本文關(guān)鍵詞：大豆再生相關(guān)基因GmRUB1的克隆及表達分析

  更多相關(guān)文章： GmRUB 克隆 大豆 再生 生物信息學

【摘要】：大豆再生過程涉及細胞的分裂和分化、器官的決定和形成。RUB1基因在物質(zhì)的轉(zhuǎn)移和積累以及泛素化過程等多層次、多途徑發(fā)揮著重要的調(diào)控作用。本研究利用實驗室前期轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)得到差異表達基因GmRUB1,該基因是大豆再生中泛素化過程重要的組成部分,應用PLACE數(shù)據(jù)庫、Interpro、expasy數(shù)據(jù)庫、SOPMA、Phyre、Protscale、MEGA5等工具對該基因的啟動子元件、編碼氨基酸的功能、親水性、疏水性、等電點、二級結(jié)構(gòu)、三級結(jié)構(gòu)、同源性比較進行分析。并研究了該基因在大豆品種東農(nóng)50各器官中的表達分析。結(jié)果表明,其前體序列具有很多與再生相關(guān)的響應元件,理論等電點為7.67,脂肪系數(shù)為79.34,穩(wěn)定系數(shù)為48.06,屬于不穩(wěn)定蛋白,GmRUB1編碼的蛋白屬于泛素結(jié)合蛋白,有一個泛素化過程中的E2連接酶的結(jié)構(gòu)域,二級結(jié)構(gòu)中24.59%為α螺旋結(jié)構(gòu),39.34%為不規(guī)則卷曲,10.93%為β轉(zhuǎn)角,25.14%為延伸鏈,三級結(jié)構(gòu)共有122個氫鍵,6個螺旋結(jié)構(gòu),18個轉(zhuǎn)角結(jié)構(gòu),親水性平均系數(shù)為-0.389,GmRUB1基因與苜蓿親緣較近,qRT-PCR結(jié)果表明GmRUB1的表達量在果實中較高,說明GmRUB1基因可能參與大豆再生過程。隨后對該基因進行了克隆及表達載體構(gòu)建。上述結(jié)果初步分析了GmRUB1基因編碼氨基酸的生物信息學及表達情況。并通過對其進行克隆和載體構(gòu)建,對今后進一步研究該基因的功能,提高大豆再生率,建立穩(wěn)定的大豆再生體系提供了理論基礎(chǔ)。
【作者單位】： 東北農(nóng)業(yè)大學農(nóng)學院大豆生物學教育部重點實驗室;65301部隊農(nóng)副業(yè)基地;
【關(guān)鍵詞】： GmRUB 克隆 大豆 再生 生物信息學
【基金】：黑龍江省杰出青年基金(JJ2016JQ0029) 哈爾濱市優(yōu)秀學科帶頭人項目(2015RQXXJ018) 東北農(nóng)業(yè)大學大學生SIPT項目共同資助
【分類號】：S565.1;Q943.2
【正文快照】： *通訊作者,xxwu2012@126.comCloning and Expression Analysis of Regeneration Related Gene Gm RUB1in SoybeanYu Yicheng1Pan Xiaocheng2Xu Mengjie1Zhang Hechun1Wang Lingdong1Wei Yi1Wu Xiaoxia1*1 Key Laboratory of Soybean Biology in Chinese Ministry of Education，

本文編號：920516