本文關(guān)鍵詞：原鈣粘蛋白基因簇調(diào)控區(qū)域中成簇的CTCF結(jié)合位點(diǎn)分析

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【摘要】：哺乳動(dòng)物中原鈣粘蛋白(Protocadherin,Pcdh)基因簇包含50多個(gè)串聯(lián)排列的基因,這些基因形成3個(gè)緊密相連的基因簇(Pcdh?、Pcdh?和Pcdh?),所編碼的原鈣粘蛋白質(zhì)群在神經(jīng)元多樣性(Neuronal diversity)和單細(xì)胞特異性(Single cell identity)以及神經(jīng)突觸信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)中發(fā)揮重要作用。前期的工作已證實(shí)轉(zhuǎn)錄因子CTCF(CCCTC-binding factor)與CTCF結(jié)合位點(diǎn)(CTCF-binding site,CBS)的方向性結(jié)合能夠決定增強(qiáng)子和啟動(dòng)子環(huán)化的方向以及其遠(yuǎn)距離交互作用的特異性,并進(jìn)一步在Pcdh基因座(Locus)形成兩個(gè)(Pcdh?和Pcdh?)染色質(zhì)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)域(CTCF/cohesin-mediated chromatin domain,CCD),而且染色質(zhì)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)域?qū)τ诳刂苹虮磉_(dá)調(diào)控至關(guān)重要。本文通過生物信息學(xué)方法對(duì)比人類和小鼠序列,發(fā)現(xiàn)Pcdh??染色質(zhì)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)域調(diào)控區(qū)域中的DNase I超敏位點(diǎn)(DNase I hypersensitive sites,HSs)較為保守。染色質(zhì)免疫沉淀及大規(guī)模測(cè)序?qū)嶒?yàn)(Chromatin immunoprecipitation and massive parallel sequencing,Ch IP-Seq)揭示CBS位點(diǎn)在Pcdh??調(diào)控區(qū)域中成簇分布并且具有相同的方向。凝膠電泳遷移實(shí)驗(yàn)(Electrophoresis mobility shift assay,EMSA)確定Pcdh??調(diào)控區(qū)域內(nèi)具體的42 bp CBS位點(diǎn)并且發(fā)現(xiàn)一個(gè)CTCF峰包含兩個(gè)CBS位點(diǎn)。在全基因組范圍內(nèi),運(yùn)用計(jì)算生物學(xué)方法分析CTCF和增強(qiáng)子、啟動(dòng)子等調(diào)控元件的關(guān)系,發(fā)現(xiàn)CBS位點(diǎn)在調(diào)控元件附近有較多分布,推測(cè)CTCF通過介導(dǎo)增強(qiáng)子和啟動(dòng)子的特異性交互作用,在細(xì)胞核三維基因組內(nèi)形成活性轉(zhuǎn)錄樞紐調(diào)控基因精準(zhǔn)表達(dá)。
【作者單位】： 上海交通大學(xué)系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)研究院比較生物醫(yī)學(xué)研究中心系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【關(guān)鍵詞】： 原鈣粘蛋白基因簇 轉(zhuǎn)錄因子CTCF CTCF結(jié)合位點(diǎn) 染色質(zhì)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)域CCD 基因表達(dá)調(diào)控
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(編號(hào):91519302)資助~~
【分類號(hào)】：Q78
【正文快照】： 人類大腦負(fù)責(zé)學(xué)習(xí)、記憶和認(rèn)知等重要功能,包含由上千萬不同神經(jīng)元形成的幾十萬億特異性突觸連接的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò),原鈣粘蛋白質(zhì)群在這復(fù)雜的神經(jīng)系統(tǒng)網(wǎng)絡(luò)中發(fā)揮重要的作用[1]。近年研究發(fā)現(xiàn),原鈣粘蛋白質(zhì)群在神經(jīng)發(fā)育和樹突生成中至關(guān)重要[2~6]。哺乳動(dòng)物原鈣粘蛋白基因(Protocadhe

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中國(guó)重要會(huì)議論文全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 任立成;師明磊;王洋;趙志虎;;CTCF介導(dǎo)遠(yuǎn)距離的染色質(zhì)相互作用的研究[A];中國(guó)遺傳學(xué)會(huì)模式生物與人類健康研討會(huì)會(huì)議論文集[C];2010年

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本文編號(hào)：594959