本文關(guān)鍵詞：基于轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序的長(zhǎng)白落葉松材性表達(dá)基因

  更多相關(guān)文章： 長(zhǎng)白落葉松 轉(zhuǎn)錄組 高通量測(cè)序 材性基因

【摘要】：基于邊合成邊測(cè)序(Sequencing By Synthesis,SBS)技術(shù),使用Illumina Hi Seq2500高通量測(cè)序平臺(tái)對(duì)長(zhǎng)白落葉松c DNA文庫(kù)進(jìn)行測(cè)序。共獲得非重復(fù)序列基因58 683條,總長(zhǎng)度為55 283 938 bp。將得到的轉(zhuǎn)錄本使用BLAST軟件將非重復(fù)序列基因序列與NR、Swiss-Prot、GO、COG、KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì),通過(guò)選擇BLAST參數(shù)Evalue不大于10-5,最終獲得29 350個(gè)有注釋信息的基因序列,其中19 292個(gè)轉(zhuǎn)錄本注釋GO編號(hào),有9 112個(gè)轉(zhuǎn)錄本在COG數(shù)據(jù)庫(kù)中被注釋并分為25個(gè)功能分類(lèi),同時(shí)注釋到120條KEGG代謝途徑。在得到注釋的轉(zhuǎn)錄本中搜索到木質(zhì)素相關(guān)基因共68條,其中與木質(zhì)素合成相關(guān)基因29條,與木質(zhì)素分解代謝相關(guān)基因27條;找到了147條纖維素相關(guān)基因,其中與纖維素合成相關(guān)基因103條,與纖維素分解代謝相關(guān)基因44條。
【作者單位】： 林木遺傳育種國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室(東北林業(yè)大學(xué));
【關(guān)鍵詞】： 長(zhǎng)白落葉松 轉(zhuǎn)錄組 高通量測(cè)序 材性基因
【基金】：國(guó)家高技術(shù)研究發(fā)展計(jì)劃(863計(jì)劃)(2013AA102704)
【分類(lèi)號(hào)】：S791.22
【正文快照】： 1)國(guó)家高技術(shù)研究發(fā)展計(jì)劃(863計(jì)劃)(2013AA102704)。com。通信作者:張含國(guó),林木遺傳育種國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室(東北林業(yè)大學(xué)),教授。E-mail:hanguozhang1@sina.com。轉(zhuǎn)錄組(Transcriptome)[1]廣義上指在特定環(huán)境或生理?xiàng)l件下的一個(gè)細(xì)胞、組織或生物體中所有表達(dá)基因的總和。轉(zhuǎn)錄組

【共引文獻(xiàn)】

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【相似文獻(xiàn)】

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中國(guó)博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前9條

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7 李艷霞;長(zhǎng)白落葉松優(yōu)樹(shù)子代生長(zhǎng)與材質(zhì)的遺傳變異及多性狀聯(lián)合選擇[D];東北林業(yè)大學(xué);2012年

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10 何遠(yuǎn)洋;遼東山區(qū)長(zhǎng)白落葉松人工林生長(zhǎng)收獲模型與模擬研究[D];北京林業(yè)大學(xué);2014年

本文編號(hào)：981543