發(fā)布時(shí)間：2017-09-28 04:03

  本文關(guān)鍵詞：整合數(shù)字基因表達(dá)譜與全基因組關(guān)聯(lián)分析鑒定豬血液性狀候選基因

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【摘要】：【目的】整合數(shù)字基因表達(dá)譜與全基因組關(guān)聯(lián)分析鑒定白色杜洛克×二花臉F_2資源群體的血液性狀候選基因�！痉椒ā堪咨怕蹇恕炼楩_2資源群體在(240±3)d屠宰,收集血液于抗凝管中進(jìn)行血常規(guī)檢測(cè)。利用Illumina 60K SNP芯片對(duì)1 020頭F_2資源群體進(jìn)行基因分型。剔除基因型檢出率90%和孟德?tīng)栧e(cuò)誤檢出率5%的個(gè)體。檢出率95%、次等位基因頻率5%、哈代-溫伯格檢驗(yàn)(HWE)P5×10~(-6)、與性染色體連鎖疑似常染色體的SNP被篩除。利用Illumina GA II測(cè)序儀測(cè)序?qū)?02頭F_2資源群體的肝臟進(jìn)行數(shù)字基因表達(dá)譜測(cè)序。測(cè)序得到的原始數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)濾獲得清潔標(biāo)簽后與參考標(biāo)簽數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì),將能唯一比對(duì)到參考基因序列的清潔標(biāo)簽數(shù)量進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化處理以獲得標(biāo)準(zhǔn)化的基因表達(dá)量。每個(gè)轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)水平進(jìn)一步轉(zhuǎn)化為lg2值。在少于20%的個(gè)體中表達(dá)的轉(zhuǎn)錄本被濾去。表型性狀和基因表達(dá)性狀使用R程序包中Gen ABEL內(nèi)polygentic功能進(jìn)行性別、批次和親緣關(guān)系的校正。其殘差使用R程序包中斯皮爾曼系數(shù)評(píng)估基因表達(dá)水平與表型數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)性,設(shè)定保守閾值P5×10~(-4)時(shí)調(diào)整多重檢驗(yàn)。將檢測(cè)到的表達(dá)數(shù)量性狀位點(diǎn)(eQTL)及其對(duì)應(yīng)基因根據(jù)其位置相對(duì)照的關(guān)系進(jìn)行繪圖。搜尋前期GWAS最高點(diǎn)5.0 Mb區(qū)域內(nèi)eQTL結(jié)合GWAS結(jié)果進(jìn)行綜合分析。Gene OntologyKEGG pathway富集分析使用在線工具DAVID�；蚬脖磉_(dá)網(wǎng)絡(luò)使用在線工具Gene MANIA進(jìn)行構(gòu)建�！窘Y(jié)果】白色杜洛克×二花臉F_2資源群體中502個(gè)個(gè)體的20 108個(gè)肝臟轉(zhuǎn)錄本通過(guò)了質(zhì)檢。當(dāng)P5×10~(-4)時(shí)鑒別到與血紅蛋白(HGB)、紅細(xì)胞數(shù)目(RBC)、紅細(xì)胞壓積(HCT)、平均紅細(xì)胞體積(MCV)、平均紅細(xì)胞血紅蛋白含量(MCH)和白細(xì)胞數(shù)目(WBC)關(guān)聯(lián)的轉(zhuǎn)錄本共259個(gè)。有34個(gè)轉(zhuǎn)錄本與一個(gè)以上表型關(guān)聯(lián)。用上述血細(xì)胞性狀關(guān)聯(lián)的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行eQTL定位,當(dāng)閾值P10~(-5)時(shí)得到304個(gè)eQTL,每個(gè)轉(zhuǎn)錄本映射到1—6個(gè)eQTL,其中有35個(gè)順式eQTL,120個(gè)反式eQTL。MCH和MCV的順式eQTL位置重疊位于8號(hào)染色體。7號(hào)染色體存有數(shù)量最多的eQTL,其中多數(shù)為反式eQTL。通過(guò)eQTL定位確定了KIT為候選基因。Gene OntologyKEGG pathway富集分析鑒別到與紅細(xì)胞性狀相關(guān)的基因KIT、PSEN2和TFRC,與白細(xì)胞性狀相關(guān)的基因THBS1和CYR61。通過(guò)整合前期GWAS數(shù)據(jù)及eQTL定位并建立基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò),鑒定到與白細(xì)胞性狀相關(guān)的基因RPS10�！窘Y(jié)論】利用基于白色杜洛克×二花臉F_2資源群體的eQTL定位并結(jié)合前期GWAS數(shù)據(jù),鑒別到與紅細(xì)胞性狀相關(guān)的基因KIT、PSEN2和TFRC,與白細(xì)胞性狀相關(guān)的基因THBS1、CYR61和RPS10。
【作者單位】： 江西農(nóng)業(yè)大學(xué)省部共建豬遺傳改良與養(yǎng)殖技術(shù)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【關(guān)鍵詞】： 豬 血液性狀 數(shù)字基因表達(dá)譜 表達(dá)數(shù)量性狀位點(diǎn) 全基因組關(guān)聯(lián)分析 候選基因
【基金】：國(guó)家基金(青年項(xiàng)目)(31301950) 江西省自然科學(xué)基金(2010GQN0045)
【分類號(hào)】：S828
【正文快照】： Identification of Candidate Genes for Hematological Traits byIntegrating Gene Expression Profiling and Genome-WideAssociation Study in a Porcine ModelXU Pan,ZHANG Zhen,ZHANG Feng,YANG Bin,DUAN Yan-yu(State Key Laboratory for Pig Genetics Improvement and

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