目的應用綜合生物信息學分析、篩選膽管癌新候選基因,并探討其在預測患者預后方面的價值。方法從The Cancer Genome Atlas(TCGA)數(shù)據(jù)庫下載數(shù)據(jù),通過與癌旁組織進行比較,篩選出差異表達基因,并通過生物信息學方法對其進行深入分析。結果共篩選出差異表達的信使RNA(messenger RNA,mRNA)3538個、長鏈非編碼RNA(long nonco-ding RNA,lncRNA)1434個和微RNA(microRNA,miRNA)68個。建立一個包含127個lncRNA、15個miRNA和64個mRNA的競爭性內(nèi)源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)網(wǎng)絡。生存分析發(fā)現(xiàn),COL18A1-AS1、LINC00261、NEXN-AS1、SCRN1和SLC6A1-AS1基因對膽管癌預后具有預測價值,上述基因低表達患者的生存率均顯著高于高表達患者。結論 COL18A1-AS1、LINC00261、NEXN-AS1、SCRN1和SLC6A1-AS1基因可作為評估膽管癌預后的標志物,可為膽管癌的治療提供新的潛在靶點。

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圖1 根據(jù)|log FC|值繪制的DEG的熱圖

從TCGA數(shù)據(jù)庫中共提取出576個miRNA、17722個mRNA和7521個lncRNA。EdgeR軟件包從45份樣本中鑒定出DEG。通過比較膽管癌組織和癌旁組織,共發(fā)現(xiàn)差異表達的mRNA3538個,miRNA68個,lncRNA1434個(圖1)。2.2miRNA的....

圖3 Kaplan-Meier生存分析結果

膽管癌是一種相對少見的惡性腫瘤,預后差[13]。目前,負性生活方式、基因改變、環(huán)境暴露等被認為是膽管癌的致病因素。基于大數(shù)據(jù)分析的生物信息學在生物醫(yī)學研究中得到了廣泛的應用[14]。許多高通量信息,如用于基因表達譜的微陣列數(shù)據(jù)和用于計算基因預測的基因組數(shù)據(jù),可以通過生物信息學進行....

圖4 對上調(diào)和下調(diào)基因進行富集分析

圖3Kaplan-Meier生存分析結果最近,許多新技術已證實非編碼RNA,包括lncRNA在內(nèi),在細胞中發(fā)揮重要作用。非編碼RNA與表觀遺傳疾病相關。lncRNA是指長度超過200個核苷酸的非蛋白編碼轉錄子的一個亞群,它們沒有或幾乎沒有蛋白質編碼能力。根據(jù)基因組定位不同,可以....

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