發(fā)布時間：2017-06-22 03:05

  本文關(guān)鍵詞：通過基因家族的比較分析尋找木霉菌的生物防治基因，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：木霉菌(Trichoderma)是半知真菌,具有極強的生命力,可以適應(yīng)多種生活環(huán)境。木霉菌在和病原菌發(fā)生競爭時可以取得競爭優(yōu)勢,抑制病原菌的生長,被廣泛應(yīng)用于各種生物防治制劑。因此,尋找在生長和生物防治特性上有競爭力的木霉菌菌株具有重要經(jīng)濟(jì)意義。YYH13和YYH16是在湖南省土壤中發(fā)現(xiàn)的兩株鉤狀木霉菌菌株。實驗表明兩個菌株在生物防治能力上存在顯著差異。我們假設(shè)兩個菌株生物防治能力上的差異是由于相關(guān)基因的數(shù)目差異導(dǎo)致的,所以針對碳水化合物相關(guān)水解酶(CAZymes)、蛋白酶(Peptidases)、次生代謝基因簇等生防能力相關(guān)家族對兩個菌株進(jìn)行了比較分析。通過對兩個菌株的重要基因家族進(jìn)行比較分析,我們發(fā)現(xiàn)YYH13菌株在某些基因家族中存在基因數(shù)目上的優(yōu)勢。在CAZyme家族中,YYH13具有更多基因編碼參與細(xì)胞壁降解的幾丁質(zhì)酶和β-1,3-葡聚糖。在蛋白酶家族中,YYH13具有更多參與生物防治的基因(家族S08和S10家族)。通過對次生代謝基因簇的分析,我們發(fā)現(xiàn)YYH13中有功能的次生代謝產(chǎn)物基因簇有7個,而YYH16中僅有3個。所有這些差異都可能導(dǎo)致YYH13具有比YYH16更高的生物防治能力。本項比較基因組學(xué)研究尋找到一些可能參與決定木霉菌生物防治能力的基因。對這些重要基因的開展進(jìn)一步的功能研究,可以幫助我們確定生物防治中的必需基因、了解木霉菌的生物防治機制,從而幫助我們對木霉菌進(jìn)行轉(zhuǎn)基因改良,構(gòu)建具備優(yōu)良生物防治能力的木霉菌菌株。
【關(guān)鍵詞】：木霉菌 生物防治 基因家族 進(jìn)化分析 比較分析
【學(xué)位授予單位】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：S476
【目錄】：

• 摘要6-7
• Abstract7-8
• 1. 前言8-15
• 1.1 木霉菌形態(tài)學(xué)特征及背景8-10
• 1.2 木霉菌生物防治研究10-11
• 1.3 基因家族比較分析的基礎(chǔ)背景11-12
• 1.4 鉤狀木霉YYH13和YYH16介紹12-15
• 2．實驗設(shè)計15-18
• 2.1 實驗?zāi)康?/span>15
• 2.2 實驗思路設(shè)計15-16
• 2.3 實驗分析流程圖16-17
• 2.4 實驗意義17-18
• 3. 分析與結(jié)果18-53
• 3.1 測序數(shù)據(jù)18-19
• 3.2 基因組組裝19-22
• 3.2.1 基因組組裝19-20
• 3.2.2 基因組組裝結(jié)果評估20-22
• 3.3 物種鑒定22-24
• 3.3.1 ITS1～I(xiàn)TS2基因簇獲取22-23
• 3.3.2 遺傳進(jìn)化樹構(gòu)建23-24
• 3.4 結(jié)構(gòu)注釋24-25
• 3.5 共線性分析25
• 3.6 獨有基因分析25-29
• 3.7 CAZyme分析29-38
• 3.7.1 CAZyme分析背景29-30
• 3.7.2 CAZyme注釋30-31
• 3.7.3 基因修正31-35
• 3.7.4 差異家族分析35-38
• 3.8 蛋白酶家族分析38-44
• 3.8.1 蛋白酶分析的背景38-39
• 3.8.2 蛋白酶注釋39-40
• 3.8.3 基因修正40-42
• 3.8.4 胞外蛋白酶分析42-44
• 3.9 基因家族收縮擴張分析44-51
• 3.9.1 參考木霉菌獲取44-45
• 3.9.2 分歧時間評估45-47
• 3.9.3 碳水化合物相關(guān)家族收縮擴張分析47-49
• 3.9.4 差異家族的差異基因分析49-51
• 3.10 次生代謝產(chǎn)物分析51-53
• 3.10.1 次生代謝產(chǎn)物作用51
• 3.10.2 次生代謝產(chǎn)物分析51-53
• 4. 討論53-57
• 4.1 結(jié)果討論53-56
• 4.2 分析中的不足56-57
• 參考文獻(xiàn)57-62
• 致謝62

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前4條

1 黃艷青;莊敬華;高增貴;徐韶;陳捷;;木霉菌誘導(dǎo)甜瓜抗枯萎病相關(guān)防御反應(yīng)酶系的研究[J];沈陽農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報;2005年05期

2 胡瓊波,任順祥;綠僵菌素的研究進(jìn)展[J];中國生物防治;2004年04期

3 徐同,柳良好;木霉幾丁質(zhì)酶及其對植物病原真菌的拮抗作用[J];植物病理學(xué)報;2002年02期

4 楊合同,唐文華,M.Ryder;木霉菌與植物病害的生物防治[J];山東科學(xué);1999年04期

  本文關(guān)鍵詞：通過基因家族的比較分析尋找木霉菌的生物防治基因，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：470553