植物體中油脂代謝的重要基因之一,在甘藍(lán)型油菜中該基因還未被深入研究。為了研究甘藍(lán)型油菜中GPAT9基因,通過查找擬南芥At GPAT9基因(At5G60620),并以At GPAT9基因編號(hào)到Brassica Database數(shù)據(jù)庫檢索到白菜、甘藍(lán)GPAT9基因序列,然后對(duì)擬南芥、白菜和甘藍(lán)GPAT9序列進(jìn)行比對(duì)。根據(jù)比對(duì)結(jié)果設(shè)計(jì)出一對(duì)引物,從甘藍(lán)型油菜湘油15中克隆得到一條長度為1 131 bp大小的GPAT9 CDs序列,將其命名為Bn GPAT9。Bn GPAT9基因共編碼376個(gè)氨基酸,相對(duì)分子量為43.25 k D,等電點(diǎn)為8.97,不穩(wěn)定系數(shù)為46.46;Bn GPAT9編碼的蛋白有三個(gè)跨膜結(jié)構(gòu)域,沒有信號(hào)肽;該蛋白的二級(jí)結(jié)構(gòu)中α螺旋為38.03%,β折疊為21.28%,β轉(zhuǎn)角為9.04%,無規(guī)則卷曲為31.65%。分析表明:無論核苷酸序列還是氨基酸序列聚類均顯示Bn GPAT9與擬南芥、白菜和甘藍(lán)GPAT9親緣關(guān)系近;Bn GPAT9具有溶血磷脂�；D(zhuǎn)移酶(LPLAT)的結(jié)構(gòu)域LPCAT1-like和GPAT9特有的活性位點(diǎn)。從序列分析、理化性質(zhì)分析、二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、亞細(xì)胞定位和功能結(jié)構(gòu)域分析等都表明克隆到的基因?yàn)楦仕{(lán)型油菜Bn GPAT9基因,屬于GPAT基因家族成員。
【作者單位】： 湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)作物基因工程湖南省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;國家油料改良中心湖南分中心;
【關(guān)鍵詞】： 甘藍(lán)型油菜 GPAT 基因克隆 生物信息學(xué)
【基金】：國家“973”計(jì)劃項(xiàng)目(2015CB150200) 湖南省科技計(jì)劃項(xiàng)目(2014FJ1006-3)共同資助
【分類號(hào)】：S565.4;Q943.2
【正文快照】： *通訊作者,ndxiongene@yahoo.comCloning and Bioinformatics Analysis of GPAT9 Gene in RapeseedXing Man1,2Liu Shaofeng1Wu Xianmeng2Guan Chunyun2Xiong Xinghua1,2*1 Crop Gene Engineering Key Laboratory of Hunan Province,Hunan Agricultural University,Changsha,4，

本文編號(hào)：985903