本文關(guān)鍵詞：肺鱗狀細(xì)胞癌癌癥發(fā)展模式識(shí)別分類(lèi)模型及特征基因識(shí)別

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【摘要】：本文利用先進(jìn)的生物信息學(xué)方法,首次從全基因組水平綜合基因表達(dá)、甲基化水平和拷貝數(shù)變異三類(lèi)數(shù)據(jù),尋找與肺鱗狀細(xì)胞癌(LUSC)發(fā)生和發(fā)展密切相關(guān)的特征基因,為進(jìn)一步解釋其內(nèi)在機(jī)理、開(kāi)發(fā)新的靶向藥物和治療手段提供更加深入的理論依據(jù).為克服全基因組數(shù)據(jù)超高維高噪聲小樣本特性對(duì)機(jī)器學(xué)習(xí)算法性能的影響,防止信息飽和現(xiàn)象的干擾,本文創(chuàng)新性地組合應(yīng)用4種特征基因篩選方法,分別從特異性、相關(guān)性、生物學(xué)功能和對(duì)腫瘤分類(lèi)模型的貢獻(xiàn)等多個(gè)方面,通過(guò)迭代降維技術(shù)遞歸篩選真正的特征基因.研究中,我們以TCGA(The Cancer Genome Atlas project)數(shù)據(jù)庫(kù)中的LUSCⅠ~Ⅲ期病人樣本為例,對(duì)其基因表達(dá)數(shù)據(jù)(GE)、基因甲基化數(shù)據(jù)(ME)以及拷貝數(shù)變異數(shù)據(jù)(CNV)進(jìn)行分析.結(jié)果篩選出67個(gè)GE特征基因,對(duì)3類(lèi)樣本分類(lèi)的平均準(zhǔn)確率達(dá)到86.29%,70個(gè)ME特征基因,相應(yīng)的分類(lèi)準(zhǔn)確率為90.92%,31個(gè)CNV特征基因,相應(yīng)的分類(lèi)準(zhǔn)確率為69.16%.KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)和IPA(Ingenuity Pathway Analysis)對(duì)上述3類(lèi)特征基因集在代謝通路水平和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)水平上的分析,證明了其在調(diào)控水平上的密切關(guān)系.同時(shí)也表明,識(shí)別的特征基因與LUSC腫瘤進(jìn)展之間有著重要的直接關(guān)系,這對(duì)了解腫瘤機(jī)理以及新靶向治療的發(fā)展非常重要.
【作者單位】： 天津大學(xué)化工學(xué)院;大連醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院腫瘤科;University
【關(guān)鍵詞】： 肺鱗狀細(xì)胞癌 基因表達(dá) 基因甲基化 拷貝數(shù)變異 腫瘤進(jìn)展 模式識(shí)別
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金資助項(xiàng)目(31271351)~~
【分類(lèi)號(hào)】：R734.2
【正文快照】： 肺癌以其常年高居首位的致死率,一直是癌癥研究領(lǐng)域的熱點(diǎn)和難點(diǎn).按照病理學(xué)或組織學(xué)來(lái)劃分,肺癌分為非小細(xì)胞肺癌(non-small cell lungcancer,NSCLC)和小細(xì)胞肺癌,其中NSCLC占肺癌病人總數(shù)大約85%,而鱗狀細(xì)胞癌(lung squamouscell carcinoma,LUSC)則占NSCLC的30%以上,在全球

【相似文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：813156