目的構(gòu)建加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析(weighed gene co-expression network analysis,WGCNA),鑒定出膀胱尿路上皮癌(bladder urothelial carcinoma,BLCA)中與預(yù)后及治療效果相關(guān)的基因,并分析其在腫瘤相關(guān)通路中的活性。方法在癌癥基因組圖譜數(shù)據(jù)庫(kù)獲取膀胱尿路上皮癌的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及相應(yīng)臨床數(shù)據(jù);選擇年齡、性別、身高、體重、人種、生存時(shí)間、吸煙年數(shù)、治療效果、病理分級(jí)、TNM分期及淋巴結(jié)浸潤(rùn)為臨床表型進(jìn)行加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析;利用R語(yǔ)言進(jìn)行生存分析;利用GSCALite工具進(jìn)行腫瘤相關(guān)的通路活性分析;利用基因表達(dá)匯編數(shù)據(jù)庫(kù)中的GSE13507和GSE3167數(shù)據(jù)集進(jìn)行驗(yàn)證。結(jié)果本研究鑒定出與預(yù)后及治療效果均顯著相關(guān)的基因模塊及模塊關(guān)鍵基因GPHN、CPSF2、PRMT5、EIF2S1、KLC1、SLC39A9、SRP54及CNIH,上述8個(gè)基因在腫瘤相關(guān)通路中有一定活性。結(jié)論 GPHN、CPSF2、PRMT5、EIF2S1、KLC1、SLC39A9、SRP54及CNIH基因在BLCA中與預(yù)后及治療效果均顯著相關(guān),并且參與了腫...

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【部分圖文】：

圖1WGCNA

在403個(gè)樣本中進(jìn)行基因模塊聚類，共18196個(gè)基因聚類為89個(gè)基因模塊(圖1B)。paleturquoise模塊與生存時(shí)間(MS=-0.13,P=0.009)和治療效果顯著相關(guān)(MS=-0.27,P<0.0001)，但與年齡無(wú)關(guān)(MS=-0.058,P>0.05)。因此，本....

圖2關(guān)鍵基因的多數(shù)據(jù)集驗(yàn)證

通路活性分析顯示GPHN、CPSF2、PRMT5、EIF2S1、KLC1、SLC39A9、SRP54及CNIH在10個(gè)腫瘤相關(guān)通路中均顯示出一定活性(圖3)。幾乎所有的基因都對(duì)受體酪氨酸激酶(receptortyrosinekinase,RTK)有一定活性�；钚暂^強(qiáng)的基因通路....

圖3通路活性分析

圖2關(guān)鍵基因的多數(shù)據(jù)集驗(yàn)證3討論

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