本文關鍵詞：原鈣粘蛋白基因簇調控區(qū)域中成簇的CTCF結合位點分析

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【摘要】：哺乳動物中原鈣粘蛋白(Protocadherin,Pcdh)基因簇包含50多個串聯(lián)排列的基因,這些基因形成3個緊密相連的基因簇(Pcdh?、Pcdh?和Pcdh?),所編碼的原鈣粘蛋白質群在神經元多樣性(Neuronal diversity)和單細胞特異性(Single cell identity)以及神經突觸信號轉導中發(fā)揮重要作用。前期的工作已證實轉錄因子CTCF(CCCTC-binding factor)與CTCF結合位點(CTCF-binding site,CBS)的方向性結合能夠決定增強子和啟動子環(huán)化的方向以及其遠距離交互作用的特異性,并進一步在Pcdh基因座(Locus)形成兩個(Pcdh?和Pcdh?)染色質拓撲結構域(CTCF/cohesin-mediated chromatin domain,CCD),而且染色質拓撲結構域對于控制基因表達調控至關重要。本文通過生物信息學方法對比人類和小鼠序列,發(fā)現(xiàn)Pcdh??染色質拓撲結構域調控區(qū)域中的DNase I超敏位點(DNase I hypersensitive sites,HSs)較為保守。染色質免疫沉淀及大規(guī)模測序實驗(Chromatin immunoprecipitation and massive parallel sequencing,Ch IP-Seq)揭示CBS位點在Pcdh??調控區(qū)域中成簇分布并且具有相同的方向。凝膠電泳遷移實驗(Electrophoresis mobility shift assay,EMSA)確定Pcdh??調控區(qū)域內具體的42 bp CBS位點并且發(fā)現(xiàn)一個CTCF峰包含兩個CBS位點。在全基因組范圍內,運用計算生物學方法分析CTCF和增強子、啟動子等調控元件的關系,發(fā)現(xiàn)CBS位點在調控元件附近有較多分布,推測CTCF通過介導增強子和啟動子的特異性交互作用,在細胞核三維基因組內形成活性轉錄樞紐調控基因精準表達。
【作者單位】： 上海交通大學系統(tǒng)生物醫(yī)學研究院比較生物醫(yī)學研究中心系統(tǒng)生物醫(yī)學教育部重點實驗室;
【關鍵詞】： 原鈣粘蛋白基因簇 轉錄因子CTCF CTCF結合位點 染色質拓撲結構域CCD 基因表達調控
【基金】：國家自然科學基金項目(編號:91519302)資助~~
【分類號】：Q78
【正文快照】： 人類大腦負責學習、記憶和認知等重要功能,包含由上千萬不同神經元形成的幾十萬億特異性突觸連接的復雜網(wǎng)絡,原鈣粘蛋白質群在這復雜的神經系統(tǒng)網(wǎng)絡中發(fā)揮重要的作用[1]。近年研究發(fā)現(xiàn),原鈣粘蛋白質群在神經發(fā)育和樹突生成中至關重要[2~6]。哺乳動物原鈣粘蛋白基因(Protocadhe

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1 任立成;師明磊;王洋;趙志虎;;CTCF介導遠距離的染色質相互作用的研究[A];中國遺傳學會模式生物與人類健康研討會會議論文集[C];2010年

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本文編號：594959