本文關鍵詞：肺腺癌吸煙相關甲基化模式識別分類模型及特征基因的識別研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：吸煙是導致肺癌的一個重要誘導因素,從全基因組基因甲基化水平出發(fā),利用生物信息學方法,通過建立對當前吸煙/不吸煙樣本的模式識別分類模型,識別甲基化特征基因,為揭示不吸煙肺癌患者的患病機理奠定基礎。為避免甲基化微陣列數(shù)據(jù)超高維小樣本、高噪聲、高相關性以及信息飽和現(xiàn)象淹沒真正的特征基因,首次采用迭代多重篩選方法,分別從顯著性差異、與基因表達水平的關系、生物功能、分類重要性等多個角度對全基因組甲基化數(shù)據(jù)進行多步篩選,從而識別吸煙相關特征基因。以TCGA數(shù)據(jù)庫中127個肺腺癌樣本為訓練集,64個EDRN肺腺癌樣本為獨立測試集,最終確定了48個關鍵基因。相應模式識別模型對訓練集精度達到87.5%(敏感性、特異性分別為87.2%和87.8%),獨立測試集分類精度達到76.4%(敏感性、特異性分別為80.2%和73.6%)。交叉研究表明,其中17個基因對癌癥發(fā)展的重要性已經(jīng)在其他研究中有所證實,進一步的研究則證明其甲基化的重要性。同時,KEGG和IPA對特征基因在基因調(diào)控網(wǎng)絡和代謝通路水平的分析表明,特征基因與癌癥的發(fā)展以及生物功能、細胞發(fā)育等都有著密切的聯(lián)系。
【作者單位】： 天津大學化工學院;大連醫(yī)科大學附屬第一醫(yī)院腫瘤科;德克薩斯大學西南醫(yī)學中心;
【關鍵詞】： 肺腺癌 甲基化數(shù)據(jù) 吸煙史 模式識別 分類
【基金】：國家自然科學基金(31271351)
【分類號】：R734.2
【正文快照】： 3(德克薩斯大學西南醫(yī)學中心,美國達拉斯75235)引言吸煙是少數(shù)已知癌癥的相關危險因素之一,與肺癌、膀胱癌、食管癌等癌癥均有不同程度的聯(lián)系[1],尤其是吸煙與肺癌的聯(lián)系更是廣為人知。然而,最近的統(tǒng)計研究表明,25%的肺癌患者并非吸煙所致。不吸煙患者肺癌的致死率高居第7位,

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本文編號：463118