龍葵(Solanum nigrum Linn)是一年生茄科(Solanaceae)草本植物,廣泛分布于亞洲,歐洲,美洲的溫帶至熱帶地區(qū)。全草可入藥,在中國可作為一類藥用植物而被使用,具有清熱解毒和活血消腫的功效,臨床上對于水腫、跌打損傷以及慢性氣管炎等疾病癥狀有一定的改善效果。龍葵果實中含有豐富的黃酮類化合物,并且不同生長階段的果實中黃酮類化合物的含量有較大的差異。由于缺乏基因組的信息,龍葵中類黃酮生物合成及積累的機制尚不明確,本文分別選取了龍葵的未成熟果實(青綠色)和成熟果實(紫黑色)為研究對象,對這兩種不同生長狀態(tài)的龍葵果實進行轉錄組測序,深入分析類黃酮生物合成相關基因的表達水平。本研究為黃酮類化合物在龍葵果實中的積累提供了重要的信息,提高了我們對龍葵果實中黃酮類化合物生物合成的分子機制的認識。同時,高深度的轉錄組de novo測序產(chǎn)生了大量的生物信息,為龍葵的分子機制研究提供了寶貴的資源。具體研究內(nèi)容及結果如下:(1)采摘不同生長時期的龍葵果實并從中提取總RNA,利用mRNA具有ploy(A)尾的性質(zhì)從總RNA中分離并純化mRNA,隨后構建cDNA文庫,并采用實驗室購置的Illu...

【文章頁數(shù)】：85 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第1章 緒論
    1.1 引言
    1.2 轉錄組學及其應用
        1.2.1 轉錄組學概述
        1.2.2 RNA-Seq在轉錄組學上的應用
        1.2.3 第二代測序技術原理
        1.2.4 RNA-Seq在藥用植物中的應用
    1.3 生物信息學在藥用植物中的應用
        1.3.1 生物信息學概述
        1.3.2 生物學數(shù)據(jù)庫
        1.3.3 生物信息學的應用
    1.4 龍葵的研究進展
        1.4.1 龍葵簡介
        1.4.2 龍葵的相關研究
        1.4.3 研究價值及前景
    1.5 研究目的及意義
    1.6 主要技術路線
第2章 龍葵果實的轉錄組測序
    2.1 引言
    2.2 實驗材料
        2.2.1 植物原材料
        2.2.2 實驗儀器
        2.2.3 實驗試劑
    2.3 實驗方法
        2.3.1 龍葵果實的RNA分離與檢測
        2.3.2 cDNA文庫的構建與檢測
        2.3.3 Illumina上機測序
        2.3.4 數(shù)據(jù)預處理
        2.3.5 轉錄組拼接
        2.3.6 轉錄組拼接評估
        2.3.7 基因的表達定量
        2.3.8 功能注釋
        2.3.9 樣品相關性分析
        2.3.10 差異表達基因分析
    2.4 本章小結
第3章 龍葵果實轉錄組測序結果
    3.1 RNA提取及文庫構建
        3.1.1 RNA質(zhì)量檢測
        3.1.2 cDNA文庫的質(zhì)量檢測
        3.1.3 轉錄組測序
    3.2 龍葵轉錄組數(shù)據(jù)分析
        3.2.0 原始數(shù)據(jù)檢測結果
        3.2.1 轉錄組拼接
        3.2.2 轉錄組質(zhì)量評估
        3.2.3 基因的表達定量
        3.2.4 功能注釋
        3.2.5 樣品相關性分析
        3.2.6 差異基因的篩選
        3.2.7 差異基因的GO富集分析
        3.2.8 差異基因的KEGG通路分析
    3.3 本章小結
第4章 類黃酮代謝分析與差異表達基因的驗證
    4.1 龍葵果實中的黃酮類代謝
        4.1.1 黃酮類前體物質(zhì)的合成
        4.1.2 龍葵果實中類黃酮代謝通路
    4.2 參與黃酮類運輸?shù)南嚓P基因
    4.3 差異表達基因的驗證
        4.3.1 引物的挑選與設計
        4.3.2 實驗方法
        4.3.3 實驗結果與討論
    4.4 本章小結
結論與展望
參考文獻
附錄 A 攻讀碩士期間所完成的學術論文目錄
附錄 B KEGG注釋信息
致謝



本文編號：3853750