結(jié)直腸癌肝轉(zhuǎn)移差異表達(dá)基因的生信分析
發(fā)布時間:2023-08-17 19:39
背景:結(jié)直腸癌(CRC)是全世界常見的惡性腫瘤,肝轉(zhuǎn)移是這種癌癥的主要致死原因之一。目前,CRC肝轉(zhuǎn)移的差異表達(dá)基因(DEGs)還不清楚,其分子機制還有待闡明。目的:通過對CRC肝轉(zhuǎn)移灶對比原發(fā)灶的差異表達(dá)基因(DEGs)進行生物信息學(xué)分析,初步探索DEGs在CRC肝轉(zhuǎn)移中的作用。方法:選擇GEO數(shù)據(jù)庫中的GSE41258數(shù)據(jù)集,通過GEO2R平臺篩選CRC肝轉(zhuǎn)移病灶相對于原發(fā)病灶的DEGs。借助FunRich軟件對DEGs進行GO分析和KEGG分析,利用STRING網(wǎng)站構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò),并用Cytoscape軟件對網(wǎng)絡(luò)進行可視化,篩選Hub基因。此外,我們還通過GSEA軟件對兩組病灶中所有基因進行功能集富集分析(GSEA)。最后,利用基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)動態(tài)分析(GEPIA)網(wǎng)站分析Hub基因?qū)RC預(yù)后的影響。結(jié)果:CRC肝轉(zhuǎn)移灶相對于原發(fā)病灶共有263個DEGs。GO分析結(jié)果:DEGs富集到的Top 6細(xì)胞學(xué)組件(CC):細(xì)胞外空間、乳糜微粒、極低密度脂蛋白顆粒、外泌體、細(xì)胞外基質(zhì)、血小板α顆粒;富集到的Top 6分子功能(MF):蛋白酶抑制劑活性、補體活性、轉(zhuǎn)運蛋白活性、細(xì)胞外基質(zhì)的結(jié)...
【文章頁數(shù)】:65 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
中文摘要
英文摘要
英文縮寫
前言
材料和方法
結(jié)果
討論
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄
綜述 結(jié)直腸癌轉(zhuǎn)移的相關(guān)機制及研究進展
參考文獻(xiàn)
致謝
個人簡歷
本文編號:3842460
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