目的應(yīng)用綜合生物信息學(xué)分析、篩選膽管癌新候選基因,并探討其在預(yù)測(cè)患者預(yù)后方面的價(jià)值。方法從The Cancer Genome Atlas(TCGA)數(shù)據(jù)庫(kù)下載數(shù)據(jù),通過(guò)與癌旁組織進(jìn)行比較,篩選出差異表達(dá)基因,并通過(guò)生物信息學(xué)方法對(duì)其進(jìn)行深入分析。結(jié)果共篩選出差異表達(dá)的信使RNA(messenger RNA,mRNA)3538個(gè)、長(zhǎng)鏈非編碼RNA(long nonco-ding RNA,lncRNA)1434個(gè)和微RNA(microRNA,miRNA)68個(gè)。建立一個(gè)包含127個(gè)lncRNA、15個(gè)miRNA和64個(gè)mRNA的競(jìng)爭(zhēng)性?xún)?nèi)源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)網(wǎng)絡(luò)。生存分析發(fā)現(xiàn),COL18A1-AS1、LINC00261、NEXN-AS1、SCRN1和SLC6A1-AS1基因?qū)δ懝馨╊A(yù)后具有預(yù)測(cè)價(jià)值,上述基因低表達(dá)患者的生存率均顯著高于高表達(dá)患者。結(jié)論 COL18A1-AS1、LINC00261、NEXN-AS1、SCRN1和SLC6A1-AS1基因可作為評(píng)估膽管癌預(yù)后的標(biāo)志物,可為膽管癌的治療提供新的潛在靶點(diǎn)。

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【部分圖文】：

圖1 根據(jù)|log FC|值繪制的DEG的熱圖

從TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中共提取出576個(gè)miRNA、17722個(gè)mRNA和7521個(gè)lncRNA。EdgeR軟件包從45份樣本中鑒定出DEG。通過(guò)比較膽管癌組織和癌旁組織,共發(fā)現(xiàn)差異表達(dá)的mRNA3538個(gè),miRNA68個(gè),lncRNA1434個(gè)(圖1)。2.2miRNA的....

圖3 Kaplan-Meier生存分析結(jié)果

膽管癌是一種相對(duì)少見(jiàn)的惡性腫瘤,預(yù)后差[13]。目前,負(fù)性生活方式、基因改變、環(huán)境暴露等被認(rèn)為是膽管癌的致病因素�；诖髷�(shù)據(jù)分析的生物信息學(xué)在生物醫(yī)學(xué)研究中得到了廣泛的應(yīng)用[14]。許多高通量信息,如用于基因表達(dá)譜的微陣列數(shù)據(jù)和用于計(jì)算基因預(yù)測(cè)的基因組數(shù)據(jù),可以通過(guò)生物信息學(xué)進(jìn)行....

圖4 對(duì)上調(diào)和下調(diào)基因進(jìn)行富集分析

圖3Kaplan-Meier生存分析結(jié)果最近,許多新技術(shù)已證實(shí)非編碼RNA,包括lncRNA在內(nèi),在細(xì)胞中發(fā)揮重要作用。非編碼RNA與表觀遺傳疾病相關(guān)。lncRNA是指長(zhǎng)度超過(guò)200個(gè)核苷酸的非蛋白編碼轉(zhuǎn)錄子的一個(gè)亞群,它們沒(méi)有或幾乎沒(méi)有蛋白質(zhì)編碼能力。根據(jù)基因組定位不同,可以....

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