本文關(guān)鍵詞：葡萄miR164家族生物信息學(xué)分析及靶基因預(yù)測

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【摘要】：MicroRNAs(miRNAs)對植物抗逆及生長發(fā)育過程起著重要的調(diào)控作用,而miR164是植物特有的miRNA,它對應(yīng)的靶基因主要是NAC轉(zhuǎn)錄因子家族。采用生物信息學(xué)方法對葡萄以及其他幾個物種的miR164家族成員前體進行進化分析、前體二級結(jié)構(gòu)預(yù)測、成熟序列堿基保守性分析以及在葡萄NAC轉(zhuǎn)錄因子家族71個成員中進行靶基因預(yù)測分析。結(jié)果表明:葡萄miR164家族成員的前體序列與雙子葉植物聚在一個分支,符合進化規(guī)律;葡萄miR164家族4個成員前體序列均可形成穩(wěn)定的二級莖環(huán)結(jié)構(gòu),成熟序列的堿基保守性較高;葡萄miR164家族成員對應(yīng)的NAC家族靶基因有2個(GSVIVT01007982001與GSVIVT01020478001),經(jīng)在NCBI進行BLAST分析,發(fā)現(xiàn)均與植物的根發(fā)育相關(guān)。這暗示著葡萄miR164家族與其靶基因在植物的抗逆過程中發(fā)揮重要的調(diào)控作用。
【作者單位】： 連云港市農(nóng)業(yè)科學(xué)院;
【關(guān)鍵詞】： 葡萄 miR 靶基因 抗逆 生物信息學(xué)
【基金】：蘇北科技發(fā)展計劃項目(BN2014101)
【分類號】：S663.1
【正文快照】： 微小RNA(MicroRNAs)是一類非編碼小分子RNA,在植物中主要通過介導(dǎo)靶基因降解對調(diào)控生長發(fā)育及抗逆過程發(fā)揮作用[1]。近年來的研究表明,miRNAs在植物響應(yīng)逆境脅迫過程中起著重要的作用[2],如在毛竹(Phyllostachys edu-lis)中,miR397和miR1432的表達(dá)量均受不同脅迫條件的影響,如，

本文編號：684541