本文關(guān)鍵詞：靶向Wnt1的miRNA與circRNA及其靶基因間相互作用的生物信息學(xué)分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：為對靶向Wnt1的7種mi RNAs進(jìn)行circ RNAs及其靶基因的預(yù)測,同時分析其與circ RNAs及靶基因間的相互作用,分別采用Starbase及mi RWALK軟件,對文獻(xiàn)報(bào)道的靶向Wnt1基因的let-7e、mi R-21、mi R-34a、mi R-122、mi R-148a、mi R-148b與mi R-152等7種mi RNAs的circ RNAs和對應(yīng)的靶基因進(jìn)行生物信息學(xué)預(yù)測.利用Cytoscape 3.2.1對這7種mi RNAs和預(yù)測所得到的circ RNAs及對應(yīng)的靶基因進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)分析.并進(jìn)一步對預(yù)測到的靶基因通過DAVID軟件進(jìn)行通路分析.Starbase軟件對這7種不同mi RNAs所預(yù)測的靶circ RNAs的數(shù)量分別為58、15、41、20、28、28、28個.分別比較mi RWALK中7~9個以上軟件共有的mi RNAs及其與靶基因的關(guān)系,發(fā)現(xiàn)CHD7基因是唯一一個在三種不同預(yù)測范圍內(nèi)與mi R-21、mi R-148a、mi R-148b和mi R-152等4種mi RNAs相對應(yīng)的靶基因.CNOT6、NBEA、ZFYVE26與ZDHHC17是在兩種不同預(yù)測范圍內(nèi)與至少4個mi RNAs相對應(yīng)的靶基因.在7種mi RNAs所預(yù)測靶基因相關(guān)的KEGG信號通路中,7~9個軟件以上共有的信號通路為Focal adhesion信號通路、MAPK信號通路、Notch信號通路與TGF-beta信號通路.在MAPK信號通路中DUSP1與MRPS35_hsa_circ_001042均分別是與mi R-21、mi R-148a、mi R-148b及mi R-152等4種mi RNAs相互作用的靶基因與circ RNA.本研究對靶向Wnt1的mi RNAs及其相互作用的circ RNAs、靶基因與信號通路等進(jìn)行了網(wǎng)絡(luò)分析與預(yù)測,為進(jìn)一步分析它們之間的相互作用奠定了基礎(chǔ).
【作者單位】： 山東省罕少見病重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室山東省醫(yī)藥生物技術(shù)研究中心山東省醫(yī)學(xué)科學(xué)院;濟(jì)南大學(xué)-山東省醫(yī)學(xué)科學(xué)院醫(yī)學(xué)與生命科學(xué)學(xué)院;天津市武清區(qū)人民醫(yī)院;山東省立醫(yī)院小兒骨科;
【關(guān)鍵詞】： Wnt miRNA circRNA 相互作用 KEGG信號通路
【基金】：山東省英才基金項(xiàng)目(2015ZRC03171) 山東省國際科技合作項(xiàng)目資助~~
【分類號】：Q811.4
【正文快照】： Wntl基因最早于1982年在小鼠乳腺癌中發(fā)現(xiàn)[1],編碼的蛋白質(zhì)具有疏水性,富含半胱氨酸[2].Wnt1蛋白與細(xì)胞表面基質(zhì)及其特異性受體卷曲蛋白(Fz)相互作用,再經(jīng)其下游散亂蛋白,共同完成Wnt信號的轉(zhuǎn)導(dǎo)傳遞[3-4].Wnt1在中樞神經(jīng)系統(tǒng)的發(fā)育中發(fā)揮至關(guān)重要的作用,它是神經(jīng)嵴誘導(dǎo)和中腦

  本文關(guān)鍵詞：靶向Wnt1的miRNA與circRNA及其靶基因間相互作用的生物信息學(xué)分析，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號：456372