龍葵(Solanum nigrum Linn)是一年生茄科(Solanaceae)草本植物,廣泛分布于亞洲,歐洲,美洲的溫帶至熱帶地區(qū)。全草可入藥,在中國(guó)可作為一類藥用植物而被使用,具有清熱解毒和活血消腫的功效,臨床上對(duì)于水腫、跌打損傷以及慢性氣管炎等疾病癥狀有一定的改善效果。龍葵果實(shí)中含有豐富的黃酮類化合物,并且不同生長(zhǎng)階段的果實(shí)中黃酮類化合物的含量有較大的差異。由于缺乏基因組的信息,龍葵中類黃酮生物合成及積累的機(jī)制尚不明確,本文分別選取了龍葵的未成熟果實(shí)(青綠色)和成熟果實(shí)(紫黑色)為研究對(duì)象,對(duì)這兩種不同生長(zhǎng)狀態(tài)的龍葵果實(shí)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,深入分析類黃酮生物合成相關(guān)基因的表達(dá)水平。本研究為黃酮類化合物在龍葵果實(shí)中的積累提供了重要的信息,提高了我們對(duì)龍葵果實(shí)中黃酮類化合物生物合成的分子機(jī)制的認(rèn)識(shí)。同時(shí),高深度的轉(zhuǎn)錄組de novo測(cè)序產(chǎn)生了大量的生物信息,為龍葵的分子機(jī)制研究提供了寶貴的資源。具體研究?jī)?nèi)容及結(jié)果如下:(1)采摘不同生長(zhǎng)時(shí)期的龍葵果實(shí)并從中提取總RNA,利用mRNA具有ploy(A)尾的性質(zhì)從總RNA中分離并純化mRNA,隨后構(gòu)建cDNA文庫(kù),并采用實(shí)驗(yàn)室購(gòu)置的Illu...

【文章頁(yè)數(shù)】：85 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第1章 緒論
    1.1 引言
    1.2 轉(zhuǎn)錄組學(xué)及其應(yīng)用
        1.2.1 轉(zhuǎn)錄組學(xué)概述
        1.2.2 RNA-Seq在轉(zhuǎn)錄組學(xué)上的應(yīng)用
        1.2.3 第二代測(cè)序技術(shù)原理
        1.2.4 RNA-Seq在藥用植物中的應(yīng)用
    1.3 生物信息學(xué)在藥用植物中的應(yīng)用
        1.3.1 生物信息學(xué)概述
        1.3.2 生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)
        1.3.3 生物信息學(xué)的應(yīng)用
    1.4 龍葵的研究進(jìn)展
        1.4.1 龍葵簡(jiǎn)介
        1.4.2 龍葵的相關(guān)研究
        1.4.3 研究?jī)r(jià)值及前景
    1.5 研究目的及意義
    1.6 主要技術(shù)路線
第2章 龍葵果實(shí)的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
    2.1 引言
    2.2 實(shí)驗(yàn)材料
        2.2.1 植物原材料
        2.2.2 實(shí)驗(yàn)儀器
        2.2.3 實(shí)驗(yàn)試劑
    2.3 實(shí)驗(yàn)方法
        2.3.1 龍葵果實(shí)的RNA分離與檢測(cè)
        2.3.2 cDNA文庫(kù)的構(gòu)建與檢測(cè)
        2.3.3 Illumina上機(jī)測(cè)序
        2.3.4 數(shù)據(jù)預(yù)處理
        2.3.5 轉(zhuǎn)錄組拼接
        2.3.6 轉(zhuǎn)錄組拼接評(píng)估
        2.3.7 基因的表達(dá)定量
        2.3.8 功能注釋
        2.3.9 樣品相關(guān)性分析
        2.3.10 差異表達(dá)基因分析
    2.4 本章小結(jié)
第3章 龍葵果實(shí)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果
    3.1 RNA提取及文庫(kù)構(gòu)建
        3.1.1 RNA質(zhì)量檢測(cè)
        3.1.2 cDNA文庫(kù)的質(zhì)量檢測(cè)
        3.1.3 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
    3.2 龍葵轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析
        3.2.0 原始數(shù)據(jù)檢測(cè)結(jié)果
        3.2.1 轉(zhuǎn)錄組拼接
        3.2.2 轉(zhuǎn)錄組質(zhì)量評(píng)估
        3.2.3 基因的表達(dá)定量
        3.2.4 功能注釋
        3.2.5 樣品相關(guān)性分析
        3.2.6 差異基因的篩選
        3.2.7 差異基因的GO富集分析
        3.2.8 差異基因的KEGG通路分析
    3.3 本章小結(jié)
第4章 類黃酮代謝分析與差異表達(dá)基因的驗(yàn)證
    4.1 龍葵果實(shí)中的黃酮類代謝
        4.1.1 黃酮類前體物質(zhì)的合成
        4.1.2 龍葵果實(shí)中類黃酮代謝通路
    4.2 參與黃酮類運(yùn)輸?shù)南嚓P(guān)基因
    4.3 差異表達(dá)基因的驗(yàn)證
        4.3.1 引物的挑選與設(shè)計(jì)
        4.3.2 實(shí)驗(yàn)方法
        4.3.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與討論
    4.4 本章小結(jié)
結(jié)論與展望
參考文獻(xiàn)
附錄 A 攻讀碩士期間所完成的學(xué)術(shù)論文目錄
附錄 B KEGG注釋信息
致謝



本文編號(hào)：3853750