PPAR基因家族(PPARs)是調(diào)控脂肪酸及其衍生物等相關(guān)基因表達(dá)的一組受體,包括α、β(或δ)和γ三種亞型。在家禽上,PPARs被發(fā)現(xiàn)與皮下脂肪、肥肝和免疫抗逆等重要經(jīng)濟(jì)性狀有關(guān),但PPARs在同一生物過程中的調(diào)控卻表現(xiàn)出功能上的差異。這些差異可能與PPARs的進(jìn)化分歧和表達(dá)調(diào)控差異有關(guān)。本文擬對PPAR基因家族進(jìn)化分歧進(jìn)行分析,明確成員間的進(jìn)化關(guān)系,了解家族成員功能產(chǎn)生分歧的可能原因,再通過分析鴨PPAR基因家族啟動子區(qū)的結(jié)構(gòu)差異,篩選出與鴨PPARs差異調(diào)控相關(guān)的活性元件,并驗(yàn)證部分活性元件與基因表達(dá)調(diào)控的關(guān)系。通過這些研究,為鴨PPARs基因表達(dá)調(diào)控,以及為PPARs調(diào)控禽類重要經(jīng)濟(jì)性狀形成的機(jī)制研究奠定基礎(chǔ)。研究結(jié)果表明：PPAR家族在魚類中先出現(xiàn)分歧,然后是兩棲類,接著是鳥類和哺乳類。進(jìn)化樹顯示a、β、γ三種基因亞型出現(xiàn)明顯的分歧,其中γ與其它兩種亞型分歧較早。絕大部分物種PPARs氨基酸序列上都存在ZnF_C4和HOLI結(jié)構(gòu)域。HOLI和ZnF_C4結(jié)構(gòu)域的Ka/Ks值,以及啟動子調(diào)控元件數(shù)量,都支持a和β在進(jìn)化上關(guān)系更近,γ更原始...

【文章頁數(shù)】：82 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
主要符號說明
前言
1 文獻(xiàn)綜述
    1.1 PPAR基因家族的結(jié)構(gòu)與功能
        1.1.1 PPAR基因家族組成及結(jié)構(gòu)
        1.1.2 PPARs主要功能
            1.1.2.1 PPARs與糖脂代謝
            1.1.2.2 PPARs與脂肪細(xì)胞
            1.1.2.3 PPARs與成肌細(xì)胞
            1.1.2.4 PPARs與免疫
    1.2 PPAR基因家族成員間功能分歧及研究
        1.2.1 PPARs基因在脂肪細(xì)胞分化及脂質(zhì)代謝中的差異
        1.2.2 PPARs基因在胚胎發(fā)育過程中的差異
        1.2.3 PPAR基因家族分子進(jìn)化
    1.3 PPARs與家禽重要經(jīng)濟(jì)性狀形成
        1.3.1 PPARs與禽類體脂沉積
        1.3.2 PPARs與禽類肉質(zhì)
        1.3.3 PPARs與肥肝
    1.4 PPARs的轉(zhuǎn)錄調(diào)控研究進(jìn)展
        1.4.1 啟動子及活性調(diào)控區(qū)域
        1.4.2 PPARs的轉(zhuǎn)錄調(diào)控研究
    1.5 研究目的及意義
2 材料與方法
    2.1 試驗(yàn)材料
        2.1.1 樣品來源
        2.1.2 主要試劑盒及耗材
        2.1.3 試劑配制
        2.1.4 儀器設(shè)備
        2.1.5 相關(guān)分析軟件
    2.2 方法
        2.2.1 PPAR基因家族分子進(jìn)化分析
            2.2.1.1 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域
            2.2.1.2 進(jìn)化樹構(gòu)建
            2.2.1.3 氨基酸選擇壓力
            2.2.1.4 轉(zhuǎn)錄因子
        2.2.2 鴨基因組DNA的提取和檢測
            2.2.2.1 鴨肌肉組織中的DNA提取
            2.2.2.2 檢測所提取的DNA質(zhì)量
        2.2.3 鴨PPARs基因啟動子區(qū)擴(kuò)增
            2.2.3.1 設(shè)計(jì)所要擴(kuò)增的鴨PPARs基因啟動子引物
            2.2.3.2 PCR擴(kuò)增目的片段
            2.2.3.3 回收凝膠并純化PCR產(chǎn)物
            2.2.3.4 回收純化的目的片段與T載體連接
            2.2.3.5 重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)化
            2.2.3.6 陽性克隆及測序鑒定
        2.2.4 鴨PPARs基因啟動子的生物信息學(xué)分析
        2.2.5 含有鴨PPARs基因啟動子的熒光素酶報(bào)告基因載體的構(gòu)建
            2.2.5.1 啟動子5’遞減片段的熒光素酶報(bào)告基因載體構(gòu)建引物計(jì)
            2.2.5.2 遞減片段的PCR擴(kuò)增
            2.2.5.3 PCR產(chǎn)物的純化和回收及克隆和測序
            2.2.5.4 重組質(zhì)粒DNA的提取
            2.2.5.5 重組質(zhì)粒雙酶切和產(chǎn)物純化回收
            2.2.5.6 pGL3-basic與PPARs重組載體構(gòu)建
            2.2.5.7 重組pGL3-basic-PPARs載體克隆及測序
        2.2.6 鴨PPARs基因啟動子核心區(qū)域的鑒定
            2.2.6.1 無內(nèi)毒素質(zhì)粒pGL3-basic-PPARs的提取
            2.2.6.2 HEK293細(xì)胞培養(yǎng)
            2.2.6.3 重組質(zhì)粒瞬時轉(zhuǎn)染
            2.2.6.4 熒光素酶報(bào)告基因活性檢測
            2.2.6.5 數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析
        2.2.7 鴨PPARs基因啟動子活性調(diào)控元件篩選
            2.2.7.1 RNA提取及檢測
            2.2.7.2 cDNA合成
            2.2.7.3 定量引物設(shè)計(jì)
            2.2.7.4 qRT-PCR檢測
3 結(jié)果與分析
    3.1 PPAR基因家族分子進(jìn)化分析
        3.1.1 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域關(guān)系
        3.1.2 PPAR基因家族的蛋白質(zhì)進(jìn)化樹
        3.1.3 氨基酸位點(diǎn)選擇壓力分析
        3.1.4 5’端啟動子區(qū)域?qū)?yīng)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)
    3.2 鴨PPARs基因啟動子區(qū)擴(kuò)增
        3.2.1 鴨PPARs啟動子克隆及同源性比對
        3.2.2 鴨PPARs啟動子序列特點(diǎn)
    3.3 鴨PGL3-BASIc-PPARs重組載體的構(gòu)建
    3.4 鴨PPARs啟動子活性調(diào)控區(qū)域鑒定
        3.4.1 熒光素酶相對活性檢測
        3.4.2 鴨PPARs基因啟動子活性區(qū)域比較
    3.5 鴨PPARs基因啟動子活性調(diào)控元件驗(yàn)證
4 討論
    4.1 PPAR基因家族分子進(jìn)化與調(diào)控
    4.2 鴨PPARs基因啟動子序列特點(diǎn)
    4.3 鴨PPARs的活性調(diào)控元件異同
5 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
附件
研究生期間發(fā)表的文章



本文編號：3856090