目的篩選與結(jié)直腸癌(CRC)中奧沙利鉑(OXA)耐藥性相關(guān)的基因和通路。方法首先通過(guò)GEO數(shù)據(jù)庫(kù)分析GSE76092的基因表達(dá)譜,篩選出CRC的OXA敏感和OXA耐藥細(xì)胞系之間的差異表達(dá)基因(DEGs)。利用DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行基因本體論(Go)分析和京都基因和基因組百科全書(shū)(KEGG)通路分析。通過(guò)STRING工具構(gòu)建蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用(PPI)網(wǎng)絡(luò)。經(jīng)MCODE插件選擇關(guān)鍵基因,并利用GEPIA工具進(jìn)行生存分析。最后使用miRWalk數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)相關(guān)的miRNA。結(jié)果通過(guò)數(shù)據(jù)分析總共獲得474個(gè)DEGs,并篩選了相關(guān)的信號(hào)通路和PPI網(wǎng)絡(luò)。篩選出15個(gè)中心基因,其中7個(gè)顯著參與NF-κB和趨化因子信號(hào)等通路。對(duì)7個(gè)關(guān)鍵基因的生存分析表明,CXCL8、IL-1β和PTGS2表達(dá)水平與CRC患者的總體生存相關(guān)。預(yù)測(cè)hsa-miR-6893-5p、hsa-miR-7851-3p和hsa-miR-96-3p是OXA耐藥相關(guān)核心miRNA。結(jié)論基于生物信息學(xué)篩選出來(lái)的OXA耐藥關(guān)鍵基因和信號(hào)通路,為CRC中OXA耐藥的潛在機(jī)制提供更深入的了解。

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圖1 差異表達(dá)基因的篩選和層次聚類分析

為了深入了解中心基因的通路及篩選出更為關(guān)鍵的基因,對(duì)上述15個(gè)中心基因進(jìn)行了KEGG通路分析。結(jié)果表明,中心基因主要與NF-κB信號(hào)通路、趨化因子信號(hào)通路、軍團(tuán)菌病、NOD樣受體信號(hào)通路和細(xì)胞因子-細(xì)胞因子受體相互作用有關(guān)(P<0.05)。其中有7個(gè)中心基因在這些通路顯著富集,包....

圖2 蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用（PPI）網(wǎng)絡(luò)和模塊化分析

圖1差異表達(dá)基因的篩選和層次聚類分析表1474個(gè)差異表達(dá)基因顯著富集的GO和KEGG通路分析(前5)類型描述P值計(jì)數(shù)分子功能氧化還原酶活性9.67×10-515醛基酮還原酶(NADP)活性2.26×10-45醛脫氫酶(NAD)活性3.80×10-4....

圖3 GERIA在線工具用于7個(gè)關(guān)鍵基因的Kaplan-Meier生存曲線

OXA常用于CRC的一線治療。OXA與DNA核堿基結(jié)合并與DNA相互作用,導(dǎo)致鏈內(nèi)和鏈間Pt-DNA交聯(lián)的形成并造成DNA損傷。然而,OXA的耐藥性限制了CRC化療的療效。目前研究發(fā)現(xiàn),OXA耐藥性的機(jī)制是多方面的,包括激活抗氧化劑谷胱甘肽系統(tǒng)以進(jìn)行解毒、增強(qiáng)DNA修復(fù)和抗凋亡以....

本文編號(hào)：4030496