本文關(guān)鍵詞：利用基因組挖掘技術(shù)分析短短芽孢桿菌菌株GZDF3全基因組幾丁質(zhì)酶基因家族

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【摘要】：本研究目的是利用全基因組挖掘技術(shù)分析短短芽胞桿菌GZDF3菌株中的幾丁質(zhì)酶基因家族。首先利用Bio Edit軟件本地搜索短短芽孢桿菌GZDF3全基因組數(shù)據(jù)庫中幾丁質(zhì)酶基因家族,然后采用在線分析及相應(yīng)軟件分析預(yù)測幾丁質(zhì)酶基因氨基酸組成、理化性質(zhì)、信號肽、疏水性、二級結(jié)構(gòu)等,并構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹。結(jié)果顯示,短短芽孢桿菌GZDF3全基因組中預(yù)測共存在6個幾丁質(zhì)酶基因,編碼6種不同結(jié)構(gòu)類型的幾丁質(zhì)酶。6種幾丁質(zhì)酶均屬于糖苷鍵水解酶第18家族。其中2種幾丁質(zhì)酶N端有信號肽序列和信號肽酶切位點;有2種幾丁質(zhì)酶為堿性蛋白,4種為酸性蛋白,6種均為親水性蛋白。本研究揭示了短短芽孢桿菌菌株GZDF3基因組中有結(jié)構(gòu)多樣的幾丁質(zhì)酶,分析結(jié)果將為后續(xù)的基因克隆及功能研究提供參考。
【作者單位】： 貴州醫(yī)科大學(xué)生物與工程學(xué)院;
【關(guān)鍵詞】： 幾丁質(zhì)酶 短短芽孢桿菌 生物信息學(xué) 系統(tǒng)發(fā)育樹
【基金】：貴州省中藥現(xiàn)代化項目(No.黔科合成字[2013]5014) 貴州省科技廳聯(lián)合基金項目(黔科合LH字[2014]7094)共同資助
【分類號】：Q936
【正文快照】： Genome Mining for Chitinase and Chitinase-like Gene Family in Brevib-%acillus brevis GZDF3Liu Hongmei*Li Yuquan Tao Xiaomai Zhao Jianli Zhou Jing Zhang Tingting Ye YuannongSchool of Biology and Engineering,Guizhou Medical University,Guiyang,550025*Corres

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本文編號：741853