本文關(guān)鍵詞：鴨FTO基因多態(tài)位點篩選和生物信息學分析

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【摘要】：為挖掘FTO基因的SNP,為今后進一步研究該基因遺傳變異奠定基礎。本研究以櫻桃谷鴨為試驗對象,構(gòu)建DNA池,對第2外顯子、第4外顯子和第5外顯子直接測序,篩選與脂質(zhì)性狀相關(guān)的SNP位點。結(jié)果表明:FTO基因存在2個SNPs位點突變,在第5外顯子發(fā)現(xiàn)1個SNP位點突變,另外一個在g.33942位點處,堿基A突變?yōu)閴A基G,引起天冬氨酸(GAT)變?yōu)楦拾彼?GGT),在g.33781位點處,存在堿基T和A的突變(在內(nèi)含子處,沒有引起氨基酸的改變);RNA二級結(jié)構(gòu)的最小自由能由-475.50 kcal/mol變?yōu)?477.40 kcal/mol。蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)分析發(fā)現(xiàn),突變前后,α螺旋、β轉(zhuǎn)角、延伸鏈和自由卷曲數(shù)值均有所改變。其中,α螺旋所占比例有所下降,但比重仍為最大,自由卷曲數(shù)量由原來的186個減少到185,比例由33.27%減少32.09%。突變前后多態(tài)位點導致FTO基因編碼的蛋白三級結(jié)構(gòu)也有所改變。FTO基因篩選出的SNP位點,引起RNA二級結(jié)構(gòu)甚至是其編碼的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的改變,可能進一步引起功能的改變。
【作者單位】： 貴州大學動物科學學院;高原山地動物遺傳育種與繁殖省部共建教育部重點實驗室;貴州省動物遺傳育種與繁殖重點實驗室;
【關(guān)鍵詞】： FTO基因 SNP 生物信息學分析
【基金】：教育部博士點基金(20115201120004)資助
【分類號】：S834
【正文快照】： Bioinformatic Analysis and Polymorphism of FTO Gene in DuckWang Dandan1,2,3Zhang Yiyu1,2,3*Li Wangui1,2,3Luo Hualun1,2,31 College of Animal Sciences,Guizhou University,Guiyang,550025;2 Key Laboratory of Animal Genetics,Breeding and Reproduction in the Pl

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本文編號：887497