基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析豬獾和狗獾嗅覺基因家族的適應(yīng)性進(jìn)化
發(fā)布時間:2023-08-06 18:38
嗅覺(Olfactory)是動物最重要的感覺能力之一,對動物的生存至關(guān)重要。動物可以通過嗅覺能力直接感知外界環(huán)境變化,與其生存環(huán)境取得直接聯(lián)系。動物依靠嗅覺進(jìn)行尋找捕獲食物、選擇配偶、識別個體或群體、識別有毒物質(zhì)、躲避天敵、標(biāo)記領(lǐng)土等重要行為活動。自嗅覺受體(Olfactory receptor,OR)基因家族被發(fā)現(xiàn)后,便開啟了對嗅覺基因家族研究的大門。目前,對嗅覺受體基因的研究主要涉及到嗅覺受體基因結(jié)構(gòu)、分類、表達(dá)部位、差異性表達(dá)、表達(dá)調(diào)控、進(jìn)化歷程、假基因生物學(xué)作用、功能基因與假基因之間的關(guān)系和感官器官間補(bǔ)償機(jī)制等眾多研究領(lǐng)域。豬獾、狗獾同屬于鼬科動物,兩者棲息地類型相似,雜食,屬于夜行性動物,在我國分布十分廣泛,是重要的經(jīng)濟(jì)動物。對兩者的研究主要涉及到保護(hù)、養(yǎng)殖技術(shù)、食性、棲息地類型、疾病、獾油利用價值等研究領(lǐng)域,其分子方面的研究較少,主要涉及到了免疫分子、MHC基因和苦味受體等研究領(lǐng)域,但未曾見到關(guān)于兩者嗅覺的研究。通過探討嗅覺適應(yīng)性進(jìn)化,了解OR基因與生態(tài)環(huán)境之間的關(guān)系,可以提高豬獾、狗獾野生資源的合理可持續(xù)利用,提高兩者經(jīng)濟(jì)價值。因此,根據(jù)物種生態(tài)特征,本研究選取了豬獾、狗...
【文章頁數(shù)】:65 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
第一章 緒論
1.1 豬獾和狗獾研究現(xiàn)狀
1.1.1 生態(tài)特征方面的研究
1.1.2 分子方面的研究
1.1.3 經(jīng)濟(jì)價值方面的研究
1.2 嗅覺受體基因文獻(xiàn)綜述
1.2.1 嗅覺受體的發(fā)現(xiàn)及其結(jié)構(gòu)
1.2.2 OR基因分類及其表達(dá)部位
1.2.3 OR基因進(jìn)化
1.3 轉(zhuǎn)錄組與測序技術(shù)的發(fā)展
1.3.1 轉(zhuǎn)錄組概念
1.3.2 測序技術(shù)的發(fā)展
1.3.3 轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的應(yīng)用
1.4 研究意義
第二章 材料與方法
2.1 材料和試劑
2.1.1 研究對象
2.1.2 實(shí)驗(yàn)試劑
2.1.3 實(shí)驗(yàn)儀器設(shè)備
2.2 實(shí)驗(yàn)方法
2.2.1 總RNA的提取與檢測
2.2.2 文庫的構(gòu)建與上機(jī)測序
2.2.3 測序數(shù)據(jù)處理
2.2.4 勞亞獸總目物種的嗅覺受體功能基因篩選步驟
2.2.5 豬獾狗獾嗅覺受體功能基因篩選步驟
2.2.6 OR基因堿基組成分析
2.2.7 OR基因亞型劃分
2.2.8 OR基因系統(tǒng)發(fā)育分析
2.2.9 OR基因統(tǒng)計分析
2.2.10 OR基因潛能預(yù)測
第三章 結(jié)果
3.1 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估
3.2 測序數(shù)據(jù)過濾
3.3 轉(zhuǎn)錄本拼接
3.4 嗅覺基因總覽
3.5 嗅覺基因家族堿基組成
3.6 嗅覺基因家族亞型劃分
3.7 OR基因系統(tǒng)發(fā)育分析
3.8 OR基因相關(guān)性分析
3.9 嗅覺基因的PIC分析
3.10 豬獾狗獾OR基因氣味識別潛能
第四章 討論
4.1 OR功能基因數(shù)目特征
4.2 OR功能基因分類
4.3 OR功能基因統(tǒng)計分析
4.4 嗅覺潛能預(yù)測
第五章 結(jié)論與展望
5.1 結(jié)論
5.2 展望
參考文獻(xiàn)
致謝
附錄
本文編號:3839841
【文章頁數(shù)】:65 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
Abstract
第一章 緒論
1.1 豬獾和狗獾研究現(xiàn)狀
1.1.1 生態(tài)特征方面的研究
1.1.2 分子方面的研究
1.1.3 經(jīng)濟(jì)價值方面的研究
1.2 嗅覺受體基因文獻(xiàn)綜述
1.2.1 嗅覺受體的發(fā)現(xiàn)及其結(jié)構(gòu)
1.2.2 OR基因分類及其表達(dá)部位
1.2.3 OR基因進(jìn)化
1.3 轉(zhuǎn)錄組與測序技術(shù)的發(fā)展
1.3.1 轉(zhuǎn)錄組概念
1.3.2 測序技術(shù)的發(fā)展
1.3.3 轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)的應(yīng)用
1.4 研究意義
第二章 材料與方法
2.1 材料和試劑
2.1.1 研究對象
2.1.2 實(shí)驗(yàn)試劑
2.1.3 實(shí)驗(yàn)儀器設(shè)備
2.2 實(shí)驗(yàn)方法
2.2.1 總RNA的提取與檢測
2.2.2 文庫的構(gòu)建與上機(jī)測序
2.2.3 測序數(shù)據(jù)處理
2.2.4 勞亞獸總目物種的嗅覺受體功能基因篩選步驟
2.2.5 豬獾狗獾嗅覺受體功能基因篩選步驟
2.2.6 OR基因堿基組成分析
2.2.7 OR基因亞型劃分
2.2.8 OR基因系統(tǒng)發(fā)育分析
2.2.9 OR基因統(tǒng)計分析
2.2.10 OR基因潛能預(yù)測
第三章 結(jié)果
3.1 測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估
3.2 測序數(shù)據(jù)過濾
3.3 轉(zhuǎn)錄本拼接
3.4 嗅覺基因總覽
3.5 嗅覺基因家族堿基組成
3.6 嗅覺基因家族亞型劃分
3.7 OR基因系統(tǒng)發(fā)育分析
3.8 OR基因相關(guān)性分析
3.9 嗅覺基因的PIC分析
3.10 豬獾狗獾OR基因氣味識別潛能
第四章 討論
4.1 OR功能基因數(shù)目特征
4.2 OR功能基因分類
4.3 OR功能基因統(tǒng)計分析
4.4 嗅覺潛能預(yù)測
第五章 結(jié)論與展望
5.1 結(jié)論
5.2 展望
參考文獻(xiàn)
致謝
附錄
本文編號:3839841
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