本文關(guān)鍵詞：與肝癌浸潤相關(guān)候選基因的生物信息學(xué)分析

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【摘要】：目的通過功能富集與網(wǎng)絡(luò)分析方法,對肝癌浸潤相關(guān)候選基因進(jìn)行生物信息學(xué)分析,旨在從分子水平系統(tǒng)探究肝癌浸潤的發(fā)病機(jī)制,并為后續(xù)實驗提供一些有意義的信息。方法首先,從與肝癌相關(guān)公共數(shù)據(jù)庫Liverome下載與肝癌浸潤相關(guān)的差異表達(dá)基因,共涉及278個相關(guān)候選基因。然后,通過Topp Fun、STRING、Network Analyzer等生物信息學(xué)分析工具,對涉及的278個與肝癌浸潤相關(guān)候選基因進(jìn)行系統(tǒng)的分析。最后,通過網(wǎng)絡(luò)映射分析方法,對與肝癌浸潤相關(guān)候選基因進(jìn)行關(guān)鍵基因(Hub Gene)篩選,并通過i HOP在線軟件,以及Pubmed文獻(xiàn)檢索方法對這些基因進(jìn)行文獻(xiàn)挖掘分析。結(jié)果通過對與肝癌浸潤相關(guān)候選基因進(jìn)行功能富集分析發(fā)現(xiàn),這些基因主要參與細(xì)胞周期與增殖、細(xì)胞遷移與黏附、細(xì)胞骨架、血管形成等生物過程,而且這些基因共表達(dá)于肝癌與肝癌轉(zhuǎn)移上調(diào)和下調(diào)等基因功能。對相關(guān)基因進(jìn)行通路富集分析發(fā)現(xiàn),這些基因參與調(diào)控細(xì)胞周期與增殖、能量供給、賴氨酸降解等生物通路,對肝癌浸潤的發(fā)生、發(fā)展發(fā)揮調(diào)控作用。除此之外,通過網(wǎng)絡(luò)分析方法,找到PLK1、AURKB、CDC20、CDK4、MCM3等20個處于網(wǎng)絡(luò)關(guān)鍵節(jié)點的基因(Hub Gene)。之后,通過文獻(xiàn)檢索方式,對關(guān)鍵基因進(jìn)行與肝癌浸潤相關(guān)的功能驗證,發(fā)現(xiàn)并預(yù)測CDC20、CDCA8、NUP37、ZWINT基因與肝癌浸潤過程存在關(guān)聯(lián)但作用機(jī)制尚未被挖掘。結(jié)論利用生物信息學(xué)手段,能夠有效分析肝癌浸潤的相關(guān)基因,并可以從分子水平系統(tǒng)探究其發(fā)病機(jī)制,為臨床診療及后續(xù)實驗提供一些有價值的信息。
【作者單位】： 天津醫(yī)科大學(xué)三中心臨床學(xué)院·天津市第三中心醫(yī)院肝膽外科 天津市人工細(xì)胞重點實驗室 天津市肝膽疾病研究所;天津醫(yī)科大學(xué)生物醫(yī)學(xué)工程與技術(shù)學(xué)院;
【關(guān)鍵詞】： 肝癌 浸潤生長 生物信息學(xué) 生物工程 生物通路
【基金】：天津市衛(wèi)生和計劃生育委員會科學(xué)基金攻關(guān)項目(12KG107)
【分類號】：R735.7;Q811.4
【正文快照】： 肝癌(hepatocelluar carcinoma,HCC)根治手術(shù)5年生存率40%~50%[1],其5年復(fù)發(fā)率仍高達(dá)54.1%~61.5%[2]。HCC出現(xiàn)轉(zhuǎn)移和復(fù)發(fā)與多種因素有關(guān),其中HCC浸潤是一個非常重要的因素。有報道指出,HCC患者進(jìn)行原位肝移植術(shù)后,其復(fù)發(fā)風(fēng)險高低依賴于是否有HCC血管浸潤,若有微小(micro)血管

【參考文獻(xiàn)】

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【共引文獻(xiàn)】

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10 羅e，

本文編號：605990